जैव सूचना विज्ञान वर्कफ़्लो प्रबंधन प्रणाली: Difference between revisions

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{{Redirect|IDBS||IDB (disambiguation){{!}}IDB}}जैव सूचना विज्ञान [[workflows|वर्कफ़्लो]] प्रबंधन प्रणाली वर्कफ़्लो का विशेष रूप है जिसे विशेष रूप से कम्प्यूटेशनल या डेटा परिवर्तन चरणों या वर्कफ़्लो की श्रृंखला बनाने और निष्पादित करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जो जैव सूचना विज्ञान से संबंधित है।
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'''जैव सूचना विज्ञान [[workflows|वर्कफ़्लो]] प्रबंधन प्रणाली''' वर्कफ़्लो का विशेष रूप है जिसे विशेष रूप से कम्प्यूटेशनल या डेटा परिवर्तन चरणों या वर्कफ़्लो की श्रृंखला बनाने और निष्पादित करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जो जैव सूचना विज्ञान से संबंधित है।


वर्तमान में कई भिन्न-भिन्न वर्कफ़्लो प्रणालियाँ हैं। कुछ को [[खगोल]] विज्ञान और पृथ्वी विज्ञान जैसे कई भिन्न-भिन्न विषयों के वैज्ञानिकों द्वारा उपयोग के लिए [[वैज्ञानिक कार्यप्रवाह प्रणाली]] के रूप में अधिक विकसित किया गया है। ऐसी सभी प्रणालियाँ अमूर्त प्रतिनिधित्व पर आधारित हैं कि निर्देशित ग्राफ के रूप में गणना कैसे आगे बढ़ती है, जहां प्रत्येक नोड निष्पादित होने वाले कार्य का प्रतिनिधित्व करता है और किनारे विभिन्न कार्यों के मध्य डेटा प्रवाह या निष्पादन निर्भरता का प्रतिनिधित्व करते हैं। प्रत्येक प्रणाली सामान्यतः विज़ुअल फ्रंट-एंड प्रदान करता है, जो उपयोगकर्ता को कम या बिना किसी प्रोग्रामिंग विशेषज्ञता के जटिल एप्लिकेशन बनाने और संशोधित करने की अनुमति देता है।<ref>{{Cite journal | last1 = Oinn | first1 = T. | last2 = Greenwood | first2 = M. | last3 = Addis | first3 = M. | last4 = Alpdemir | first4 = M. N. | last5 = Ferris | first5 = J. | last6 = Glover | first6 = K. | last7 = Goble | first7 = C. | author-link7 = Carole Goble| last8 = Goderis | first8 = A. | last9 = Hull | first9 = D. | doi = 10.1002/cpe.993 | last10 = Marvin | first10 = D. | last11 = Li | first11 = P. | last12 = Lord | first12 = P. | last13 = Pocock | first13 = M. R. | last14 = Senger | first14 = M. | last15 = Stevens | first15 = R. | last16 = Wipat | first16 = A. | last17 = Wroe | first17 = C. | title = Taverna: Lessons in creating a workflow environment for the life sciences | journal = Concurrency and Computation: Practice and Experience | volume = 18 | issue = 10 | pages = 1067–1100 | year = 2006 | s2cid = 10219281 | url = https://eprints.soton.ac.uk/260908/1/taverna-ccpe-reviewed.pdf }}</ref><ref>{{Cite journal | last1 = Yu | first1 = J. | last2 = Buyya | first2 = R. | doi = 10.1145/1084805.1084814 | title = ग्रिड कंप्यूटिंग के लिए वैज्ञानिक वर्कफ़्लो सिस्टम का वर्गीकरण| journal = ACM SIGMOD Record | volume = 34 | issue = 3 | pages = 44 | year = 2005 | citeseerx = 10.1.1.63.3176 | s2cid = 538714 }}</ref><ref name="CIBEC 2008">{{Cite book | last1 = Curcin | first1 = V. | last2 = Ghanem | first2 = M. | title = Scientific workflow systems - can one size fit all? | doi = 10.1109/CIBEC.2008.4786077 | pages = 1–9 | year = 2008 | journal=2008 Cairo International Biomedical Engineering Conference| isbn = 978-1-4244-2694-2 | s2cid = 1885579 }}</ref>
वर्तमान में कई भिन्न-भिन्न वर्कफ़्लो प्रणालियाँ हैं। कुछ को [[खगोल]] विज्ञान और पृथ्वी विज्ञान जैसे कई भिन्न-भिन्न विषयों के वैज्ञानिकों द्वारा उपयोग के लिए [[वैज्ञानिक कार्यप्रवाह प्रणाली]] के रूप में अधिक विकसित किया गया है। ऐसी सभी प्रणालियाँ अमूर्त प्रतिनिधित्व पर आधारित हैं कि निर्देशित ग्राफ के रूप में गणना कैसे आगे बढ़ती है, जहां प्रत्येक नोड निष्पादित होने वाले कार्य का प्रतिनिधित्व करता है और किनारे विभिन्न कार्यों के मध्य डेटा प्रवाह या निष्पादन निर्भरता का प्रतिनिधित्व करते हैं। प्रत्येक प्रणाली सामान्यतः विज़ुअल फ्रंट-एंड प्रदान करता है, जो उपयोगकर्ता को कम या बिना किसी प्रोग्रामिंग विशेषज्ञता के जटिल एप्लिकेशन बनाने और संशोधित करने की अनुमति देता है।<ref>{{Cite journal | last1 = Oinn | first1 = T. | last2 = Greenwood | first2 = M. | last3 = Addis | first3 = M. | last4 = Alpdemir | first4 = M. N. | last5 = Ferris | first5 = J. | last6 = Glover | first6 = K. | last7 = Goble | first7 = C. | author-link7 = Carole Goble| last8 = Goderis | first8 = A. | last9 = Hull | first9 = D. | doi = 10.1002/cpe.993 | last10 = Marvin | first10 = D. | last11 = Li | first11 = P. | last12 = Lord | first12 = P. | last13 = Pocock | first13 = M. R. | last14 = Senger | first14 = M. | last15 = Stevens | first15 = R. | last16 = Wipat | first16 = A. | last17 = Wroe | first17 = C. | title = Taverna: Lessons in creating a workflow environment for the life sciences | journal = Concurrency and Computation: Practice and Experience | volume = 18 | issue = 10 | pages = 1067–1100 | year = 2006 | s2cid = 10219281 | url = https://eprints.soton.ac.uk/260908/1/taverna-ccpe-reviewed.pdf }}</ref><ref>{{Cite journal | last1 = Yu | first1 = J. | last2 = Buyya | first2 = R. | doi = 10.1145/1084805.1084814 | title = ग्रिड कंप्यूटिंग के लिए वैज्ञानिक वर्कफ़्लो सिस्टम का वर्गीकरण| journal = ACM SIGMOD Record | volume = 34 | issue = 3 | pages = 44 | year = 2005 | citeseerx = 10.1.1.63.3176 | s2cid = 538714 }}</ref><ref name="CIBEC 2008">{{Cite book | last1 = Curcin | first1 = V. | last2 = Ghanem | first2 = M. | title = Scientific workflow systems - can one size fit all? | doi = 10.1109/CIBEC.2008.4786077 | pages = 1–9 | year = 2008 | journal=2008 Cairo International Biomedical Engineering Conference| isbn = 978-1-4244-2694-2 | s2cid = 1885579 }}</ref>
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* [[डिस्कवरी नेट]]: वैज्ञानिक वर्कफ़्लो प्रणाली के प्रारंभिक उदाहरणों में से, जिसे पश्चात् में इन्फोरसेंस के रूप में व्यावसायीकरण किया गया जिसे पश्चात् में आईडीबीएस द्वारा अधिग्रहित कर लिया गया।
* [[डिस्कवरी नेट]]: वैज्ञानिक वर्कफ़्लो प्रणाली के प्रारंभिक उदाहरणों में से, जिसे पश्चात् में इन्फोरसेंस के रूप में व्यावसायीकरण किया गया जिसे पश्चात् में आईडीबीएस द्वारा अधिग्रहित कर लिया गया।
*गैलेक्सी (कम्प्यूटेशनल जीवविज्ञान): प्रारंभ में [[जीनोमिक्स]] पर लक्षित<ref>{{Cite journal  
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चयन के लिए बड़ी संख्या में जैव सूचना विज्ञान वर्कफ़्लो प्रणाली के साथ,<ref>{{cite web|url=https://s.apache.org/existing-workflow-systems|title=मौजूदा वर्कफ़्लो सिस्टम|website=Common Workflow Language wiki|archive-url=https://web.archive.org/web/20191017094453/https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/wiki/Existing-Workflow-systems|archive-date=2019-10-17|url-status=live|access-date=2019-10-17}}</ref> विभिन्न वर्कफ़्लो प्रणालियों की विशेषताओं को अध्ययन करना और तुलना करना कठिन हो जाता है। जैव सूचना विज्ञानी के दृष्टिकोण से प्रणालियों के मूल्यांकन और तुलना में अधिक कम कार्य किया गया है, प्रायः जब उन डेटा प्रकारों की तुलना करने का विचार होता है जिनका वे समाधान कर सकते हैं, अंतर्निहित कार्यक्षमताएं जो उपयोगकर्ता को प्रदान की जाती हैं या यहां तक ​​​​कि उनके प्रदर्शन या प्रयोज्यता भी उपस्थित तुलनाओं के उदाहरणों में सम्मिलित हैं:


* पेपर वैज्ञानिक वर्कफ़्लो प्रणाली-क्या आकार सभी में फिट हो सकता है? ,<ref name="CIBEC 2008"/>जो उनके नियंत्रण प्रवाह और डेटा प्रवाह गुणों के आधार पर वर्कफ़्लो प्रणाली की तुलना करने के लिए उच्च-स्तरीय रूपरेखा प्रदान करता है। तुलना की गई प्रणालियों में डिस्कवरी नेट, टवेर्ना वर्कबेंच, ट्रायना, [[केप्लर वैज्ञानिक कार्यप्रवाह प्रणाली]] के साथ-साथ यॉल और [[व्यवसाय प्रक्रिया निष्पादन भाषा]] सम्मिलित हैं।
* पेपर वैज्ञानिक वर्कफ़्लो प्रणाली-क्या आकार सभी में फिट हो सकता है?<ref name="CIBEC 2008"/>जो उनके नियंत्रण प्रवाह और डेटा प्रवाह गुणों के आधार पर वर्कफ़्लो प्रणाली की तुलना करने के लिए उच्च-स्तरीय रूपरेखा प्रदान करता है। तुलना की गई प्रणालियों में डिस्कवरी नेट, टवेर्ना वर्कबेंच, ट्रायना, [[केप्लर वैज्ञानिक कार्यप्रवाह प्रणाली]] के साथ-साथ यॉल और [[व्यवसाय प्रक्रिया निष्पादन भाषा]] सम्मिलित हैं।
* '''पेपर मेटा-वर्कफ़्लोज़:''' गैलेक्सी और टवेर्ना के मध्य पैटर्न-आधारित इंटरऑपरेबिलिटी<ref>
* '''पेपर मेटा-वर्कफ़्लोज़:''' गैलेक्सी और टवेर्ना के मध्य पैटर्न-आधारित इंटरऑपरेबिलिटी<ref>
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"आईडीबीएस" redirects here. For other uses, see आईडीबी.

जैव सूचना विज्ञान वर्कफ़्लो प्रबंधन प्रणाली वर्कफ़्लो का विशेष रूप है जिसे विशेष रूप से कम्प्यूटेशनल या डेटा परिवर्तन चरणों या वर्कफ़्लो की श्रृंखला बनाने और निष्पादित करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जो जैव सूचना विज्ञान से संबंधित है।

वर्तमान में कई भिन्न-भिन्न वर्कफ़्लो प्रणालियाँ हैं। कुछ को खगोल विज्ञान और पृथ्वी विज्ञान जैसे कई भिन्न-भिन्न विषयों के वैज्ञानिकों द्वारा उपयोग के लिए वैज्ञानिक कार्यप्रवाह प्रणाली के रूप में अधिक विकसित किया गया है। ऐसी सभी प्रणालियाँ अमूर्त प्रतिनिधित्व पर आधारित हैं कि निर्देशित ग्राफ के रूप में गणना कैसे आगे बढ़ती है, जहां प्रत्येक नोड निष्पादित होने वाले कार्य का प्रतिनिधित्व करता है और किनारे विभिन्न कार्यों के मध्य डेटा प्रवाह या निष्पादन निर्भरता का प्रतिनिधित्व करते हैं। प्रत्येक प्रणाली सामान्यतः विज़ुअल फ्रंट-एंड प्रदान करता है, जो उपयोगकर्ता को कम या बिना किसी प्रोग्रामिंग विशेषज्ञता के जटिल एप्लिकेशन बनाने और संशोधित करने की अनुमति देता है।[1][2][3]

उदाहरण

वर्णानुक्रम में, जैव सूचना विज्ञान वर्कफ़्लो प्रबंधन प्रणालियों के कुछ उदाहरणों में सम्मिलित हैं:

  • एंडुरिल (वर्कफ़्लो इंजन) जैव सूचना विज्ञान और छवि विश्लेषण।[4][5]
  • बायोबाइक: वेब आधारित, प्रोग्रामयोग्य, एकीकृत जैविक ज्ञान का आधार।[6]
  • सीएलसी बायो, क्यूजेन डिजिटल इनसाइट्स का जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण और वर्कफ़्लो प्रबंधन प्लेटफार्म है।
  • विज्ञान-शिक्षा से क्लोन प्रबंधक।
  • क्यूनिफॉर्म (प्रोग्रामिंग भाषा): बड़े पैमाने पर डेटा विश्लेषण के लिए कार्यात्मक वर्कफ़्लो भाषा[7]
  • डिस्कवरी नेट: वैज्ञानिक वर्कफ़्लो प्रणाली के प्रारंभिक उदाहरणों में से, जिसे पश्चात् में इन्फोरसेंस के रूप में व्यावसायीकरण किया गया जिसे पश्चात् में आईडीबीएस द्वारा अधिग्रहित कर लिया गया।
  • गैलेक्सी (कम्प्यूटेशनल जीवविज्ञान): प्रारंभ में जीनोमिक्स पर लक्षित।[8]
  • जीनपैटर्न: वैज्ञानिक वर्कफ़्लो प्रणाली जो सैकड़ों जीनोमिक विश्लेषण उपकरणों तक पहुंच प्रदान करती है।[9]
  • KNIME द कॉन्स्टैन्ज़ इंफॉर्मेशन माइनर।[10]
  • टवेर्ना कार्यक्षेत्र पर आधारित ऑनलाइनएचपीसी ऑनलाइन वर्कफ़्लो डिज़ाइनर।
  • UGENE वर्कफ़्लो प्रबंधन प्रणाली प्रदान करता है जो स्थानीय कंप्यूटर पर स्थापित होती है[11]
  • विज़ट्रेल्स[12]

कार्यप्रवाह प्रणालियों के मध्य तुलना

चयन के लिए बड़ी संख्या में जैव सूचना विज्ञान वर्कफ़्लो प्रणाली के साथ,[13] विभिन्न वर्कफ़्लो प्रणालियों की विशेषताओं को अध्ययन करना और तुलना करना कठिन हो जाता है। जैव सूचना विज्ञानी के दृष्टिकोण से प्रणालियों के मूल्यांकन और तुलना में अधिक कम कार्य किया गया है, प्रायः जब उन डेटा प्रकारों की तुलना करने का विचार होता है जिनका वे समाधान कर सकते हैं, अंतर्निहित कार्यक्षमताएं जो उपयोगकर्ता को प्रदान की जाती हैं या यहां तक ​​​​कि उनके प्रदर्शन या प्रयोज्यता भी उपस्थित तुलनाओं के उदाहरणों में सम्मिलित हैं:

  • पेपर वैज्ञानिक वर्कफ़्लो प्रणाली-क्या आकार सभी में फिट हो सकता है?[3]जो उनके नियंत्रण प्रवाह और डेटा प्रवाह गुणों के आधार पर वर्कफ़्लो प्रणाली की तुलना करने के लिए उच्च-स्तरीय रूपरेखा प्रदान करता है। तुलना की गई प्रणालियों में डिस्कवरी नेट, टवेर्ना वर्कबेंच, ट्रायना, केप्लर वैज्ञानिक कार्यप्रवाह प्रणाली के साथ-साथ यॉल और व्यवसाय प्रक्रिया निष्पादन भाषा सम्मिलित हैं।
  • पेपर मेटा-वर्कफ़्लोज़: गैलेक्सी और टवेर्ना के मध्य पैटर्न-आधारित इंटरऑपरेबिलिटी[14] जो दोनों प्रणालियों के मध्य अंतरसंचालनीयता को सक्षम करने के संदर्भ में टवेर्ना वर्कबेंच और गैलेक्सी (कम्प्यूटेशनल बायोलॉजी) के मध्य अधिक उपयोगकर्ता-उन्मुख तुलना प्रदान करता है।
  • इंफ्रास्ट्रक्चर पेपर "डिलीवरिंग आईसीटी इंफ्रास्ट्रक्चर फॉर बायोमेडिकल रिसर्च"[15] क्लाउड-डिलीवरी प्रारूप में मूलभूत रूप की आवश्यकताओं के संदर्भ में दो वर्कफ़्लो प्रणाली, एंडुरिल और चिपस्टर[16] की तुलना करता है।
  • पेपर जैव सूचनात्मक पाइपलाइन रूप की समीक्षा[17] तीन आयामों के आधार पर वर्कफ़्लो प्रबंधन प्रणालियों को वर्गीकृत करने का प्रयास करता है: "अंतर्निहित या स्पष्ट वाक्यविन्यास का उपयोग करना, कॉन्फ़िगरेशन, सम्मेलन या वर्ग-आधारित डिज़ाइन प्रतिमान का उपयोग करना और कमांड लाइन या कार्यक्षेत्र को प्रस्तुत करना"।

संदर्भ

  1. ↑ Oinn, T.; Greenwood, M.; Addis, M.; Alpdemir, M. N.; Ferris, J.; Glover, K.; Goble, C.; Goderis, A.; Hull, D.; Marvin, D.; Li, P.; Lord, P.; Pocock, M. R.; Senger, M.; Stevens, R.; Wipat, A.; Wroe, C. (2006). "Taverna: Lessons in creating a workflow environment for the life sciences" (PDF). Concurrency and Computation: Practice and Experience. 18 (10): 1067–1100. doi:10.1002/cpe.993. S2CID 10219281.
  2. ↑ Yu, J.; Buyya, R. (2005). "ग्रिड कंप्यूटिंग के लिए वैज्ञानिक वर्कफ़्लो सिस्टम का वर्गीकरण". ACM SIGMOD Record. 34 (3): 44. CiteSeerX 10.1.1.63.3176. doi:10.1145/1084805.1084814. S2CID 538714.
  3. ↑ 3.0 3.1 Curcin, V.; Ghanem, M. (2008). Scientific workflow systems - can one size fit all?. pp. 1–9. doi:10.1109/CIBEC.2008.4786077. ISBN 978-1-4244-2694-2. S2CID 1885579. {{cite book}}: |journal= ignored (help)
  4. ↑ "Anduril workflow website".
  5. ↑ Ovaska, Kristian; Laakso, Marko; Haapa-Paananen, Saija; Louhimo, Riku; Chen, Ping; Aittomäki, Viljami; Valo, Erkka; Núñez-Fontarnau, Javier; Rantanen, Ville (2010-09-07). "बड़े पैमाने पर डेटा एकीकरण ढांचा ग्लियोब्लास्टोमा मल्टीफॉर्म पर एक व्यापक दृष्टिकोण प्रदान करता है". Genome Medicine. 2 (9): 65. doi:10.1186/gm186. ISSN 1756-994X. PMC 3092116. PMID 20822536.
  6. ↑ Elhai, J.; Taton, A.; Massar, J.; Myers, J. K.; Travers, M.; Casey, J.; Slupesky, M.; Shrager, J. (2009). "BioBIKE: A Web-based, programmable, integrated biological knowledge base". Nucleic Acids Research. 37 (Web Server issue): W28–W32. doi:10.1093/nar/gkp354. PMC 2703918. PMID 19433511.
  7. ↑ Brandt, Jörgen; Bux, Marc N.; Leser, Ulf (2015). "Cuneiform: A functional language for large scale scientific data analysis" (PDF). Proceedings of the Workshops of the EDBT/ICDT. 1330: 17–26.
  8. ↑ Goecks, J.; Nekrutenko, A.; Taylor, J.; Galaxy Team, T. (2010). "Galaxy: A comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences". Genome Biology. 11 (8): R86. doi:10.1186/gb-2010-11-8-r86. PMC 2945788. PMID 20738864.
  9. ↑ Reich, Michael; et al. (2006). "GenePattern 2.0". Nature Genetics. 38 (1): 500–5001. doi:10.1038/ng0506-500. PMID 16642009. S2CID 5503897.
  10. ↑ Tiwari, Abhishek; Sekhar, Arvind K.T. (2007). "जीवन विज्ञान सूचना विज्ञान के लिए वर्कफ़्लो आधारित रूपरेखा". Computational Biology and Chemistry. 31 (5–6): 305–319. doi:10.1016/j.compbiolchem.2007.08.009. PMID 17931570.
  11. ↑ Okonechnikov, K; Golosova, O; Fursov, M; Ugene, Team (2012). "Unipro UGENE: A unified bioinformatics toolkit". Bioinformatics. 28 (8): 1166–7. doi:10.1093/bioinformatics/bts091. PMID 22368248.
  12. ↑ Bavoil, L.; Callahan, S.P.; Crossno, P.J.; Freire, J.; Scheidegger, C.E.; Silva, C.T.; Vo, H.T. (2005). VisTrails: enabling interactive multiple-view visualizations. pp. 135–142. doi:10.1109/VISUAL.2005.1532788. ISBN 978-0-7803-9462-9. {{cite book}}: |journal= ignored (help)
  13. ↑ "मौजूदा वर्कफ़्लो सिस्टम". Common Workflow Language wiki. Archived from the original on 2019-10-17. Retrieved 2019-10-17.
  14. ↑ Abouelhoda, M.; Alaa, S.; Ghanem, M. (2010). "Meta-workflows". Proceedings of the 1st International Workshop on Workflow Approaches to New Data-centric Science - Wands '10. p. 1. doi:10.1145/1833398.1833400. ISBN 9781450301886. S2CID 17343728.
  15. ↑ Nyrönen, TH; Laitinen, J; et al. (2012), Delivering ICT infrastructure for biomedical research, Proceedings of the WICSA/ECSA 2012 Companion Volume (WICSA/ECSA '12), ACM, pp. 37–44, doi:10.1145/2361999.2362006, ISBN 9781450315685, S2CID 18199745
  16. ↑ Kallio, M. A.; Tuimala, J. T.; Hupponen, T; Klemelä, P; Gentile, M; Scheinin, I; Koski, M; Käki, J; Korpelainen, E. I. (2011). "Chipster: User-friendly analysis software for microarray and other high-throughput data". BMC Genomics. 12: 507. doi:10.1186/1471-2164-12-507. PMC 3215701. PMID 21999641.
  17. ↑ Leipzig J (2016). "जैव सूचनात्मक पाइपलाइन ढाँचे की समीक्षा". Briefings in Bioinformatics. 18 (3): 530–536. doi:10.1093/bib/bbw020. PMC 5429012. PMID 27013646.
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