साइटोस्केप: Difference between revisions

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'''साइटोस्केप''' [[विज़ुअलाइज़ेशन (ग्राफ़िक)]] [[मेटाबोलिक नेटवर्क मॉडलिंग]] और जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल और अन्य राज्य डेटा के साथ एकीकरण के लिए [[खुला स्रोत सॉफ्टवेयर]] जैव सूचना विज्ञान [[सॉफ्टवेयर प्लेटफार्म|सॉफ्टवेयर मंच]] है। इस प्रकार अतिरिक्त सुविधाएं [[प्लग-इन (कंप्यूटिंग)]] के रूप में उपलब्ध हैं। प्लगइन्स नेटवर्क और आणविक प्रोफाइलिंग विश्लेषण, नए लेआउट, अतिरिक्त फ़ाइल प्रारूप समर्थन और डेटाबेस के साथ कनेक्शन और बड़े नेटवर्क में खोज के लिए उपलब्ध हैं। इस प्रकार प्लगइन्स को किसी के द्वारा साइटोस्केप ओपन [[जावा (प्रोग्रामिंग भाषा)]] सॉफ्टवेयर आर्किटेक्चर का उपयोग करके विकसित किया जा सकता है और प्लगइन सामुदायिक विकास को प्रोत्साहित किया जाता है।<ref>{{cite journal |vauthors=Shannon P, Markiel A, Ozier O |title=Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks |journal=Genome Res. |volume=13 |issue=11 |pages=2498–504 |year=2003 |pmid=14597658 |doi=10.1101/gr.1239303 |url=http://www.genome.org/cgi/content/full/13/11/2498 |pmc=403769|display-authors=etal}}
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== इतिहास ==
== इतिहास ==
'''साइटोस्केप''' मूल रूप से वर्ष 2002 में सिएटल में इंस्टीट्यूट ऑफ सिस्टम्स बायोलॉजी में बनाया गया था। इस प्रकार अब, इसे ओपन सोर्स डेवलपर्स के अंतरराष्ट्रीय संघ द्वारा विकसित किया गया है। इस प्रकार साइटोस्केप को प्रारंभ में जुलाई, वर्ष 2002 में सार्वजनिक किया गया था (v0.8); दूसरी रिलीज़ (v0.9) नवंबर 2002 में हुई थी, और v1.0 मार्च वर्ष 2003 में रिलीज़ हुई थी। इस प्रकार संस्करण 1.1.1, 1.0 श्रृंखला के लिए अंतिम स्थिर रिलीज़ है। संस्करण 2.0 प्रारंभ में वर्ष 2004 में जारी किया गया था; साइटोस्केप 2.83, अंतिम 2.xx संस्करण, मई वर्ष 2012 में जारी किया गया था। संस्करण 3.0 1 फरवरी वर्ष 2013 को जारी किया गया था और नवीनतम संस्करण, 3.4.0, मई वर्ष 2016 में जारी किया गया था।
'''साइटोस्केप''' मूल रूप से वर्ष 2002 में सिएटल में इंस्टीट्यूट ऑफ सिस्टम्स बायोलॉजी में बनाया गया था। इस प्रकार अब, इसे खुले स्त्रोत डेवलपर्स के अंतरराष्ट्रीय संघ द्वारा विकसित किया गया है। इस प्रकार साइटोस्केप को प्रारंभ में जुलाई, सन्न 2002 में सार्वजनिक किया गया था (v0.8); दूसरी रिलीज़ (v0.9) नवंबर 2002 में हुई थी, और v1.0 मार्च सन्न 2003 में रिलीज़ हुई थी। इस प्रकार संस्करण 1.1.1, 1.0 श्रृंखला के लिए अंतिम स्थिर रिलीज़ है। संस्करण 2.0 प्रारंभ में सन्न 2004 में प्रचलित किया गया था; साइटोस्केप 2.83, अंतिम 2.xx संस्करण, मई सन्न 2012 में प्रचलित किया गया था। संस्करण 3.0 1 फरवरी, वर्ष 2013 को प्रचलित किया गया था और नवीनतम संस्करण, 3.4.0, मई, सन्न 2016 में प्रचलित किया गया था।


== विकास ==
== विकास ==
'''साइटोस्केप''' कोर डेवलपर टीम इस परियोजना पर काम करना जारी रखती है और वर्ष 2013 में साइटोस्केप 3.0 जारी किया। इस प्रकार यह साइटोस्केप आर्किटेक्चर में बड़े बदलाव का प्रतिनिधित्व करता है; यह सॉफ़्टवेयर का अधिक मॉड्यूलरीकृत, विस्तार योग्य और रखरखाव योग्य संस्करण है।<ref>[https://cytoscape.org/roadmap.html Cytoscape Product Roadmap]</ref>
साइटोस्केप कोर डेवलपर टीम इस परियोजना पर काम करना प्रचलित रखती है और सन्न 2013 में साइटोस्केप 3.0 प्रचलित किया। इस प्रकार यह साइटोस्केप वस्तुकला में बड़े परिवर्तन का प्रतिनिधित्व करता है। यह सॉफ़्टवेयर का अधिक मॉड्यूलरीकृत, विस्तार योग्य और रखरखाव योग्य संस्करण होता है।<ref>[https://cytoscape.org/roadmap.html Cytoscape Product Roadmap]</ref>
== उपयोग ==
== उपयोग ==
[[Image:Cytoscape network visualization1.png|thumb|upright=1.2|साइटोस्केप द्वारा देखे गए यीस्ट प्रोटीन-प्रोटीन/प्रोटीन-डीएनए इंटरेक्शन नेटवर्क। नोड डिग्री को नोड आकार में मैप किया जाता है]]जबकि '''साइटोस्केप''' का उपयोग सामान्यतः जैविक अनुसंधान अनुप्रयोगों के लिए किया जाता है, यह उपयोग के संदर्भ में अज्ञेयवादी है। इस प्रकार साइटोस्केप नोड्स और किनारों (उदाहरण के लिए, सामाजिक नेटवर्क) से जुड़े किसी भी प्रकार के नेटवर्क ग्राफ़ की कल्पना और विश्लेषण कर सकता है। इस प्रकार साइटोस्केप के सॉफ़्टवेयर आर्किटेक्चर का महत्वपूर्ण पहलू विशेष सुविधाओं के लिए प्लगइन्स का उपयोग है। प्लगइन्स कोर डेवलपर्स और बड़े उपयोगकर्ता समुदाय द्वारा विकसित किए जाते हैं।
[[Image:Cytoscape network visualization1.png|thumb|upright=1.2|साइटोस्केप द्वारा देखे गए यीस्ट प्रोटीन-प्रोटीन/प्रोटीन-डीएनए इंटरेक्शन नेटवर्क। इस प्रकार नोड डिग्री को नोड आकार में मानचित्र किया जाता है।]]जबकि साइटोस्केप का उपयोग सामान्यतः जैविक अनुसंधान अनुप्रयोगों के लिए किया जाता है, यह उपयोग के संदर्भ में अज्ञेयवादी है। इस प्रकार साइटोस्केप नोड्स और किनारों (उदाहरण के लिए, सामाजिक नेटवर्क) से जुड़े किसी भी प्रकार के नेटवर्क आलेख की कल्पना और विश्लेषण कर सकता है। सामान्यतः साइटोस्केप के सॉफ़्टवेयर वस्तुकला का महत्वपूर्ण पहलू विशेष सुविधाओं के लिए प्लगइन्स का उपयोग है। अतः प्लगइन्स कोर डेवलपर्स और बड़े उपयोगकर्ता समुदाय द्वारा विकसित किए जाते हैं।


== यह भी देखें ==
== यह भी देखें ==
* [[कम्प्यूटेशनल जीनोमिक्स]]
* [[कम्प्यूटेशनल जीनोमिक्स]]
* [[ग्राफ़ आरेखण]]
* [[ग्राफ़ आरेखण|आलेख आरेखण]]
* जावास्क्रिप्ट ढांचा
* जावास्क्रिप्ट स्वरूप
* [[जावास्क्रिप्ट ढाँचा]]
* [[जावास्क्रिप्ट ढाँचा|जावास्क्रिप्ट स्वरूप]]
* मेटाबोलिक नेटवर्क मॉडलिंग
* मेटाबोलिक नेटवर्क मॉडलिंग
* प्रोटीन-प्रोटीन अंतःक्रिया भविष्यवाणी
* प्रोटीन-प्रोटीन अंतःक्रिया भविष्यवाणी

Revision as of 11:19, 7 July 2023

Original author(s)इंस्टीट्यूट फॉर सिस्टम्स बायोलॉजी
Developer(s)साइटोस्केप टीम
Initial releaseजुलाई 2002
Stable release
3.8.2 / [1]
Written inजावा
Operating systemकोई भी (जावा-आधारित)
Typeमूर्ति प्रोद्योगिकी
Licenseएलजीपीएल
Websitewww.cytoscape.org

साइटोस्केप विज़ुअलाइज़ेशन (ग्राफ़िक) मेटाबोलिक नेटवर्क मॉडलिंग और जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल और अन्य स्थिति डेटा के साथ एकीकरण के लिए खुला स्रोत सॉफ्टवेयर जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर मंच है। इस प्रकार अतिरिक्त सुविधाएं प्लग-इन (कंप्यूटिंग) के रूप में उपलब्ध हैं। चूँकि प्लगइन्स नेटवर्क और आणविक प्रोफाइलिंग विश्लेषण, नए लेआउट, अतिरिक्त फ़ाइल प्रारूप समर्थन और डेटाबेस के साथ कनेक्शन और बड़े नेटवर्क में खोज के लिए उपलब्ध होता हैं। इस प्रकार प्लगइन्स को किसी के द्वारा साइटोस्केप ओपन जावा (प्रोग्रामिंग भाषा) सॉफ्टवेयर वस्तुकला का उपयोग करके विकसित किया जा सकता है और प्लगइन सामुदायिक विकास को प्रोत्साहित किया जाता है।[2][3] इस प्रकार साइटोस्केप में साइटोस्केप.जेएस नामक जावास्क्रिप्ट-केंद्रित सहयोगी परियोजना भी है जिसका उपयोग ब्राउज़र की भांति जावास्क्रिप्ट वातावरण में आलेख का विश्लेषण और कल्पना करने के लिए किया जा सकता है।

इतिहास

साइटोस्केप मूल रूप से वर्ष 2002 में सिएटल में इंस्टीट्यूट ऑफ सिस्टम्स बायोलॉजी में बनाया गया था। इस प्रकार अब, इसे खुले स्त्रोत डेवलपर्स के अंतरराष्ट्रीय संघ द्वारा विकसित किया गया है। इस प्रकार साइटोस्केप को प्रारंभ में जुलाई, सन्न 2002 में सार्वजनिक किया गया था (v0.8); दूसरी रिलीज़ (v0.9) नवंबर 2002 में हुई थी, और v1.0 मार्च सन्न 2003 में रिलीज़ हुई थी। इस प्रकार संस्करण 1.1.1, 1.0 श्रृंखला के लिए अंतिम स्थिर रिलीज़ है। संस्करण 2.0 प्रारंभ में सन्न 2004 में प्रचलित किया गया था; साइटोस्केप 2.83, अंतिम 2.xx संस्करण, मई सन्न 2012 में प्रचलित किया गया था। संस्करण 3.0 1 फरवरी, वर्ष 2013 को प्रचलित किया गया था और नवीनतम संस्करण, 3.4.0, मई, सन्न 2016 में प्रचलित किया गया था।

विकास

साइटोस्केप कोर डेवलपर टीम इस परियोजना पर काम करना प्रचलित रखती है और सन्न 2013 में साइटोस्केप 3.0 प्रचलित किया। इस प्रकार यह साइटोस्केप वस्तुकला में बड़े परिवर्तन का प्रतिनिधित्व करता है। यह सॉफ़्टवेयर का अधिक मॉड्यूलरीकृत, विस्तार योग्य और रखरखाव योग्य संस्करण होता है।[4]

उपयोग

साइटोस्केप द्वारा देखे गए यीस्ट प्रोटीन-प्रोटीन/प्रोटीन-डीएनए इंटरेक्शन नेटवर्क। इस प्रकार नोड डिग्री को नोड आकार में मानचित्र किया जाता है।

जबकि साइटोस्केप का उपयोग सामान्यतः जैविक अनुसंधान अनुप्रयोगों के लिए किया जाता है, यह उपयोग के संदर्भ में अज्ञेयवादी है। इस प्रकार साइटोस्केप नोड्स और किनारों (उदाहरण के लिए, सामाजिक नेटवर्क) से जुड़े किसी भी प्रकार के नेटवर्क आलेख की कल्पना और विश्लेषण कर सकता है। सामान्यतः साइटोस्केप के सॉफ़्टवेयर वस्तुकला का महत्वपूर्ण पहलू विशेष सुविधाओं के लिए प्लगइन्स का उपयोग है। अतः प्लगइन्स कोर डेवलपर्स और बड़े उपयोगकर्ता समुदाय द्वारा विकसित किए जाते हैं।

यह भी देखें

संदर्भ

  1. ↑ Template:वेब उद्धृत करें
  2. ↑ Shannon P, Markiel A, Ozier O, et al. (2003). "Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks". Genome Res. 13 (11): 2498–504. doi:10.1101/gr.1239303. PMC 403769. PMID 14597658.
  3. ↑ Bell GW, Lewitter F (2006). "विज़ुअलाइज़िंग नेटवर्क". Meth. Enzymol. 411: 408–21. doi:10.1016/S0076-6879(06)11022-8. PMID 16939803.
  4. ↑ Cytoscape Product Roadmap

बाहरी संबंध

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