इंटरेक्टिंग प्रोटीन का डेटाबेस: Difference between revisions
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Latest revision as of 14:05, 14 June 2023
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| Content | |
|---|---|
| Description | प्रोटीन इंटरेक्शन डेटाबेस |
| Contact | |
| Research center | कैलिफोर्निया विश्वविद्यालय, लॉस एंजिल्स |
| Authors | डेविड ईसेनबर्ग |
| Primary citation | Xenarios, & al. (2002)[1] |
| Release date | 2002 |
| Access | |
| Website | http://dip.doe-mbi.ucla.edu |
| Miscellaneous | |
| License | CC BY-ND 3.0 |
इंटरैक्टिंग प्रोटीन का डेटाबेस (डीआईपी) जैविक डेटाबेस है, जो प्रोटीन के बीच प्रयोगात्मक रूप से निर्धारित इंटरैक्शन को सूचीबद्ध करता है।[2][3] यह प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन का एकल, सुसंगत सेट बनाने के लिए विभिन्न स्रोतों से जानकारी को जोड़ती है। डीआईपी के अन्दर संग्रहीत डेटा को मैन्युअल रूप से, विशेषज्ञ क्यूरेटर द्वारा और स्वचालित रूप से, कम्प्यूटेशनल दृष्टिकोण का उपयोग करके क्यूरेट किया गया है, जो डीआईपी डेटा के सबसे विश्वसनीय, कोर सबसेट से निकाले गए प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन नेटवर्क के बारे में ज्ञान का उपयोग करते हैं। डेटाबेस को प्रारंभ में 2002 में प्रचलित किया गया था। 2014 तक, डीआईपी को यूसीएलए में डेविड ईसेनबर्ग के अनुसंधान समूह द्वारा क्यूरेट किया गया है।
डीआईपी को इसके वेब इंटरफेस के माध्यम से खोजा जा सकता है; खोज चयनित पत्रिका लेख में वर्णित इंटरैक्शन पर आधारित हो सकती है, या प्रायोगिक साक्ष्य द्वारा समर्थित इंटरैक्शन, दूसरों के बीच में आधारित हो सकती है।[4]
डीआईपी इंटरेक्शन डेटा के प्रमुख सार्वजनिक प्रदाताओं के समूह इंटरनेशनल मॉलिक्यूलर एक्सचेंज कंसोर्टियम (आईएमईएक्स) का सदस्य है।[5] अन्य भाग लेने वाले डेटाबेस में बायोमोलेक्यूलर इंटरेक्शन नेटवर्क डेटाबेस (बीआईएनडी),[6] इंटएक्ट,[7] मॉलिक्यूलर इंटरेक्शन डाटाबेस (एमआईएनटी),[8] एमआईपीएस,[9] एमपीएक्ट, और बायोग्रिड सम्मिलित हैं।[5] आईएमईएक्स के डेटाबेस प्रयास के दोहराव को रोकने के लिए एक साथ कार्य करते हैं, गैर-अतिव्यापी स्रोतों से डेटा एकत्र करते हैं और क्यूरेटेड इंटरैक्शन डेटा साझा करते हैं। आईएमईएक्स कंसोर्टियम ने एचयूपीओ-पीएसआई-एमआई एक्सएमएल प्रारूप को विकसित करने के लिए भी कार्य किया, जिसे अब व्यापक रूप से प्रयुक्त किया गया है।[5][10]
डीआईपी के अन्दर सभी जानकारी क्रिएटिव कॉमन्स बाय-एनडी 3.0 लाइसेंस के अनुसार स्वतंत्र रूप से उपलब्ध है।[2]
संदर्भ
- ↑ Xenarios, I; Salwínski, L; Duan, XJ; Higney, P; Kim, SM; Eisenberg, D (Jan 1, 2002). "DIP, the Database of Interacting Proteins: a research tool for studying cellular networks of protein interactions". Nucleic Acids Research. 30 (1): 303–5. doi:10.1093/nar/30.1.303. PMC 99070. PMID 11752321.
- ↑ 2.0 2.1 "DIP:Home". dip.doe-mbi.ucla.edu. Retrieved 8 September 2014.
- ↑ Salwinski, L.; Miller, C. S.; Smith, A. J.; Pettit, F. K.; Bowie, J. U.; Eisenberg, D. (2004). "The Database of Interacting Proteins: 2004 update". Nucleic Acids Research. 32 (90001): D449–D451. doi:10.1093/nar/gkh086. PMC 308820. PMID 14681454.
- ↑ "DIP:Search". dip.doe-mbi.ucla.edu. Retrieved 8 September 2014.
- ↑ 5.0 5.1 5.2 Orchard, S.; Kerrien, S.; Abbani, S.; Aranda, B.; Bhate, J.; Bidwell, S.; Bridge, A.; Briganti, L.; Brinkman, F.; Cesareni, G.; Chatr-Aryamontri, A.; Chautard, E.; Chen, C.; Dumousseau, M.; Goll, J.; Hancock, R.; Hannick, L. I.; Jurisica, I.; Khadake, J.; Lynn, D. J.; Mahadevan, U.; Perfetto, L.; Raghunath, A.; Ricard-Blum, S.; Roechert, B.; Salwinski, L.; Stümpflen, V.; Tyers, M.; Uetz, P.; Xenarios, I. (2012). "Protein interaction data curation: The International Molecular Exchange (IMEx) consortium". Nature Methods. 9 (4): 345–350. doi:10.1038/nmeth.1931. PMC 3703241. PMID 22453911.
- ↑ Alfarano, C. (17 December 2004). "The Biomolecular Interaction Network Database and related tools 2005 update". Nucleic Acids Research. 33 (Database issue): D418–D424. doi:10.1093/nar/gki051. PMC 540005. PMID 15608229.
- ↑ Kerrien, S.; Aranda, B.; Breuza, L.; Bridge, A.; Broackes-Carter, F.; Chen, C.; Duesbury, M.; Dumousseau, M.; Feuermann, M.; Hinz, U.; Jandrasits, C.; Jimenez, R. C.; Khadake, J.; Mahadevan, U.; Masson, P.; Pedruzzi, I.; Pfeiffenberger, E.; Porras, P.; Raghunath, A.; Roechert, B.; Orchard, S.; Hermjakob, H. (24 November 2011). "The IntAct molecular interaction database in 2012". Nucleic Acids Research. 40 (D1): D841–D846. doi:10.1093/nar/gkr1088. PMC 3245075. PMID 22121220.
- ↑ Zanzoni, A; Montecchi-Palazzi, L; Quondam, M; Ausiello, G; Helmer-Citterich, M; Cesareni, G (Feb 20, 2002). "MINT: a Molecular INTeraction database". FEBS Letters. 513 (1): 135–40. doi:10.1016/s0014-5793(01)03293-8. PMC 1751541. PMID 11911893.
- ↑ Guldener, U. (1 January 2006). "MPact: the MIPS protein interaction resource on yeast". Nucleic Acids Research. 34 (90001): D436–D441. doi:10.1093/nar/gkj003. PMC 1347366. PMID 16381906.
- ↑ Hermjakob, Henning; Montecchi-Palazzi, Luisa; Bader, Gary; Wojcik, Jérôme; Salwinski, Lukasz; Ceol, Arnaud; Moore, Susan; Orchard, Sandra; Sarkans, Ugis; von Mering, Christian; Roechert, Bernd; Poux, Sylvain; Jung, Eva; Mersch, Henning; Kersey, Paul; Lappe, Michael; Li, Yixue; Zeng, Rong; Rana, Debashis; Nikolski, Macha; Husi, Holger; Brun, Christine; Shanker, K; Grant, Seth G N; Sander, Chris; Bork, Peer; Zhu, Weimin; Pandey, Akhilesh; Brazma, Alvis; Jacq, Bernard; Vidal, Marc; Sherman, David; Legrain, Pierre; Cesareni, Gianni; Xenarios, Ioannis; Eisenberg, David; Steipe, Boris; Hogue, Chris; Apweiler, Rolf (2004). "The HUPO PSI's Molecular Interaction format—a community standard for the representation of protein interaction data". Nature Biotechnology. 22 (2): 177–183. doi:10.1038/nbt926. PMID 14755292. S2CID 17557764.
