डीसीएल1: Difference between revisions
From Vigyanwiki
(Created page with "{{Infobox nonhuman protein | Name = Endoribonuclease Dicer homolog 1 | image = Cartoon representation of Arabidopsis DCL1 in complex with pri-miRNA 166f (elucidated by Cryo-EM...") |
No edit summary |
||
| Line 27: | Line 27: | ||
| GenLoc_end = 31120 | | GenLoc_end = 31120 | ||
}} | }} | ||
'''डीसीएल1''' (डिसर-लाइक 1 का संक्षिप्त नाम) पौधों में [[जीन]] है जो डीसीएल1 [[प्रोटीन]] के लिए कोड करता है, एक राइबोन्यूक्लिज़ III [[एंजाइम]] जो [[डबल फंसे आरएनए]] (dsRNA) और [[microRNA]] (miRNA) को संसाधित करने में शामिल होता है।<ref name="schauer" />हालाँकि डीसीएल1, जिसे एंडोरिबोन्यूक्लिज़ डिसर होमोलॉग 1 भी कहा जाता है, का नाम [[मेटाज़ोन]] प्रोटीन डिसर के साथ इसके होमोलॉजी (जीव विज्ञान) के लिए रखा गया है, miRNA बायोजेनेसिस में इसकी भूमिका कुछ अलग है, पौधों और जानवरों के बीच miRNA परिपक्वता प्रक्रियाओं में पर्याप्त अंतर के कारण,<ref name="axtell" />साथ ही अतिरिक्त डाउनस्ट्रीम संयंत्र-विशिष्ट मार्गों के कारण, जहां डीसीएल4 जैसे डीसीएल1 परलॉग भाग लेते हैं, ऐसे [[ट्रांस-अभिनय siRNA]] जैवजनन। | |||
== समारोह == | == समारोह == | ||
डीसीएल1 विशेष रूप से प्लांट [[ कोशिका केंद्रक ]] में स्थानीयकृत है,<ref name=":1">{{cite journal | vauthors = Tomassi AH, Re DA, Romani F, Cambiagno DA, Gonzalo L, Moreno JE, Arce AL, Manavella PA | display-authors = 6 | title = The Intrinsically Disordered Protein CARP9 Bridges HYL1 to AGO1 in the Nucleus to Promote MicroRNA Activity | journal = Plant Physiology | volume = 184 | issue = 1 | pages = 316–329 | date = September 2020 | pmid = 32636339 | pmc = 7479909 | doi = 10.1104/pp.20.00258 }}</ref> डबल-स्ट्रैंडेड आरएनए [[आरएनए-बाध्यकारी प्रोटीन]] हाइपोनास्टिक लीव्स1 (एचवाईएल1), सीटीडी-फॉस्फेटेज-लाइक1 (सीपीएल1) और जिंक फिंगर प्रोटीन [[ दाँतदार कतना ]] (एसई) के साथ मिलकर न्यूक्लियर डाइसिंग बॉडी या डी-बॉडी बनाते हैं। इन झिल्ली रहित अंगों में, प्री-miRNAs में pri-miRNAs को पहचाना और संसाधित किया जाता है और बाद में छोटे RNAs पाथवे9 (CARP9) में कॉन्स्टिट्यूशनल अल्टरेशन जैसे अतिरिक्त प्रोटीनों के बंधन द्वारा परिपक्व miRNA डुप्लेक्स में परिवर्तित किया जाता है।<ref name=":1" /> पौधों में, डीसीएल1 प्राथमिक miRNA को पूर्व-miRNA में संसाधित करने के लिए और फिर प्री-miRNA को परिपक्व miRNA में संसाधित करने के लिए दोनों के लिए जिम्मेदार है।<ref name="fang" /><ref name=":0">{{cite journal | vauthors = Wei X, Ke H, Wen A, Gao B, Shi J, Feng Y | title = डाइसर-लाइक 1 द्वारा माइक्रोआरएनए प्रसंस्करण का संरचनात्मक आधार| journal = Nature Plants | volume = 7 | issue = 10 | pages = 1389–1396 | date = October 2021 | pmid = 34593993 | doi = 10.1038/s41477-021-01000-1 | s2cid = 238240098 }}</ref> जानवरों में, इन दो चरणों के समकक्ष विभिन्न प्रोटीनों द्वारा किए जाते हैं; सबसे पहले, [[माइक्रोप्रोसेसर कॉम्प्लेक्स]] के हिस्से के रूप में राइबोन्यूक्लिज़ ड्रोसा द्वारा नाभिक में pri-miRNA प्रसंस्करण होता है। एक परिपक्व miRNA के लिए दूसरी और अंत में प्रसंस्करण एक परिपक्व miRNA प्राप्त करने के लिए डिसर द्वारा [[ कोशिका द्रव्य ]] में होता है।<ref name="axtell" /> | |||
== पीएजेड डोमेन प्लास्टिसिटी == | == पीएजेड डोमेन प्लास्टिसिटी == | ||
[[File:DCL1-HYL-SE-CARP9_scaffolding_and_miRNA_maturation_in_plants.jpg|thumb|प्री-miRNA से प्री-miRNA परिपक्वता प्रक्रिया के लिए | [[File:DCL1-HYL-SE-CARP9_scaffolding_and_miRNA_maturation_in_plants.jpg|thumb|प्री-miRNA से प्री-miRNA परिपक्वता प्रक्रिया के लिए डीसीएल1-HYL-SE मचान के लिए एक मॉडल, साथ ही प्री-miRNA से miRNA परिपक्वता चरण के लिए CARP9 द्वारा DICER-कॉम्प्लेक्स में बंधन में मदद की <ref name=":1"/>]]जानवरों में, हेयरपिन युक्त प्राथमिक प्रतिलेख (pri-miRNAs) को ड्रोसा द्वारा अग्रदूत-miRNAs उत्पन्न करने के लिए क्लीव किया जाता है, एक डबल स्ट्रैंड पैलिंड्रोमिक संरचना को आमतौर पर हेयरपिन प्री-miRNAs कहा जाता है, जो बाद में डिसर द्वारा परिपक्व माइक्रोआरएनए उत्पन्न करने के लिए क्लीव किया जाता है। दो अलग-अलग एंजाइमों द्वारा क्लीव किए जाने के बजाय, पौधों में दोनों क्लीवेज डिसर-लाइक 1 (डीसीएल1) द्वारा किए जाते हैं, दोनों समरूप एंजाइमों के बीच एक समान डोमेन आर्किटेक्चर के बावजूद।<ref name=":0" />dsRNA संरचनाओं के दोनों परिसरों की हालिया एकल-कण क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी संरचनाएं ([https://www.rcsb.org/structure/7ELD pri-RNA] और [https://www.rcsb.org/structure/7ELE पूर्व -miRNA]) क्लीवेज-सक्षम अवस्था में, अरबिडोप्सिस डीसीएल1 के लिगैंड के रूप में, सुझाव देते हैं कि PAZ डोमेन प्लास्टिसिटी इसे pri-miRNA और प्री-miRNA मान्यता में शामिल होने की अनुमति देता है, जो इस प्रोटीन डोमेन के आंतरिक लूप बाइंडिंग ग्रूव द्वारा प्रस्तुत किया गया है, जो कार्य करता है एक इंजन के रूप में जो सब्सट्रेट को दो अनुक्रमिक दरार घटनाओं के बीच स्थानांतरित करता है।<ref name=":0" /> | ||
== अन्य डाइसर जैसे प्रोटीन == | == अन्य डाइसर जैसे प्रोटीन == | ||
यद्यपि | यद्यपि डीसीएल1 पौधों में अधिकांश miRNA प्रसंस्करण के लिए जिम्मेदार है, अधिकांश पौधों में RNA प्रसंस्करण में संबंधित भूमिकाओं के साथ डीसीएलs प्रोटीन का एक अतिरिक्त सेट होता है,<ref name="parent" />एक ही परिवार के अतिरिक्त सदस्यों की संख्या पादप परिवार पर निर्भर करती है। उदाहरण के लिए, [[ब्रैसिसेकी]] में DLC1, [[DCL2|डीसीएल2]], [[DCL3|डीसीएल3]], [[DCL4|डीसीएल4]] और दो RNASE II-LIKE जीन RTL1 और RTL2 के लिए 5 अतिरिक्त [[ परलोग ]] जीन हैं;<ref name = "Belal_2022">{{Cite journal | vauthors = Belal MA, Ezzat M, Zhang Y, Xu Z, Cao Y, Han Y |date=2022 |title=डीआईसीईआर-लाइक (डीसीएल) जीन फ्रॉम पीच (प्रूनस पर्सिका) का एकीकृत विश्लेषण: सूखे के तनाव के जवाब में एक महत्वपूर्ण भूमिका|journal=Frontiers in Ecology and Evolution |volume=10 |doi=10.3389/fevo.2022.923166 |issn=2296-701X|doi-access=free }}</ref><ref name="nagano" />हालांकि कुछ द्विबीजपत्री जैसे [[ पोपुलस ट्राइकोकार्पा ]]<ref>{{cite journal | vauthors = Moura MO, Fausto AK, Fanelli A, Guedes FA, Silva TD, Romanel E, Vaslin MF | title = कपास में डिसर-जैसे परिवार की जीनोम-व्यापी पहचान और दो विपरीत वाणिज्यिक खेती में जैविक तनाव के जवाब में डीसीएल अभिव्यक्ति मॉडुलन का विश्लेषण| journal = BMC Plant Biology | volume = 19 | issue = 1 | pages = 503 | date = November 2019 | pmid = 31729948 | pmc = 6858778 | doi = 10.1186/s12870-019-2112-4 }}</ref> साथ ही अधिकांश मोनोकॉट्स पौधों में पाँच से छह डीसीएल होते हैं, जहाँ डीसीएल2 और डीसीएल3 को डीसीएल2a और डीसीएल2 जीन में एक अतिरिक्त दोहराव का सामना करना पड़ता है। डीसीएल3 का दोहराव एकबीजपत्री-विशिष्ट है, जो डीसीएल3a और डीसीएल3b जीन उत्पन्न करता है, जिसे क्रमशः डीसीएल3 और [[DCL5|डीसीएल5]] भी कहा जाता है।<ref>{{cite journal | vauthors = Chen S, Liu W, Naganuma M, Tomari Y, Iwakawa HO | title = Functional specialization of monocot DCL3 and DCL5 proteins through the evolution of the PAZ domain | journal = Nucleic Acids Research | volume = 50 | issue = 8 | pages = 4669–4684 | date = May 2022 | pmid = 35380679 | pmc = 9071481 | doi = 10.1093/nar/gkac223 }}</ref><ref name = "Belal_2022" /> | ||
Revision as of 23:10, 26 June 2023
| Endoribonuclease Dicer homolog 1 | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
.gif) Cartoon representation of Arabidopsis DCL1 in complex with pri-miRNA 166f.
Single chain of DCL1 in light purple catalyzing the cleavage of pri-miRNA-166f into pre-miRNA-166f, before one more cleavage step to finally release miRNA-166f. | |||||||
| Identifiers | |||||||
| Organism | |||||||
| Symbol | DCL1 | ||||||
| Alt. symbols | AT1G01040 | ||||||
| PDB | 7ELD | ||||||
| UniProt | Q9SP32 | ||||||
| Other data | |||||||
| EC number | EC:3.1.26 | ||||||
| Chromosome | 1: 0.02 - 0.03 Mb | ||||||
| |||||||
डीसीएल1 (डिसर-लाइक 1 का संक्षिप्त नाम) पौधों में जीन है जो डीसीएल1 प्रोटीन के लिए कोड करता है, एक राइबोन्यूक्लिज़ III एंजाइम जो डबल फंसे आरएनए (dsRNA) और microRNA (miRNA) को संसाधित करने में शामिल होता है।[1]हालाँकि डीसीएल1, जिसे एंडोरिबोन्यूक्लिज़ डिसर होमोलॉग 1 भी कहा जाता है, का नाम मेटाज़ोन प्रोटीन डिसर के साथ इसके होमोलॉजी (जीव विज्ञान) के लिए रखा गया है, miRNA बायोजेनेसिस में इसकी भूमिका कुछ अलग है, पौधों और जानवरों के बीच miRNA परिपक्वता प्रक्रियाओं में पर्याप्त अंतर के कारण,[2]साथ ही अतिरिक्त डाउनस्ट्रीम संयंत्र-विशिष्ट मार्गों के कारण, जहां डीसीएल4 जैसे डीसीएल1 परलॉग भाग लेते हैं, ऐसे ट्रांस-अभिनय siRNA जैवजनन।
समारोह
डीसीएल1 विशेष रूप से प्लांट कोशिका केंद्रक में स्थानीयकृत है,[3] डबल-स्ट्रैंडेड आरएनए आरएनए-बाध्यकारी प्रोटीन हाइपोनास्टिक लीव्स1 (एचवाईएल1), सीटीडी-फॉस्फेटेज-लाइक1 (सीपीएल1) और जिंक फिंगर प्रोटीन दाँतदार कतना (एसई) के साथ मिलकर न्यूक्लियर डाइसिंग बॉडी या डी-बॉडी बनाते हैं। इन झिल्ली रहित अंगों में, प्री-miRNAs में pri-miRNAs को पहचाना और संसाधित किया जाता है और बाद में छोटे RNAs पाथवे9 (CARP9) में कॉन्स्टिट्यूशनल अल्टरेशन जैसे अतिरिक्त प्रोटीनों के बंधन द्वारा परिपक्व miRNA डुप्लेक्स में परिवर्तित किया जाता है।[3] पौधों में, डीसीएल1 प्राथमिक miRNA को पूर्व-miRNA में संसाधित करने के लिए और फिर प्री-miRNA को परिपक्व miRNA में संसाधित करने के लिए दोनों के लिए जिम्मेदार है।[4][5] जानवरों में, इन दो चरणों के समकक्ष विभिन्न प्रोटीनों द्वारा किए जाते हैं; सबसे पहले, माइक्रोप्रोसेसर कॉम्प्लेक्स के हिस्से के रूप में राइबोन्यूक्लिज़ ड्रोसा द्वारा नाभिक में pri-miRNA प्रसंस्करण होता है। एक परिपक्व miRNA के लिए दूसरी और अंत में प्रसंस्करण एक परिपक्व miRNA प्राप्त करने के लिए डिसर द्वारा कोशिका द्रव्य में होता है।[2]
पीएजेड डोमेन प्लास्टिसिटी
प्री-miRNA से प्री-miRNA परिपक्वता प्रक्रिया के लिए डीसीएल1-HYL-SE मचान के लिए एक मॉडल, साथ ही प्री-miRNA से miRNA परिपक्वता चरण के लिए CARP9 द्वारा DICER-कॉम्प्लेक्स में बंधन में मदद की [3]
जानवरों में, हेयरपिन युक्त प्राथमिक प्रतिलेख (pri-miRNAs) को ड्रोसा द्वारा अग्रदूत-miRNAs उत्पन्न करने के लिए क्लीव किया जाता है, एक डबल स्ट्रैंड पैलिंड्रोमिक संरचना को आमतौर पर हेयरपिन प्री-miRNAs कहा जाता है, जो बाद में डिसर द्वारा परिपक्व माइक्रोआरएनए उत्पन्न करने के लिए क्लीव किया जाता है। दो अलग-अलग एंजाइमों द्वारा क्लीव किए जाने के बजाय, पौधों में दोनों क्लीवेज डिसर-लाइक 1 (डीसीएल1) द्वारा किए जाते हैं, दोनों समरूप एंजाइमों के बीच एक समान डोमेन आर्किटेक्चर के बावजूद।[5]dsRNA संरचनाओं के दोनों परिसरों की हालिया एकल-कण क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी संरचनाएं (pri-RNA और पूर्व -miRNA) क्लीवेज-सक्षम अवस्था में, अरबिडोप्सिस डीसीएल1 के लिगैंड के रूप में, सुझाव देते हैं कि PAZ डोमेन प्लास्टिसिटी इसे pri-miRNA और प्री-miRNA मान्यता में शामिल होने की अनुमति देता है, जो इस प्रोटीन डोमेन के आंतरिक लूप बाइंडिंग ग्रूव द्वारा प्रस्तुत किया गया है, जो कार्य करता है एक इंजन के रूप में जो सब्सट्रेट को दो अनुक्रमिक दरार घटनाओं के बीच स्थानांतरित करता है।[5]
अन्य डाइसर जैसे प्रोटीन
यद्यपि डीसीएल1 पौधों में अधिकांश miRNA प्रसंस्करण के लिए जिम्मेदार है, अधिकांश पौधों में RNA प्रसंस्करण में संबंधित भूमिकाओं के साथ डीसीएलs प्रोटीन का एक अतिरिक्त सेट होता है,[6]एक ही परिवार के अतिरिक्त सदस्यों की संख्या पादप परिवार पर निर्भर करती है। उदाहरण के लिए, ब्रैसिसेकी में DLC1, डीसीएल2, डीसीएल3, डीसीएल4 और दो RNASE II-LIKE जीन RTL1 और RTL2 के लिए 5 अतिरिक्त परलोग जीन हैं;[7][8]हालांकि कुछ द्विबीजपत्री जैसे पोपुलस ट्राइकोकार्पा [9] साथ ही अधिकांश मोनोकॉट्स पौधों में पाँच से छह डीसीएल होते हैं, जहाँ डीसीएल2 और डीसीएल3 को डीसीएल2a और डीसीएल2 जीन में एक अतिरिक्त दोहराव का सामना करना पड़ता है। डीसीएल3 का दोहराव एकबीजपत्री-विशिष्ट है, जो डीसीएल3a और डीसीएल3b जीन उत्पन्न करता है, जिसे क्रमशः डीसीएल3 और डीसीएल5 भी कहा जाता है।[10][7]
संदर्भ
- ↑ Schauer SE, Jacobsen SE, Meinke DW, Ray A (November 2002). "DICER-LIKE1: blind men and elephants in Arabidopsis development". Trends in Plant Science. 7 (11): 487–491. doi:10.1016/s1360-1385(02)02355-5. PMID 12417148.
- ↑ 2.0 2.1 Axtell MJ, Westholm JO, Lai EC (2011). "Vive la différence: biogenesis and evolution of microRNAs in plants and animals". Genome Biology. 12 (4): 221. doi:10.1186/gb-2011-12-4-221. PMC 3218855. PMID 21554756.
- ↑ 3.0 3.1 3.2 Tomassi AH, Re DA, Romani F, Cambiagno DA, Gonzalo L, Moreno JE, et al. (September 2020). "The Intrinsically Disordered Protein CARP9 Bridges HYL1 to AGO1 in the Nucleus to Promote MicroRNA Activity". Plant Physiology. 184 (1): 316–329. doi:10.1104/pp.20.00258. PMC 7479909. PMID 32636339.
- ↑ Fang X, Cui Y, Li Y, Qi Y (June 2015). "Transcription and processing of primary microRNAs are coupled by Elongator complex in Arabidopsis". Nature Plants. 1 (6): 15075. doi:10.1038/nplants.2015.75. PMID 27250010. S2CID 12544460.
- ↑ 5.0 5.1 5.2 Wei X, Ke H, Wen A, Gao B, Shi J, Feng Y (October 2021). "डाइसर-लाइक 1 द्वारा माइक्रोआरएनए प्रसंस्करण का संरचनात्मक आधार". Nature Plants. 7 (10): 1389–1396. doi:10.1038/s41477-021-01000-1. PMID 34593993. S2CID 238240098.
- ↑ Parent JS, Bouteiller N, Elmayan T, Vaucheret H (January 2015). "Respective contributions of Arabidopsis DCL2 and DCL4 to RNA silencing". The Plant Journal. 81 (2): 223–232. doi:10.1111/tpj.12720. PMID 25376953.
- ↑ 7.0 7.1 Belal MA, Ezzat M, Zhang Y, Xu Z, Cao Y, Han Y (2022). "डीआईसीईआर-लाइक (डीसीएल) जीन फ्रॉम पीच (प्रूनस पर्सिका) का एकीकृत विश्लेषण: सूखे के तनाव के जवाब में एक महत्वपूर्ण भूमिका". Frontiers in Ecology and Evolution. 10. doi:10.3389/fevo.2022.923166. ISSN 2296-701X.
- ↑ Nagano H, Fukudome A, Hiraguri A, Moriyama H, Fukuhara T (February 2014). "Distinct substrate specificities of Arabidopsis DCL3 and DCL4". Nucleic Acids Research. 42 (3): 1845–1856. doi:10.1093/nar/gkt1077. PMC 3919572. PMID 24214956.
- ↑ Moura MO, Fausto AK, Fanelli A, Guedes FA, Silva TD, Romanel E, Vaslin MF (November 2019). "कपास में डिसर-जैसे परिवार की जीनोम-व्यापी पहचान और दो विपरीत वाणिज्यिक खेती में जैविक तनाव के जवाब में डीसीएल अभिव्यक्ति मॉडुलन का विश्लेषण". BMC Plant Biology. 19 (1): 503. doi:10.1186/s12870-019-2112-4. PMC 6858778. PMID 31729948.
- ↑ Chen S, Liu W, Naganuma M, Tomari Y, Iwakawa HO (May 2022). "Functional specialization of monocot DCL3 and DCL5 proteins through the evolution of the PAZ domain". Nucleic Acids Research. 50 (8): 4669–4684. doi:10.1093/nar/gkac223. PMC 9071481. PMID 35380679.
 | This protein-related article is a stub. You can help Wikipedia by expanding it. |
