डेंड्रोग्राम: Difference between revisions
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[[File:UPGMA Dendrogram Hierarchical.svg|thumb|नोड्स की ऊंचाई के साथ एक पदानुक्रमित | [[File:UPGMA Dendrogram Hierarchical.svg|thumb|नोड्स की ऊंचाई के साथ एक पदानुक्रमित गुच्छन (UPGMA) का डेंड्रोग्राम (बैक्टीरियल 5S rRNA अनुक्रम डेटा से अनुकूलित)<ref name="Swofford1996">{{cite book|title=Molecular Systematics, 2nd edition|last1=Swofford|first1=David L.|last2=Olsen|first2=Gary J.|last3=Waddell|first3=Peter J.|last4=Hillis|first4=David M. | name-list-style = vanc |year=1996|isbn=9780878932825|editor-last1=Hillis|editor-first1=David M.|editor-last2=Moritz|editor-first2=Craig|editor-last3=Mable|editor-first3=Barbara K.|publisher=Sinauer|location=Sunderland, MA|pages=407–514|chapter=Phylogenetic inference}}</ref>).]] | ||
[[File:Phylogenetic tree.svg|thumb|जीवन के वृक्ष का एक डेंड्रोग्राम। यह फ़ाइलोजेनेटिक | [[File:Phylogenetic tree.svg|thumb|[[जीवन के वृक्ष]] का एक डेंड्रोग्राम। यह फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष वोइस एट अल से अनुकूलित है। rRNA विश्लेषण।<ref name="Woese_1990">{{cite journal | last1 = Woese | first1 = Carl R.| author-link1 = Carl Woese | last2 = Kandler | first2 = O | last3 = Wheelis | first3= M | title = जीवों की एक प्राकृतिक प्रणाली की ओर: आर्किया, बैक्टीरिया और यूकेरिया डोमेन के लिए प्रस्ताव| url=http://www.pnas.org/content/87/12/4576.full.pdf | journal = Proc Natl Acad Sci USA | volume = 87 | issue = 12 | pages = 4576–4579 | year = 1990 | pmid = 2112744 | doi = 10.1073/pnas.87.12.4576 | pmc = 54159 | bibcode=1990PNAS...87.4576W| author2-link = Otto Kandler| doi-access = free}}</ref> नीचे की ऊर्ध्वाधर रेखा [[अंतिम सार्वभौमिक सामान्य पूर्वज|अंतिम समष्टीय सामान्य एन्सेस्टर]] (LUCA) का निरूपण करती है।]]'''डेंड्रोग्राम''' (वंशवृक्ष) एक [[वृक्ष]] का निरूपण करने वाला एक आरेख है। यह आरेखीय निरूपण अधिकतर विभिन्न संदर्भों में उपयोग किया जाता है: | ||
* [[पदानुक्रमित क्लस्टरिंग]] में, यह | * [[पदानुक्रमित क्लस्टरिंग|पदानुक्रमित गुच्छन]] (क्लस्टरिंग)में, यह संगत विश्लेषणों द्वारा निर्मित गुच्छों की व्यवस्था को दर्शाता है।<ref>{{cite book |last= Everitt |first= Brian |date= 1998 |title= सांख्यिकी का शब्दकोश|location= Cambridge, UK |publisher= Cambridge University Press |page= [https://archive.org/details/cambridgediction00ever_0/page/96 96] |isbn= 0-521-59346-8 |url-access= registration |url= https://archive.org/details/cambridgediction00ever_0/page/96 }}</ref> | ||
* [[ | * [[अभिकलनात्मक जीव विज्ञान]] में, यह कभी-कभी[[ गर्मी के नक्शे | हीटमैप्स]] के मार्जिनों (सीमांतों) पर [[जीन]] या नमूनों का गुच्छन दिखाता है।<ref name="Wilkinson2009">{{cite journal|last1=Wilkinson|first1=Leland|last2=Friendly|first2=Michael|title=क्लस्टर हीट मैप का इतिहास|journal=The American Statistician|date=May 2009|volume=63|issue=2|pages=179–184|doi=10.1198/tas.2009.0033|s2cid=122792460}}</ref> | ||
* [[फाइलोजेनेटिक्स]] में, यह विभिन्न जैविक [[टैक्सा]] के | * [[फाइलोजेनेटिक्स]] में, यह विभिन्न जैविक [[टैक्सा|वर्गकों]] के मध्य [[विकासीय]] संबंधों को प्रदर्शित करता है। इस स्थिति में, डेंड्रोग्राम को [[फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष]] भी कहा जाता है।<ref>{{Cite encyclopedia|url=https://www.britannica.com/science/phylogenetic-tree|title=फाइलोजेनेटिक वृक्ष (जीव विज्ञान)|encyclopedia=Encyclopedia Britannica|access-date=2018-10-22|language=en}}</ref> | ||
डेंड्रोग्राम नाम दो प्राचीन ग्रीक शब्दों | डेंड्रोग्राम नाम दो [[प्राचीन ग्रीक]] शब्दों {{wikt-lang|grc|δένδρον}} ({{grc-transl|डेंड्रोन}}) से लिया गया है, जिसका अर्थ वृक्ष, और {{wikt-lang|grc|γράμμα}} ({{grc-transl|ग्रामा}}) है, जिसका अर्थ आरेखण, गणितीय आकृति है।<ref>{{Cite book |title=Abrégé du dictionnaire grec français |last=Bailly |first=Anatole |date=1981-01-01 |publisher=Hachette |isbn=2010035283 |location=Paris |oclc=461974285 }}</ref><ref>{{Cite web |url=http://www.tabularium.be/bailly/ |title=ग्रीक-फ़्रेंच शब्दकोश ऑनलाइन|last=Bailly |first=Anatole |website=www.tabularium.be |access-date=October 20, 2018}}</ref> | ||
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गुच्छन उदाहरण के लिए, मान लीजिए कि [[आनुवंशिक]] [[दूरी]] के मैट्रिक्स के आधार पर [[UPGMA]] द्वारा पांच जैविक वर्गकों (''a'' से ''e'') को गुच्छित किया गया है। पदानुक्रमित गुच्छन डेंड्रोग्राम में पांच नोड्स (पर्वसंधि) का एक स्तंभ दिखाई देगा, जो प्रारंभिक डेटा को दर्शाएगा (यहां व्यक्तिगत वर्गकों को दर्शाएगा), और शेष नोड्स उन गुच्छों का निरूपण करते हैं जिनसे डेटा संबंधित है, तीर दूरी (असमानता) का निरूपण करते हैं। विलयित गुच्छों के मध्य की दूरी एक समान है, जो विलय के स्तर के साथ बढ़ती है: आलेख (प्लॉट) में प्रत्येक नोड की ऊंचाई उसकी दो संततियों के मध्य अन्त:समूह असमानता के मूल्य के समानुपाती होती है (दाईं ओर के नोड्स व्यक्तिगत अवलोकनों का निरूपण करते हैं, सभी शून्य पर आलेखित किए गए हैं)। | |||
== यह भी देखें == | == यह भी देखें == | ||
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* [https://cran.r-project.org/web/packages/dendextend/vignettes/Cluster_Analysis.html#the-3-clusters-from-the-complete-method-vs-the-real-species-category Iris dendrogram] - Example of using a dendrogram to visualize the 3 clusters from [[hierarchical clustering]] using the "complete" method vs the real species category (using [[R (programming language)|R]]). | * [https://cran.r-project.org/web/packages/dendextend/vignettes/Cluster_Analysis.html#the-3-clusters-from-the-complete-method-vs-the-real-species-category Iris dendrogram] - Example of using a dendrogram to visualize the 3 clusters from [[hierarchical clustering]] using the "complete" method vs the real species category (using [[R (programming language)|R]]). | ||
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नोड्स की ऊंचाई के साथ एक पदानुक्रमित गुच्छन (UPGMA) का डेंड्रोग्राम (बैक्टीरियल 5S rRNA अनुक्रम डेटा से अनुकूलित)[1]).
जीवन के वृक्ष का एक डेंड्रोग्राम। यह फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष वोइस एट अल से अनुकूलित है। rRNA विश्लेषण।[2] नीचे की ऊर्ध्वाधर रेखा अंतिम समष्टीय सामान्य एन्सेस्टर (LUCA) का निरूपण करती है।
डेंड्रोग्राम (वंशवृक्ष) एक वृक्ष का निरूपण करने वाला एक आरेख है। यह आरेखीय निरूपण अधिकतर विभिन्न संदर्भों में उपयोग किया जाता है:
- पदानुक्रमित गुच्छन (क्लस्टरिंग)में, यह संगत विश्लेषणों द्वारा निर्मित गुच्छों की व्यवस्था को दर्शाता है।[3]
- अभिकलनात्मक जीव विज्ञान में, यह कभी-कभी हीटमैप्स के मार्जिनों (सीमांतों) पर जीन या नमूनों का गुच्छन दिखाता है।[4]
- फाइलोजेनेटिक्स में, यह विभिन्न जैविक वर्गकों के मध्य विकासीय संबंधों को प्रदर्शित करता है। इस स्थिति में, डेंड्रोग्राम को फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष भी कहा जाता है।[5]
डेंड्रोग्राम नाम दो प्राचीन ग्रीक शब्दों δένδρον (डेंड्रोन) से लिया गया है, जिसका अर्थ वृक्ष, और γράμμα (ग्रामा) है, जिसका अर्थ आरेखण, गणितीय आकृति है।[6][7]
गुच्छन उदाहरण
गुच्छन उदाहरण के लिए, मान लीजिए कि आनुवंशिक दूरी के मैट्रिक्स के आधार पर UPGMA द्वारा पांच जैविक वर्गकों (a से e) को गुच्छित किया गया है। पदानुक्रमित गुच्छन डेंड्रोग्राम में पांच नोड्स (पर्वसंधि) का एक स्तंभ दिखाई देगा, जो प्रारंभिक डेटा को दर्शाएगा (यहां व्यक्तिगत वर्गकों को दर्शाएगा), और शेष नोड्स उन गुच्छों का निरूपण करते हैं जिनसे डेटा संबंधित है, तीर दूरी (असमानता) का निरूपण करते हैं। विलयित गुच्छों के मध्य की दूरी एक समान है, जो विलय के स्तर के साथ बढ़ती है: आलेख (प्लॉट) में प्रत्येक नोड की ऊंचाई उसकी दो संततियों के मध्य अन्त:समूह असमानता के मूल्य के समानुपाती होती है (दाईं ओर के नोड्स व्यक्तिगत अवलोकनों का निरूपण करते हैं, सभी शून्य पर आलेखित किए गए हैं)।
यह भी देखें
- शाखाचित्र
- फिलोजेनी में दूरी मैट्रिक्स
- पदानुक्रमित गुच्छन
- MEGA, डेंड्रोग्राम बनाने के लिए एक फ्रीवेयर
- yEd, आरेखण और स्वचालित रूप से व्यवस्थित करने के लिए एक फ्रीवेयर
- वर्गीकरण
संदर्भ
उद्धरण
- ↑ Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996). "Phylogenetic inference". In Hillis DM, Moritz C, Mable BK (eds.). Molecular Systematics, 2nd edition. Sunderland, MA: Sinauer. pp. 407–514. ISBN 9780878932825.
- ↑ Woese, Carl R.; Kandler, O; Wheelis, M (1990). "जीवों की एक प्राकृतिक प्रणाली की ओर: आर्किया, बैक्टीरिया और यूकेरिया डोमेन के लिए प्रस्ताव" (PDF). Proc Natl Acad Sci USA. 87 (12): 4576–4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
- ↑ Everitt, Brian (1998). सांख्यिकी का शब्दकोश. Cambridge, UK: Cambridge University Press. p. 96. ISBN 0-521-59346-8.
- ↑ Wilkinson, Leland; Friendly, Michael (May 2009). "क्लस्टर हीट मैप का इतिहास". The American Statistician. 63 (2): 179–184. doi:10.1198/tas.2009.0033. S2CID 122792460.
- ↑ "फाइलोजेनेटिक वृक्ष (जीव विज्ञान)". Encyclopedia Britannica (in English). Retrieved 2018-10-22.
- ↑ Bailly, Anatole (1981-01-01). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN 2010035283. OCLC 461974285.
- ↑ Bailly, Anatole. "ग्रीक-फ़्रेंच शब्दकोश ऑनलाइन". www.tabularium.be. Retrieved October 20, 2018.
स्रोत
- Galili, T. (2015). "dendextend: पदानुक्रमित क्लस्टरिंग के पेड़ों को देखने, समायोजित करने और तुलना करने के लिए एक आर पैकेज". Bioinformatics. 31 (22): 3718–3720. doi:10.1093/bioinformatics/btv428. PMC 4817050. PMID 26209431.
बाहरी संबंध
- Iris dendrogram - Example of using a dendrogram to visualize the 3 clusters from hierarchical clustering using the "complete" method vs the real species category (using R).
