आणविक यांत्रिकी: Difference between revisions

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इस ईथेन अणु की बंधन खींचने वाली ऊर्जा को कम करने के लिए एक बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान) का उपयोग किया जाता है।

आणविक यांत्रिकी प्रतिरूपण आणविक प्रणालियों के लिए चिरसम्मत यांत्रिकी का उपयोग करती है। बोर्न-ओपेनहाइमर समीपता को मान्यता देते हुए प्रणालियों की संभावित ऊर्जा की गणना बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान) का उपयोग करके परमाणु निर्देशांक के एक कार्य के रूप में की जाती है। आणविक यांत्रिकी का उपयोग छोटे से लेकर बड़े जैविक प्रणालियों या कई हजारों से लाखों परमाणुओं के साथ सामग्री संयोजनों के आकार और जटिलता के अणु प्रणालियों का अध्ययन करने के लिए किया जा सकता है।

सभी-परमाणु आणविक यांत्रिकी विधियों में निम्नलिखित गुण हैं:

प्रत्येक परमाणु को एक कण के रूप में अनुकरण किया जाता है
प्रत्येक कण को एक अर्धव्यास सामान्यतः वैन डेर वाल्स त्रिज्या, ध्रुवीकरण,और एक स्थिर शुद्ध आवेश (सामान्यतः क्वांटम गणना) सौंपा गया है।
योगात्मक प्रभाव को प्रयोगात्मक या गणना की गई योगात्मक लंबाई के बराबर संतुलन दूरी के साथ स्प्रिंग्स के रूप में माना जाता है।

इस विषय पर रूपांतरण संभव हो रहे हैं। उदाहरण के लिए,कई सतत अनुकरण ने ऐतिहासिक रूप से एक संयुक्त परमाणु प्रतिनिधित्व का उपयोग किया है जिसमें प्रत्येक समय-समय पर मिथाइल समूह या मध्यवर्ती मेथिलीन पुल को एक कण माना जाता था,और बड़े प्रोटीन प्रणाली को आमतौर पर एक बीड प्रतिरूपण का उपयोग करके प्रति एमिनो एसिड दो से चार कण निर्दिष्ट करके सतत अनुकरण किया जाता था।

कार्यात्मक रूप

आणविक यांत्रिकी निरंतर विलायक के साथ संभावित ऊर्जा कार्य।

निम्नलिखित कार्यात्मक सारांश,जिसे रसायन विज्ञान में संभावित अंतर-परमाणु कार्य या बल क्षेत्र कहा जाता है, आणविक प्रणाली की संभावित ऊर्जा (E) की व्यक्तिगत ऊर्जा के योग के अंतर्गत दी गई रचना में गणना करता है।

$\ E=E_{\text{covalent}}+E_{\text{noncovalent}}\,$

जहां सहसंयोजक और गैर-सहसंयोजक योगदान के घटक निम्नलिखित योगों द्वारा दिए गए हैं:

$\ E_{\text{covalent}}=E_{\text{bond}}+E_{\text{angle}}+E_{\text{dihedral}}$

$\ E_{\text{noncovalent}}=E_{\text{electrostatic}}+E_{\text{van der Waals}}$

संभावित कार्य या बल क्षेत्र का सटीक कार्यात्मक रूप,उपयोग किये जा रहे विशेष सतत अनुकरण कार्यक्रम पर निर्भर करता है। सामान्यतः सम्बन्ध और कोण के शब्दों को संभावित सामंजस्य के रूप में तैयार किया जाता है जो प्रयोग से प्राप्त परस्पर संतुलन -लंबाई मान के आसपास केंद्रित होता है जो गॉसियन (सॉफ़्टवेयर) जैसे प्रारंभिक प्रकार की विद्युत संरचना की सैद्धांतिक गणना करता है। कंपन विस्तार के सटीक पुनरुत्पादन के लिए,गणितीय मूल्य पर इसके अतिरिक्त मोर्स क्षमता का उपयोग किया जा सकता है। द्वितल या क्षणिक शब्दों में सामान्यतः कई सूक्ष्म संख्या होती हैं और इस प्रकार उन्हें सरल आवर्ती दोलक के रूप में नहीं बनाया जा सकता है, हालांकि उनका विशिष्ट कार्यात्मक रूप कार्यान्वयन के साथ भिन्न होता है। शब्दों के इस वर्ग में अनुचित द्वितल शब्द सम्मिलित हो सकते हैं, जो बाहरी विषय वस्तु के स्थानांतरण के लिए सुधार कारक के रूप में कार्य करते हैं ;उदाहरण के लिए, उनका उपयोग योजनाबद्ध बेंजीन घेरा रखने के लिए या संयुक्त-परमाणु प्रतिनिधित्व में त्रिकोणीय परमाणुओं की सही रेखा और बनावट के लिए किया जा सकता है,

पूर्ण रूप से गणना करने के लिए गैर-बंधित शब्द गणितीय रूप से बहुत अधिक बहुमूल्य हैं, क्योंकि एक विशिष्ट परमाणु अपने कुछ परमाणु से नज़दीक से ही जुड़ा होता है,लेकिन अणु में हर दूसरे परमाणु के साथ संपर्क करता है। संयोग से वैन डेर वाल्स बल की अवधि तेजी से गिरती है,इसे सामान्यतः 6-12 लेनार्ड-जोन्स क्षमता का उपयोग करके तैयार किया जाता है,जिसका अर्थ है कि आकर्षक बल r⁻⁶ और प्रतिकारक बल r⁻¹² के रूप में दूरी के साथ गिर जाते हैं,जहाँ r दो परमाणुओं के बीच की दूरी को दर्शाता है। हालांकि,प्रतिकारक भाग r⁻¹² अभौतिक है, क्योंकि प्रतिकर्षण तीव्रता से बढ़ता है। लेनार्ड-जोन्स 6–12 क्षमता द्वारा वैन डेर वाल्स बलों का विवरण अशुद्धि का परिचय देता है, जो कम दूरी पर महत्वपूर्ण हो जाता है।^[1] सामान्यतः एक कटी हुयी त्रिज्या का उपयोग गणना को गति देने के लिए किया जाता है ताकि परमाणु जोड़े जो कि कटी हुयी त्रिज्या से अधिक दूरी पर हैं,वहां वैन डेर वाल्स परस्पर क्रिया की ऊर्जा शून्य हो।

दीर्घकालिक स्थिर वैद्युत भंडारण परस्पर क्रिया प्रणाली की अध्ययन के तहत महत्वपूर्ण विशेषताएं होती हैं क्योंकि ये शब्द सटीक गणना करने के लिए प्रत्यक्ष रूप से कठिन हैं क्योंकि वे दूरी के साथ तेजी से नहीं गिरते हैं (विशेष रूप से प्रोटीन के लिए)। मूल कार्यात्मक रूप कूलम्ब क्षमता का नियम है,जो केवल r⁻¹ के रूप में गिरता है। इस समस्या का समाधान करने के लिए कई प्रकार के तरीकों का उपयोग किया जाता है,जिसमे वैन डेर वाल्स की तुलना में सबसे सरल और समानांतर एक कटी हुयी त्रिज्या का उपयोग किया जाता है। हालाँकि,यह त्रिज्या अंदर के परमाणुओं और त्रिज्या के बाहर के परमाणुओं के बीच एक तीव्र विच्छिन्नता का परिचय देता है। प्रत्यक्ष स्थिर वैद्युत भंडारण ऊर्जा को संशोधित करने के लिए स्विचिंग या स्केलिंग कार्य कुछ अधिक सटीक तरीके हैं जो गणना की गई ऊर्जा को बाहरी और आंतरिक कटी हुयी त्रिज्या पर 0 से 1 तक सुचारू रूप से बदलते स्केलिंग कारक से गुणा करते हैं। इसके अतिरिक्त इवाल्ड योग विधि (पीएमई) और मल्टीपोल एल्गोरिथम विधि अधिक गणात्मक और परिष्कृतरूप से गहन विधियाँ हैं ।

प्रत्येक ऊर्जा अवधि के कार्यात्मक रूप के अलावा, एक उपयोगी ऊर्जा कार्य बल स्थिरांक, वैन डेर वाल्स गुणात्मक और अन्य स्थिर स्तिथियों के लिए मापदण्ड निर्दिष्ट किया जाना चाहिए। ये शब्द,संतुलन बंधन,कोण और द्वितल मान,आंशिक आवेश मान,परमाणु भार और त्रिज्या और ऊर्जा कार्य परिभाषाओं के साथ सामूहिक रूप से एक बल क्षेत्र कहलाते हैं। मानकीकरण सामान्यतः प्रयोगात्मक मूल्यों और सैद्धांतिक गणना परिणामों के साथ समझौते के माध्यम से किया जाता है। पुर्व एमएम 4 संस्करण में नॉर्मन एल. एलींगर के बल क्षेत्र की गणना 0.35 kcal/mol की आर एम एस त्रुटि के साथ हाइड्रोकार्बन के गठन की ऊष्मा, 24 सेमी की आर एम एस त्रुटि के साथ कंपन स्पेक्ट्रा के लिए की जाती है^-1, 2.2 की आर एम एस त्रुटि के साथ घूर्णी अवरोध° सी-सी आबंध लंबाई 0.004 ए के भीतर और सी-सी-सी कोण 1° के भीतर{{{1}}}^[2] बाद में एम एम 4 संस्करणों में वर्णमाला क्रमिक व्याख्या जैसे विषम परमाणु के साथ यौगिक भी सम्मिलित हैं।^[3]

प्रत्येक बल क्षेत्र को आंतरिक रूप से सुसंगत होने के लिए मानकीकृत किया जाता है, लेकिन मानकीकरण सामान्यतः एक बल क्षेत्र से दूसरे में स्थानांतरित नहीं होते हैं।

आवेदन के क्षेत्र

आणविक यांत्रिकी का मुख्य उपयोग आणविक गतिकी के क्षेत्र में है। यह प्रत्येक कण पर कार्यरत बलों की गणना करने के लिए बल क्षेत्र का उपयोग करता है और कणों की गतिशीलता को प्रतिरूपण करने और प्रक्षेप पथ की भविष्यवाणी करने के लिए एक उपयुक्त पूर्णांक है। पर्याप्त नमूनाकरण और एर्गोडिक परिकल्पना के अधीन,आणविक गतिकी प्रक्षेपवक्र का उपयोग किसी प्रणाली के ऊष्मा गतिकी मापदंडों का अनुमान लगाने या गतिज गुणों की जांच करने के लिए किया जा सकता है,जैसे कि प्रतिक्रिया दर और तंत्र।

आणविक यांत्रिकी का एक अन्य अनुप्रयोग ऊर्जा न्यूनीकरण है,जिससे बल क्षेत्र का उपयोग अनुकूलन मानदंड के रूप में किया जाता है। न्यूनतम स्थानीय ऊर्जा की आणविक संरचना को खोजने के लिए यह विधि उपयुक्त एल्गोरिदम (जैसे ग्रेडियेंट वंश) का उपयोग करती है। ये अतिसूक्ष्म अणु के स्थिर विन्यास के अनुरूप होते हैं और आणविक गति को इन स्थिर विन्यास के बीच चारों ओर कंपन और अंतर्संबंध के रूप में तैयार किया जा सकता है। न्यूनतम वैश्विक ऊर्जा को खोजने के लिए वैश्विक ऊर्जा अनुकूलन के साथ संयुक्त स्थानीय ऊर्जा न्यूनीकरण विधियों को खोजना सामान्य है। परिमित तापमान पर,अणु अपना अधिकांश समय इन निम्न-स्थित अवस्थाओं में व्यतीत करता है, जो इस प्रकार आणविक गुणों पर हावी हो जाता है। सतत अनुकरण ऊष्मा,मेट्रोपोलिस-हेस्टिंग्स एल्गोरिथम और अन्य मोंटे कार्लो विधियों का उपयोग करके या असतत या निरंतर अनुकूलन के विभिन्न नियतात्मक तरीकों का उपयोग करके वैश्विक अनुकूलन को पूरा किया जा सकता है। जबकि बल क्षेत्र गिब्स मुक्त ऊर्जा के केवल तापीय धारिता घटक का प्रतिनिधित्व करता है और केवल इस घटक को ऊर्जा न्यूनीकरण के दौरान सम्मिलित किया जाता है,अतिरिक्त तरीकों के उपयोग के माध्यम से एन्ट्रापी घटक को सम्मिलित करना संभव है, जैसे सामान्य मोड विश्लेषण।

संभावित आणविक यांत्रिकी ऊर्जा कार्यों का उपयोग बाध्यकारी स्थिरांक की गणना के लिए किया गया है,^[4]^[5]^[6]^[7]^[8] जैसे प्रोटीन तह कैनेटीक्स,^[9] प्रोटोनेशन संतुलन,^[10] डॉकिंग (आणविक),^[6]^[11] और प्रोटीन रचना।^[12]

पर्यावरण और समाधान

आणविक यांत्रिकी में, एक अणु या रूचि के अणु के आसपास के वातावरण को परिभाषित करने के कई तरीके उपलब्ध हैं। एक प्रणाली को आसपास के वातावरण में सतत अनुकरण किया जा सकता है जिसमें कोई आसपास का वातावरण नहीं है, लेकिन यह सामान्यतः अवांछनीय है क्योंकि यह आणविक ज्यामिति में विशेष रूप से आवेशित अणुओं में कलाकृतियों का परिचय देता है। सतह आवेश जो सामान्यतः एक दूसरे के अतिरिक्त विलायक अणुओं के साथ परस्पर क्रिया करते हैं, जिससे आणविक अनुरूपता उत्पन्न होती है जो किसी अन्य वातावरण में उपलब्ध होने की संभावना नहीं है। किसी प्रणाली को हल करने का सबसे सटीक तरीका यह है कि सतत अनुकरण बॉक्स में स्पष्ट जल के अणुओं को रूचि के अणुओं के साथ रखा जाए और जल के अणुओं को दूसरे अणुओं की तरह परस्पर क्रिया करने वाले कणों के रूप में माना जाए। जल को एक साधारण कठोर क्षेत्र के रूप में प्रस्तुत करने के लिए विभिन्न प्रकार के जल प्रतिरूपण जटिलता तीन अलग-अलग कणों के रूप में निश्चित बंधन कोणों के साथ, यहां तक कि ऑक्सीजन परमाणु पर असंगत इलेक्ट्रॉनों के लिए चार या पांच अलग-अलग संपर्क केंद्रों के रूप में बढ़ते स्तर पर उपलब्ध हैं। जैसे-जैसे जल प्रतिरूपण अधिक जटिल होते जाते हैं, संबंधित सतत अनुकरण अधिक गणात्मक रूप से गहन होते जाते हैं। निहित समाधान में एक समझौता विधि पाई गई है, जो स्पष्ट रूप से प्रतिनिधित्व गए जल के अणुओं को एक गणितीय अभिव्यक्ति के साथ बदल देती है जो जल के अणुओं या अन्य विलायक जैसे लिपिड के औसत व्यवहार को पुन: उत्पन्न करता है। यह विधि उन कलाकृतियों को रोकने के लिए उपयोगी है जो शून्यक सतत अनुकरण से उत्पन्न होती हैं और पर्याप्त विलायक गुणों को अच्छी तरह से पुन: पेश करती हैं, लेकिन उन स्थितियों को पुन: उत्पन्न नहीं कर सकती हैं जिनमें व्यक्तिगत जल के अणु एक विलेय के साथ परस्पर क्रिया करते हैं जो विलायक प्रतिरूपण द्वारा अच्छी तरह से अधीन नहीं किया जाता है, जैसे कि प्रोटीन के भीतर हाइड्रोजन बंधन नेटवर्क का जल के अणु के भाग हैं ।^[13]

सॉफ्टवेयर पैकेज

मुख्य लेख: आणविक यांत्रिकी मॉडलिंग के लिए सॉफ्टवेयर की तुलना

यह एक सीमित सूची है; कई और पैकेज उपलब्ध हैं।

ऐबालोन
एसीईएमडी - जीपीयू एमडी [14]
एम्बर
एस्कलाफ डिजाइनर [15]
मालिक
आकर्षण
कॉसमॉस [16]
CP2K
घेमिकल
GROMACS
ग्रोमोस
आंतरिक समन्वय यांत्रिकी (आईसीएम)
लैम्प्स
मैक्रोमॉडल
MDynaMix
आणविक परिचालन पर्यावरण (एमओई)
NAMD
क्यू
क्यू केम
परहेज़गार
स्ट्रुएमएम3डी (STR3DI32) [17]
टिन से मढ़नेवाला
एक्स-प्लोर
यासरा
राशि चक्र [

यह भी देखें

बाहरी संबंध

आण्विक गतिशीलता सतत अनुकरण विधियों को संशोधित किया गया
आणविक यांत्रिकी - यह सरल है

↑ Zgarbova M, et al. (2010). "जोड़ीदार-योगात्मक अनुभवजन्य बल क्षेत्रों में त्रुटियों का बड़े पैमाने पर मुआवजा: कठोर डीएफटी-एसएपीटी गणनाओं के साथ एम्बर इंटरमॉलिक्यूलर शर्तों की तुलना". Phys. Chem. Chem. Phys. 12 (35): 10476–10493. Bibcode:2010PCCP...1210476Z. doi:10.1039/C002656E. PMID 20603660.
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[1] Zgarbova M, et al. (2010). "जोड़ीदार-योगात्मक अनुभवजन्य बल क्षेत्रों में त्रुटियों का बड़े पैमाने पर मुआवजा: कठोर डीएफटी-एसएपीटी गणनाओं के साथ एम्बर इंटरमॉलिक्यूलर शर्तों की तुलना". Phys. Chem. Chem. Phys. 12 (35): 10476–10493. Bibcode:2010PCCP...1210476Z. doi:10.1039/C002656E. PMID 20603660.

[2] Allinger, N. L.; Chen, K.; Lii, J.-H. J. Comput. Chem. 1996, 17, 642 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/%28SICI%291096-987X%28199604%2917%3A5/6%3C642%3A%3AAID-JCC6%3E3.0.CO%3B2-U

[3] Kuo‐Hsiang Chen ,Jenn‐Huei Lii, Yi Fan, Norman L. Allinger J. Comput. Chem. 2007, 28, 2391 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jcc.20737

[Kuhn-4] Kuhn B, Kollman PA (October 2000). "एविडिन और स्ट्रेप्टाविडिन के लिए लिगैंड्स के एक विविध सेट की बाइंडिंग: आणविक यांत्रिकी और निरंतर विलायक मॉडल के संयोजन द्वारा उनके सापेक्ष समानता की सटीक मात्रात्मक भविष्यवाणी". Journal of Medicinal Chemistry. 43 (20): 3786–91. doi:10.1021/jm000241h. PMID 11020294.

[huo-5] Huo S, Massova I, Kollman PA (January 2002). "1:1 मानव विकास हार्मोन-रिसेप्टर कॉम्प्लेक्स की कम्प्यूटेशनल एलेनिन स्कैनिंग". J Comput Chem. 23 (1): 15–27. doi:10.1002/jcc.1153. PMID 11913381. S2CID 10381457.

[Mobley-6] 6.0 ^6.1 Mobley DL, Graves AP, Chodera JD, McReynolds AC, Shoichet BK, Dill KA (August 2007). "एक साधारण मॉडल साइट के लिए पूर्ण लिगैंड बाइंडिंग मुक्त ऊर्जा की भविष्यवाणी करना". J Mol Biol. 371 (4): 1118–34. doi:10.1016/j.jmb.2007.06.002. PMC 2104542. PMID 17599350.

[Wang-7] Wang J, Kang X, Kuntz ID, Kollman PA (April 2005). "फ़ार्माकोफ़ोर मॉडल, कठोर डॉकिंग, सॉल्वेशन डॉकिंग और MM-PB/SA का उपयोग करके HIV-1 रिवर्स ट्रांस्क्रिप्टेज़ के लिए श्रेणीबद्ध डेटाबेस स्क्रीनिंग". Journal of Medicinal Chemistry. 48 (7): 2432–44. doi:10.1021/jm049606e. PMID 15801834.

[Kollman-8] Kollman PA, Massova I, Reyes C, et al. (December 2000). "जटिल अणुओं की संरचनाओं और मुक्त ऊर्जाओं की गणना: आणविक यांत्रिकी और सातत्य मॉडल का संयोजन". Acc Chem Res. 33 (12): 889–97. CiteSeerX 10.1.1.469.844. doi:10.1021/ar000033j. PMID 11123888.

[Snow-9] Snow CD, Nguyen H, Pande VS, Gruebele M (November 2002). "सिम्युलेटेड और प्रायोगिक प्रोटीन-फोल्डिंग गतिकी की पूर्ण तुलना". Nature. 420 (6911): 102–6. Bibcode:2002Natur.420..102S. doi:10.1038/nature01160. PMID 12422224. S2CID 1061159.

[Barth-10] Barth P, Alber T, Harbury PB (March 2007). "प्रोटीन आयनीकरण स्थिरांक पर विलायक प्रभावों की सटीक, रचना-निर्भर भविष्यवाणियां". Proc Natl Acad Sci USA. 104 (12): 4898–903. Bibcode:2007PNAS..104.4898B. doi:10.1073/pnas.0700188104. PMC 1829236. PMID 17360348.

[Chakrabarti-11] Chakrabarti R, Klibanov AM, Friesner RA (July 2005). "देशी प्रोटीन लिगैंड-बाइंडिंग और एंजाइम सक्रिय साइट अनुक्रमों की कम्प्यूटेशनल भविष्यवाणी". Proc Natl Acad Sci USA. 102 (29): 10153–8. Bibcode:2005PNAS..10210153C. doi:10.1073/pnas.0504023102. PMC 1177389. PMID 15998733.

[Boas-12] Boas FE, Harbury PB (July 2008). "आणविक-यांत्रिकी ऊर्जा मॉडल के आधार पर प्रोटीन-लिगैंड बाइंडिंग का डिज़ाइन". J Mol Biol. 380 (2): 415–24. doi:10.1016/j.jmb.2008.04.001. PMC 2569001. PMID 18514737.

[13] Cramer, Christopher J. (2004). कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान की अनिवार्यता: सिद्धांत और मॉडल (2nd ed.). Chichester, West Sussex, England: Wiley. ISBN 0-470-09182-7. OCLC 55887497.

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 {{Short description|Use of classical mechanics to model molecular systems}}
-[[Image:Bond stretching energy.png|thumb|right|इस ईथेन अणु की बंधन खींचने वाली ऊर्जा को कम करने के लिए एक [[बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान)]] का उपयोग किया जाता है।]]आणविक यांत्रिकी प्रतिरूपण आणविक प्रणालियों के लिए [[शास्त्रीय यांत्रिकी|चिरसम्मत यांत्रिकी]] का उपयोग करती है। बोर्न-ओपेनहाइमर समीपता को मान्य माना जाता है और सभी प्रणालियों की संभावित ऊर्जा की गणना बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान) का उपयोग करके परमाणु निर्देशांक के एक कार्य के रूप में की जाती है। आणविक यांत्रिकी का उपयोग छोटे से लेकर बड़े जैविक प्रणालियों या कई हजारों से लाखों परमाणुओं के साथ सामग्री संयोजनों के आकार और जटिलता के अणु प्रणालियों का अध्ययन करने के लिए किया जा सकता है।
+[[Image:Bond stretching energy.png|thumb|right|इस ईथेन अणु की बंधन खींचने वाली ऊर्जा को कम करने के लिए एक [[बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान)]] का उपयोग किया जाता है।]]आणविक यांत्रिकी प्रतिरूपण आणविक प्रणालियों के लिए [[शास्त्रीय यांत्रिकी|चिरसम्मत यांत्रिकी]] का उपयोग करती है। बोर्न-ओपेनहाइमर समीपता को मान्यता देते हुए प्रणालियों की संभावित ऊर्जा की गणना [https://en.m.wikipedia.org/wiki/Force_field_(chemistry) बल क्षेत्र] (रसायन विज्ञान) का उपयोग करके परमाणु निर्देशांक के एक कार्य के रूप में की जाती है। आणविक यांत्रिकी का उपयोग छोटे से लेकर बड़े जैविक प्रणालियों या कई हजारों से लाखों परमाणुओं के साथ सामग्री संयोजनों के आकार और जटिलता के अणु प्रणालियों का अध्ययन करने के लिए किया जा सकता है।
 सभी-परमाणु आणविक यांत्रिकी विधियों में निम्नलिखित गुण हैं:
 * प्रत्येक परमाणु को एक कण के रूप में अनुकरण किया जाता है
-* प्रत्येक कण को एक अर्धव्यास (आमतौर पर [[वैन डेर वाल्स त्रिज्या]]), ध्रुवीकरण, और एक स्थिर शुद्ध आवेश (आमतौर पर क्वांटम गणना और/या प्रयोग से प्राप्त) सौंपा गया है।
+* प्रत्येक कण को एक अर्धव्यास सामान्यतः [[वैन डेर वाल्स त्रिज्या]], ध्रुवीकरण,और एक स्थिर शुद्ध आवेश (सामान्यतः क्वांटम गणना) सौंपा गया है।
-* जुडात्मक प्रभाव को प्रयोगात्मक या गणना की गई जुडात्मक लंबाई के बराबर संतुलन दूरी के साथ ''स्प्रिंग्स'' के रूप में माना जाता है
+* योगात्मक प्रभाव को प्रयोगात्मक या गणना की गई योगात्मक लंबाई के बराबर संतुलन दूरी के साथ ''स्प्रिंग्स'' के रूप में माना जाता है।
-इस विषय पर रूपांतरण संभव हो रहे हैं। उदाहरण के लिए, कई सतत अनुकरण ने ऐतिहासिक रूप से एक ''संयुक्त परमाणु'' प्रतिनिधित्व का उपयोग किया है जिसमें प्रत्येक समय-समय पर [[मिथाइल समूह]] या मध्यवर्ती [[मेथिलीन पुल]] को एक कण माना जाता था, और बड़े प्रोटीन प्रणाली को आमतौर पर एक ''बीड''  प्रतिरूपण  का उपयोग करके प्रति एमिनो एसिड दो से चार कण निर्दिष्ट करके सतत अनुकरण करते थे ।
+इस विषय पर रूपांतरण संभव हो रहे हैं। उदाहरण के लिए,कई सतत अनुकरण ने ऐतिहासिक रूप से एक ''संयुक्त परमाणु'' प्रतिनिधित्व का उपयोग किया है जिसमें प्रत्येक समय-समय पर [[मिथाइल समूह]] या मध्यवर्ती [[मेथिलीन पुल]] को एक कण माना जाता था,और बड़े प्रोटीन प्रणाली को आमतौर पर एक ''बीड'' प्रतिरूपण का उपयोग करके प्रति एमिनो एसिड दो से चार कण निर्दिष्ट करके सतत अनुकरण किया जाता था।
 == कार्यात्मक रूप ==
-{{Unreferenced section}}
+[[Image:MM PEF.png|thumb|right|आणविक यांत्रिकी निरंतर विलायक के साथ संभावित ऊर्जा कार्य।]]निम्नलिखित कार्यात्मक सारांश,जिसे रसायन विज्ञान में संभावित अंतर-परमाणु कार्य या बल क्षेत्र कहा जाता है, आणविक प्रणाली की संभावित ऊर्जा (E) की व्यक्तिगत ऊर्जा के योग के अंतर्गत दी गई रचना में गणना करता है।
-[[Image:MM PEF.png|thumb|right|आणविक यांत्रिकी निरंतर विलायक के साथ संभावित ऊर्जा कार्य।]]निम्नलिखित कार्यात्मक अमूर्तता, जिसे रसायन विज्ञान में एक अंतर-परमाण्विक संभावित कार्य या बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान) कहा जाता है, आणविक प्रणाली की संभावित ऊर्जा (ई) की व्यक्तिगत ऊर्जा शर्तों के योग के रूप में दी गई रचना में गणना करता है।
 <math>\ E = E_\text{covalent} + E_\text{noncovalent} \, </math>
 जहां सहसंयोजक और गैर-सहसंयोजक योगदान के घटक निम्नलिखित योगों द्वारा दिए गए हैं:
@@ Line 19: / Line 19: @@
 <math>\ E_\text{noncovalent} = E_\text{electrostatic} + E_\text{van der Waals} </math>
-प्रोटीन, या बल क्षेत्र की संभावित ऊर्जा, उपयोग किए जा रहे विशेष अनुकरण कार्यक्रम पर निर्भर करती है। आम तौर पर बंधन और कोण की शर्तों को हार्मोनिक थरथरानवाला के रूप में तैयार किया जाता है जो प्रयोग से प्राप्त संतुलन बंधन-लंबाई मूल्यों के आसपास केंद्रित होता है या सॉफ़्टवेयर के साथ किए गए इलेक्ट्रॉनिक संरचना की सैद्धांतिक गणना करता है जो गॉसियन (सॉफ़्टवेयर) जैसे प्रारंभिक प्रकार की गणना करता है। कंपन स्पेक्ट्रा के सटीक पुनरुत्पादन के लिए, कम्प्यूटेशनल लागत पर इसके बजाय [[मोर्स क्षमता]] का उपयोग किया जा सकता है। डायहेड्रल या टॉर्सनल शब्दों में आमतौर पर कई मिनिमा होते हैं और इस प्रकार उन्हें [[लयबद्ध दोलक]] के रूप में नहीं बनाया जा सकता है, हालांकि उनका विशिष्ट कार्यात्मक रूप कार्यान्वयन के साथ भिन्न होता है। शब्दों के इस वर्ग में अनुचित डायहेड्रल शब्द शामिल हो सकते हैं, जो आउट-ऑफ-प्लेन विचलन के लिए सुधार कारक के रूप में कार्य करते हैं (उदाहरण के लिए, उनका उपयोग [[बेंजीन]] रिंग प्लानर रखने के लिए किया जा सकता है, या संयुक्त-परमाणु प्रतिनिधित्व में टेट्राहेड्रल परमाणुओं की सही ज्यामिति और चिरालिटी ).
-पूर्ण रूप से गणना करने के लिए गैर-बंधित शर्तें बहुत अधिक कम्प्यूटेशनल रूप से महंगी हैं, क्योंकि एक विशिष्ट परमाणु अपने कुछ पड़ोसियों से ही जुड़ा होता है, लेकिन अणु में हर दूसरे परमाणु के साथ संपर्क करता है। सौभाग्य से [[वैन डेर वाल्स बल]] की अवधि तेजी से गिरती है। इसे आम तौर पर 6-12 [[लेनार्ड-जोन्स क्षमता]] का उपयोग करके तैयार किया जाता है, जिसका अर्थ है कि आकर्षक बल आर के रूप में दूरी के साथ गिर जाते हैं।<sup>−6</sup> और प्रतिकारक बल r के रूप में<sup>−12</sup>, जहाँ r दो परमाणुओं के बीच की दूरी को दर्शाता है। प्रतिकारक भाग आर<sup>−12</sup> हालांकि अभौतिक है, क्योंकि प्रतिकर्षण तेजी से बढ़ता है। लेनार्ड-जोन्स 6–12 क्षमता द्वारा वैन डेर वाल्स बलों का विवरण अशुद्धि का परिचय देता है, जो कम दूरी पर महत्वपूर्ण हो जाता है।<ref>{{cite journal |vauthors=Zgarbova M, etal |year= 2010 |title= जोड़ीदार-योगात्मक अनुभवजन्य बल क्षेत्रों में त्रुटियों का बड़े पैमाने पर मुआवजा: कठोर डीएफटी-एसएपीटी गणनाओं के साथ एम्बर इंटरमॉलिक्यूलर शर्तों की तुलना|journal= Phys. Chem. Chem. Phys. |volume= 12 |issue= 35 |pages= 10476–10493 |doi= 10.1039/C002656E |pmid= 20603660 |bibcode= 2010PCCP...1210476Z}}</ref> आम तौर पर एक कटऑफ त्रिज्या का उपयोग गणना को गति देने के लिए किया जाता है ताकि परमाणु जोड़े जो कि कटऑफ से अधिक दूरी पर हैं, शून्य की वैन डेर वाल्स इंटरैक्शन ऊर्जा हो।
+संभावित कार्य या बल क्षेत्र का सटीक कार्यात्मक रूप,उपयोग किये जा रहे विशेष सतत अनुकरण कार्यक्रम पर निर्भर करता है। सामान्यतः सम्बन्ध और कोण के शब्दों को संभावित सामंजस्य के रूप में तैयार किया जाता है जो प्रयोग से प्राप्त परस्पर संतुलन -लंबाई मान के आसपास केंद्रित होता है जो गॉसियन (सॉफ़्टवेयर) जैसे प्रारंभिक प्रकार की विद्युत संरचना की सैद्धांतिक गणना करता है। कंपन विस्तार के सटीक पुनरुत्पादन के लिए,गणितीय मूल्य पर इसके अतिरिक्त [[मोर्स क्षमता]] का उपयोग किया जा सकता है। '''द्वितल''' या क्षणिक शब्दों में सामान्यतः कई सूक्ष्म संख्या होती हैं और इस प्रकार उन्हें सरल आवर्ती दोलक के रूप में नहीं बनाया जा सकता है, हालांकि उनका विशिष्ट कार्यात्मक रूप कार्यान्वयन के साथ भिन्न होता है। शब्दों के इस वर्ग में अनुचित '''द्वितल''' शब्द सम्मिलित हो सकते हैं, जो बाहरी विषय वस्तु के स्थानांतरण के लिए सुधार कारक के रूप में कार्य करते हैं ;उदाहरण के लिए, उनका उपयोग योजनाबद्ध [[बेंजीन]] घेरा रखने के लिए या संयुक्त-परमाणु प्रतिनिधित्व में त्रिकोणीय परमाणुओं की सही रेखा और बनावट के लिए किया जा सकता है,
+पूर्ण रूप से गणना करने के लिए गैर-बंधित शब्द गणितीय रूप से बहुत अधिक बहुमूल्य हैं, क्योंकि एक विशिष्ट परमाणु अपने कुछ परमाणु से नज़दीक से ही जुड़ा होता है,लेकिन अणु में हर दूसरे परमाणु के साथ संपर्क करता है। संयोग से [[वैन डेर वाल्स बल|वैन डेर वाल्स]] [[वैन डेर वाल्स बल|बल]] की अवधि तेजी से गिरती है,इसे सामान्यतः 6-12 [[लेनार्ड-जोन्स क्षमता]] का उपयोग करके तैयार किया जाता है,जिसका अर्थ है कि आकर्षक बल ''r''<sup>−6</sup> और प्रतिकारक बल r<sup>−12</sup> के रूप में दूरी के साथ गिर जाते हैं,जहाँ r दो परमाणुओं के बीच की दूरी को दर्शाता है। हालांकि,प्रतिकारक भाग r<sup>−12</sup> अभौतिक है, क्योंकि प्रतिकर्षण तीव्रता से बढ़ता है। लेनार्ड-जोन्स 6–12 क्षमता द्वारा वैन डेर वाल्स बलों का विवरण अशुद्धि का परिचय देता है, जो कम दूरी पर महत्वपूर्ण हो जाता है।<ref>{{cite journal |vauthors=Zgarbova M, etal |year= 2010 |title= जोड़ीदार-योगात्मक अनुभवजन्य बल क्षेत्रों में त्रुटियों का बड़े पैमाने पर मुआवजा: कठोर डीएफटी-एसएपीटी गणनाओं के साथ एम्बर इंटरमॉलिक्यूलर शर्तों की तुलना|journal= Phys. Chem. Chem. Phys. |volume= 12 |issue= 35 |pages= 10476–10493 |doi= 10.1039/C002656E |pmid= 20603660 |bibcode= 2010PCCP...1210476Z}}</ref> सामान्यतः एक कटी हुयी त्रिज्या का उपयोग गणना को गति देने के लिए किया जाता है ताकि परमाणु जोड़े जो कि कटी हुयी त्रिज्या से अधिक दूरी पर हैं,वहां [[वैन डेर वाल्स बल|वैन डेर वाल्स]] परस्पर क्रिया की ऊर्जा शून्य हो।
+दीर्घकालिक स्थिर वैद्युत भंडारण परस्पर क्रिया प्रणाली की अध्ययन के तहत महत्वपूर्ण विशेषताएं होती हैं क्योंकि ये शब्द सटीक गणना करने के लिए प्रत्यक्ष रूप से कठिन हैं क्योंकि वे दूरी के साथ तेजी से नहीं गिरते हैं (विशेष रूप से [[प्रोटीन]] के लिए)। मूल कार्यात्मक रूप कूलम्ब क्षमता का नियम है,जो केवल ''r''<sup>−1</sup> के रूप में गिरता है। इस समस्या का समाधान करने के लिए कई प्रकार के तरीकों का उपयोग किया जाता है,जिसमे वैन डेर वाल्स की तुलना में सबसे सरल और समानांतर एक कटी हुयी त्रिज्या का उपयोग किया जाता है। हालाँकि,यह त्रिज्या अंदर के परमाणुओं और त्रिज्या के बाहर के परमाणुओं के बीच एक तीव्र विच्छिन्नता का परिचय देता है। प्रत्यक्ष स्थिर वैद्युत भंडारण ऊर्जा को संशोधित करने के लिए स्विचिंग या स्केलिंग कार्य कुछ अधिक सटीक तरीके हैं जो गणना की गई ऊर्जा को बाहरी और आंतरिक कटी हुयी त्रिज्या पर 0 से 1 तक सुचारू रूप से बदलते स्केलिंग कारक से गुणा करते हैं। इसके अतिरिक्त इवाल्ड योग विधि (पीएमई) और मल्टीपोल एल्गोरिथम विधि अधिक गणात्मक और परिष्कृतरूप से गहन विधियाँ हैं ।
-इलेक्ट्रोस्टैटिक शब्द अच्छी तरह से गणना करने के लिए कुख्यात हैं क्योंकि वे दूरी के साथ तेजी से नहीं गिरते हैं, और लंबी दूरी की इलेक्ट्रोस्टैटिक इंटरैक्शन अक्सर अध्ययन के तहत सिस्टम की महत्वपूर्ण विशेषताएं होती हैं (विशेष रूप से [[प्रोटीन]] के लिए)। मूल कार्यात्मक रूप कूलम्ब का नियम है, जो केवल r के रूप में गिरता है<sup>-1</sup>. इस समस्या का समाधान करने के लिए कई प्रकार के तरीकों का उपयोग किया जाता है, सबसे सरल एक कटऑफ त्रिज्या है जो वैन डेर वाल्स शर्तों के लिए उपयोग किया जाता है। हालाँकि, यह अंदर के परमाणुओं और त्रिज्या के बाहर के परमाणुओं के बीच एक तीव्र विच्छिन्नता का परिचय देता है। स्विचिंग या स्केलिंग फ़ंक्शन जो स्पष्ट इलेक्ट्रोस्टैटिक ऊर्जा को संशोधित करते हैं, कुछ अधिक सटीक तरीके हैं जो गणना की गई ऊर्जा को बाहरी और आंतरिक कटऑफ रेडी पर 0 से 1 तक सुचारू रूप से बदलते स्केलिंग कारक से गुणा करते हैं। अन्य अधिक परिष्कृत लेकिन कम्प्यूटेशनल रूप से गहन विधियाँ हैं इवाल्ड योग#पार्टिकल मेश इवाल्ड (पीएमई) विधि (पीएमई) और [[फास्ट मल्टीपोल विधि]]।
+प्रत्येक ऊर्जा अवधि के कार्यात्मक रूप के अलावा, एक उपयोगी ऊर्जा कार्य बल स्थिरांक, वैन डेर वाल्स गुणात्मक और अन्य स्थिर स्तिथियों के लिए मापदण्ड निर्दिष्ट किया जाना चाहिए। ये शब्द,संतुलन बंधन,कोण और द्वितल मान,आंशिक आवेश मान,परमाणु भार और त्रिज्या और ऊर्जा कार्य परिभाषाओं के साथ सामूहिक रूप से एक बल क्षेत्र कहलाते हैं। मानकीकरण सामान्यतः प्रयोगात्मक मूल्यों और सैद्धांतिक गणना परिणामों के साथ समझौते के माध्यम से किया जाता है। पुर्व एमएम 4 संस्करण में नॉर्मन एल. एलींगर के बल क्षेत्र की गणना 0.35 kcal/mol की आर एम एस त्रुटि के साथ हाइड्रोकार्बन के गठन की ऊष्मा, 24 सेमी की आर एम एस त्रुटि के साथ कंपन स्पेक्ट्रा के लिए की जाती है<sup>-1</sup>, 2.2 की आर एम एस त्रुटि के साथ घूर्णी अवरोध{{char|°}} सी-सी आबंध लंबाई 0.004 ए के भीतर और सी-सी-सी कोण 1° के भीतर{{char}}<ref>Allinger, N. L.; Chen, K.; Lii, J.-H. ''J. Comput. Chem.'' '''1996''', 17, 642
+https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/%28SICI%291096-987X%28199604%2917%3A5/6%3C642%3A%3AAID-JCC6%3E3.0.CO%3B2-U</ref> बाद में एम एम 4 संस्करणों में वर्णमाला क्रमिक व्याख्या जैसे विषम परमाणु के साथ यौगिक भी सम्मिलित हैं।<ref>Kuo‐Hsiang Chen ,Jenn‐Huei Lii, Yi Fan, Norman L. Allinger ''J. Comput. Chem.'' '''2007''', 28, 2391 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jcc.20737</ref>
-प्रत्येक ऊर्जा अवधि के कार्यात्मक रूप के अलावा, एक उपयोगी ऊर्जा फ़ंक्शन को बल स्थिरांक, वैन डेर वाल्स मल्टीप्लायरों और अन्य स्थिर शर्तों के लिए पैरामीटर निर्दिष्ट किया जाना चाहिए। ये शब्द, संतुलन बंधन, कोण, और डायहेड्रल मान, आंशिक आवेश मान, परमाणु द्रव्यमान और त्रिज्या, और ऊर्जा कार्य परिभाषाओं के साथ सामूहिक रूप से एक बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान) कहलाते हैं। प्राचलीकरण आमतौर पर प्रयोगात्मक मूल्यों और सैद्धांतिक गणना परिणामों के साथ समझौते के माध्यम से किया जाता है। पिछले MM4 संस्करण में नॉर्मन एल. एलींगर के बल क्षेत्र की गणना 0.35 kcal/mol की rms त्रुटि के साथ हाइड्रोकार्बन के गठन की ऊष्मा, 24 सेमी की rms त्रुटि के साथ कंपन स्पेक्ट्रा के लिए की जाती है<sup>-1</sup>, 2.2 की rms त्रुटि के साथ घूर्णी अवरोध{{char|°}}, सी-सी बांड लंबाई 0.004 ए के भीतर और सी-सी-सी कोण 1 के भीतर{{char|°}}.<ref>Allinger, N. L.; Chen, K.; Lii, J.-H. ''J. Comput. Chem.'' '''1996''', 17, 642
+प्रत्येक बल क्षेत्र को आंतरिक रूप से सुसंगत होने के लिए मानकीकृत किया जाता है, लेकिन मानकीकरण सामान्यतः एक बल क्षेत्र से दूसरे में स्थानांतरित नहीं होते हैं।
-https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/%28SICI%291096-987X%28199604%2917%3A5/6%3C642%3A%3AAID-JCC6%3E3.0.CO%3B2-U</ref> बाद में MM4 संस्करणों में एलिफैटिक एमाइन जैसे हेटेरोएटम्स के साथ यौगिक भी शामिल हैं।<ref>Kuo‐Hsiang Chen ,Jenn‐Huei Lii, Yi Fan, Norman L. Allinger ''J. Comput. Chem.'' '''2007''', 28, 2391 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jcc.20737</ref>
-प्रत्येक बल क्षेत्र को आंतरिक रूप से सुसंगत होने के लिए पैरामीटरकृत किया जाता है, लेकिन पैरामीटर आमतौर पर एक बल क्षेत्र से दूसरे में स्थानांतरित नहीं होते हैं।
 == आवेदन के क्षेत्र ==
-आणविक यांत्रिकी का मुख्य उपयोग [[आणविक गतिकी]] के क्षेत्र में है। यह प्रत्येक कण पर कार्यरत बलों की गणना करने के लिए बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान) का उपयोग करता है और कणों की गतिशीलता को मॉडल करने और ट्रैजेक्टोरियों की भविष्यवाणी करने के लिए एक उपयुक्त इंटीग्रेटर है। पर्याप्त नमूनाकरण और [[एर्गोडिक परिकल्पना]] के अधीन, आणविक गतिकी प्रक्षेपवक्र का उपयोग किसी प्रणाली के थर्मोडायनामिक मापदंडों का अनुमान लगाने या गतिज गुणों की जांच करने के लिए किया जा सकता है, जैसे कि प्रतिक्रिया दर और तंत्र।
+आणविक यांत्रिकी का मुख्य उपयोग [[आणविक गतिकी]] के क्षेत्र में है। यह प्रत्येक कण पर कार्यरत बलों की गणना करने के लिए बल क्षेत्र का उपयोग करता है और कणों की गतिशीलता को प्रतिरूपण करने और प्रक्षेप पथ की भविष्यवाणी करने के लिए एक उपयुक्त पूर्णांक है। पर्याप्त नमूनाकरण और [[एर्गोडिक परिकल्पना]] के अधीन,आणविक गतिकी प्रक्षेपवक्र का उपयोग किसी प्रणाली के '''ऊष्मा गतिकी''' मापदंडों का अनुमान लगाने या गतिज गुणों की जांच करने के लिए किया जा सकता है,जैसे कि प्रतिक्रिया दर और तंत्र।
-आणविक यांत्रिकी का एक अन्य अनुप्रयोग ऊर्जा न्यूनीकरण है, जिससे बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान) का उपयोग [[अनुकूलन (गणित)]] मानदंड के रूप में किया जाता है। स्थानीय ऊर्जा न्यूनतम की आणविक संरचना को खोजने के लिए यह विधि उपयुक्त एल्गोरिदम (जैसे ग्रेडियेंट वंश) का उपयोग करती है। ये मिनीमा अणु (चुने हुए बल क्षेत्र में) के स्थिर कन्फर्मर्स के अनुरूप होते हैं और आणविक गति को इन स्थिर कन्फर्मर्स के बीच चारों ओर कंपन और अंतर्संबंध के रूप में तैयार किया जा सकता है। वैश्विक ऊर्जा न्यूनतम (और अन्य कम ऊर्जा वाले राज्यों) को खोजने के लिए वैश्विक ऊर्जा अनुकूलन के साथ संयुक्त स्थानीय ऊर्जा न्यूनीकरण विधियों को खोजना आम है। परिमित तापमान पर, अणु अपना अधिकांश समय इन निम्न-स्थित अवस्थाओं में व्यतीत करता है, जो इस प्रकार आणविक गुणों पर हावी हो जाता है। [[तैयार किए हुयी धातु पे पानी चढाने की कला]], मेट्रोपोलिस-हेस्टिंग्स एल्गोरिथम और अन्य [[मोंटे कार्लो विधि]]यों का उपयोग करके या असतत या निरंतर अनुकूलन के विभिन्न नियतात्मक तरीकों का उपयोग करके वैश्विक अनुकूलन को पूरा किया जा सकता है। जबकि बल क्षेत्र [[गिब्स मुक्त ऊर्जा]] के केवल [[तापीय धारिता]] घटक का प्रतिनिधित्व करता है (और केवल इस घटक को ऊर्जा न्यूनीकरण के दौरान शामिल किया जाता है), अतिरिक्त तरीकों के उपयोग के माध्यम से [[एन्ट्रापी]] घटक को शामिल करना संभव है, जैसे [[सामान्य मोड]] विश्लेषण।
+आणविक यांत्रिकी का एक अन्य अनुप्रयोग ऊर्जा न्यूनीकरण है,जिससे बल क्षेत्र का उपयोग [[अनुकूलन (गणित)|अनुकूलन]] मानदंड के रूप में किया जाता है। न्यूनतम स्थानीय ऊर्जा की आणविक संरचना को खोजने के लिए यह विधि उपयुक्त एल्गोरिदम (जैसे [https://en-m-wikipedia-org.translate.goog/wiki/Gradient_descent?_x_tr_sl=auto&_x_tr_tl=hi&_x_tr_hl=en-US&_x_tr_pto=wapp ग्रेडियेंट वंश]) का उपयोग करती है। ये अतिसूक्ष्म अणु के स्थिर विन्यास के अनुरूप होते हैं और आणविक गति को इन स्थिर विन्यास के बीच चारों ओर कंपन और अंतर्संबंध के रूप में तैयार किया जा सकता है। न्यूनतम वैश्विक ऊर्जा को खोजने के लिए वैश्विक ऊर्जा अनुकूलन के साथ संयुक्त स्थानीय ऊर्जा न्यूनीकरण विधियों को खोजना सामान्य है। परिमित तापमान पर,अणु अपना अधिकांश समय इन निम्न-स्थित अवस्थाओं में व्यतीत करता है, जो इस प्रकार आणविक गुणों पर हावी हो जाता है। [[तैयार किए हुयी धातु पे पानी चढाने की कला|सतत अनुकरण ऊष्मा]],मेट्रोपोलिस-हेस्टिंग्स एल्गोरिथम और अन्य [[मोंटे कार्लो विधि]]यों का उपयोग करके या असतत या निरंतर अनुकूलन के विभिन्न नियतात्मक तरीकों का उपयोग करके वैश्विक अनुकूलन को पूरा किया जा सकता है। जबकि बल क्षेत्र [[गिब्स मुक्त ऊर्जा]] के केवल [[तापीय धारिता]] घटक का प्रतिनिधित्व करता है और केवल इस घटक को ऊर्जा न्यूनीकरण के दौरान सम्मिलित किया जाता है,अतिरिक्त तरीकों के उपयोग के माध्यम से [[एन्ट्रापी]] घटक को सम्मिलित करना संभव है, जैसे [[सामान्य मोड]] विश्लेषण।
-बाध्यकारी स्थिरांक की गणना के लिए आणविक यांत्रिकी संभावित ऊर्जा कार्यों का उपयोग किया गया है,<ref name=Kuhn>{{cite journal |vauthors=Kuhn B, Kollman PA |title=एविडिन और स्ट्रेप्टाविडिन के लिए लिगैंड्स के एक विविध सेट की बाइंडिंग: आणविक यांत्रिकी और निरंतर विलायक मॉडल के संयोजन द्वारा उनके सापेक्ष समानता की सटीक मात्रात्मक भविष्यवाणी|journal=Journal of Medicinal Chemistry |volume=43 |issue=20 |pages=3786–91 |date=October 2000|pmid=11020294 |doi=10.1021/jm000241h}}</ref><ref name=huo>{{cite journal |vauthors=Huo S, Massova I, Kollman PA |title=1:1 मानव विकास हार्मोन-रिसेप्टर कॉम्प्लेक्स की कम्प्यूटेशनल एलेनिन स्कैनिंग|journal=J Comput Chem |volume=23 |issue=1 |pages=15–27 |date=January 2002|pmid=11913381 |doi=10.1002/jcc.1153|s2cid=10381457 }}</ref><ref name=Mobley>{{cite journal |vauthors=Mobley DL, Graves AP, Chodera JD, McReynolds AC, Shoichet BK, Dill KA |title=एक साधारण मॉडल साइट के लिए पूर्ण लिगैंड बाइंडिंग मुक्त ऊर्जा की भविष्यवाणी करना|journal=J Mol Biol |volume=371 |issue=4 |pages=1118–34 |date=August 2007|pmid=17599350 |pmc=2104542 |doi=10.1016/j.jmb.2007.06.002}}</ref><ref name=Wang>{{cite journal |vauthors=Wang J, Kang X, Kuntz ID, Kollman PA |title=फ़ार्माकोफ़ोर मॉडल, कठोर डॉकिंग, सॉल्वेशन डॉकिंग और MM-PB/SA का उपयोग करके HIV-1 रिवर्स ट्रांस्क्रिप्टेज़ के लिए श्रेणीबद्ध डेटाबेस स्क्रीनिंग|journal=Journal of Medicinal Chemistry |volume=48 |issue=7 |pages=2432–44 |date=April 2005|pmid=15801834 |doi=10.1021/jm049606e}}</ref><ref name=Kollman>{{cite journal |vauthors=Kollman PA, Massova I, Reyes C, etal |title=जटिल अणुओं की संरचनाओं और मुक्त ऊर्जाओं की गणना: आणविक यांत्रिकी और सातत्य मॉडल का संयोजन|journal=Acc Chem Res |volume=33 |issue=12 |pages=889–97 |date=December 2000|pmid=11123888 |doi=10.1021/ar000033j|citeseerx=10.1.1.469.844 }}</ref> प्रोटीन तह कैनेटीक्स,<ref name=Snow>{{cite journal |vauthors=Snow CD, Nguyen H, Pande VS, Gruebele M |title=सिम्युलेटेड और प्रायोगिक प्रोटीन-फोल्डिंग गतिकी की पूर्ण तुलना|journal=Nature |volume=420 |issue=6911 |pages=102–6 |date=November 2002|pmid=12422224 |doi=10.1038/nature01160 |bibcode= 2002Natur.420..102S|s2cid=1061159 }}</ref> प्रोटोनेशन संतुलन,<ref name=Barth>{{cite journal |vauthors=Barth P, Alber T, Harbury PB |title=प्रोटीन आयनीकरण स्थिरांक पर विलायक प्रभावों की सटीक, रचना-निर्भर भविष्यवाणियां|journal=Proc Natl Acad Sci USA |volume=104 |issue=12 |pages=4898–903 |date=March 2007|pmid=17360348 |pmc=1829236 |doi=10.1073/pnas.0700188104 |bibcode= 2007PNAS..104.4898B|doi-access=free }}</ref> [[डॉकिंग (आणविक)]],<ref name=Mobley/><ref name=Chakrabarti>{{cite journal |vauthors=Chakrabarti R, Klibanov AM, Friesner RA |title=देशी प्रोटीन लिगैंड-बाइंडिंग और एंजाइम सक्रिय साइट अनुक्रमों की कम्प्यूटेशनल भविष्यवाणी|journal=Proc Natl Acad Sci USA |volume=102 |issue=29 |pages=10153–8 |date=July 2005|pmid=15998733 |pmc=1177389 |doi=10.1073/pnas.0504023102 |bibcode= 2005PNAS..10210153C|doi-access=free }}</ref> और [[प्रोटीन डिजाइन]] के लिए।<ref name=Boas>{{cite journal |vauthors=Boas FE, Harbury PB |title=आणविक-यांत्रिकी ऊर्जा मॉडल के आधार पर प्रोटीन-लिगैंड बाइंडिंग का डिज़ाइन|journal=J Mol Biol |volume=380 |issue=2 |pages=415–24 |date=July 2008|pmid=18514737 |doi=10.1016/j.jmb.2008.04.001 |pmc=2569001}}</ref>
+संभावित आणविक यांत्रिकी ऊर्जा कार्यों का उपयोग बाध्यकारी स्थिरांक की गणना के लिए किया गया है,<ref name="Kuhn">{{cite journal |vauthors=Kuhn B, Kollman PA |title=एविडिन और स्ट्रेप्टाविडिन के लिए लिगैंड्स के एक विविध सेट की बाइंडिंग: आणविक यांत्रिकी और निरंतर विलायक मॉडल के संयोजन द्वारा उनके सापेक्ष समानता की सटीक मात्रात्मक भविष्यवाणी|journal=Journal of Medicinal Chemistry |volume=43 |issue=20 |pages=3786–91 |date=October 2000|pmid=11020294 |doi=10.1021/jm000241h}}</ref><ref name="huo">{{cite journal |vauthors=Huo S, Massova I, Kollman PA |title=1:1 मानव विकास हार्मोन-रिसेप्टर कॉम्प्लेक्स की कम्प्यूटेशनल एलेनिन स्कैनिंग|journal=J Comput Chem |volume=23 |issue=1 |pages=15–27 |date=January 2002|pmid=11913381 |doi=10.1002/jcc.1153|s2cid=10381457 }}</ref><ref name="Mobley">{{cite journal |vauthors=Mobley DL, Graves AP, Chodera JD, McReynolds AC, Shoichet BK, Dill KA |title=एक साधारण मॉडल साइट के लिए पूर्ण लिगैंड बाइंडिंग मुक्त ऊर्जा की भविष्यवाणी करना|journal=J Mol Biol |volume=371 |issue=4 |pages=1118–34 |date=August 2007|pmid=17599350 |pmc=2104542 |doi=10.1016/j.jmb.2007.06.002}}</ref><ref name="Wang">{{cite journal |vauthors=Wang J, Kang X, Kuntz ID, Kollman PA |title=फ़ार्माकोफ़ोर मॉडल, कठोर डॉकिंग, सॉल्वेशन डॉकिंग और MM-PB/SA का उपयोग करके HIV-1 रिवर्स ट्रांस्क्रिप्टेज़ के लिए श्रेणीबद्ध डेटाबेस स्क्रीनिंग|journal=Journal of Medicinal Chemistry |volume=48 |issue=7 |pages=2432–44 |date=April 2005|pmid=15801834 |doi=10.1021/jm049606e}}</ref><ref name="Kollman">{{cite journal |vauthors=Kollman PA, Massova I, Reyes C, etal |title=जटिल अणुओं की संरचनाओं और मुक्त ऊर्जाओं की गणना: आणविक यांत्रिकी और सातत्य मॉडल का संयोजन|journal=Acc Chem Res |volume=33 |issue=12 |pages=889–97 |date=December 2000|pmid=11123888 |doi=10.1021/ar000033j|citeseerx=10.1.1.469.844 }}</ref> जैसे प्रोटीन तह कैनेटीक्स,<ref name="Snow">{{cite journal |vauthors=Snow CD, Nguyen H, Pande VS, Gruebele M |title=सिम्युलेटेड और प्रायोगिक प्रोटीन-फोल्डिंग गतिकी की पूर्ण तुलना|journal=Nature |volume=420 |issue=6911 |pages=102–6 |date=November 2002|pmid=12422224 |doi=10.1038/nature01160 |bibcode= 2002Natur.420..102S|s2cid=1061159 }}</ref> प्रोटोनेशन संतुलन,<ref name="Barth">{{cite journal |vauthors=Barth P, Alber T, Harbury PB |title=प्रोटीन आयनीकरण स्थिरांक पर विलायक प्रभावों की सटीक, रचना-निर्भर भविष्यवाणियां|journal=Proc Natl Acad Sci USA |volume=104 |issue=12 |pages=4898–903 |date=March 2007|pmid=17360348 |pmc=1829236 |doi=10.1073/pnas.0700188104 |bibcode= 2007PNAS..104.4898B|doi-access=free }}</ref> [[डॉकिंग (आणविक)]],<ref name="Mobley" /><ref name="Chakrabarti">{{cite journal |vauthors=Chakrabarti R, Klibanov AM, Friesner RA |title=देशी प्रोटीन लिगैंड-बाइंडिंग और एंजाइम सक्रिय साइट अनुक्रमों की कम्प्यूटेशनल भविष्यवाणी|journal=Proc Natl Acad Sci USA |volume=102 |issue=29 |pages=10153–8 |date=July 2005|pmid=15998733 |pmc=1177389 |doi=10.1073/pnas.0504023102 |bibcode= 2005PNAS..10210153C|doi-access=free }}</ref> और [[प्रोटीन डिजाइन|प्रोटीन रचना]]।<ref name="Boas">{{cite journal |vauthors=Boas FE, Harbury PB |title=आणविक-यांत्रिकी ऊर्जा मॉडल के आधार पर प्रोटीन-लिगैंड बाइंडिंग का डिज़ाइन|journal=J Mol Biol |volume=380 |issue=2 |pages=415–24 |date=July 2008|pmid=18514737 |doi=10.1016/j.jmb.2008.04.001 |pmc=2569001}}</ref>
 == पर्यावरण और समाधान ==
-{{Unreferenced section|date=December 2017}}
+आणविक यांत्रिकी में, एक अणु या रूचि के अणु के आसपास के वातावरण को परिभाषित करने के कई तरीके उपलब्ध हैं। एक प्रणाली को आसपास के वातावरण में [[तैयार किए हुयी धातु पे पानी चढाने की कला|सतत अनुकरण]] किया जा सकता है जिसमें कोई आसपास का वातावरण नहीं है, लेकिन यह सामान्यतः अवांछनीय है क्योंकि यह आणविक ज्यामिति में विशेष रूप से आवेशित अणुओं में कलाकृतियों का परिचय देता है। सतह आवेश जो सामान्यतः एक दूसरे के अतिरिक्त विलायक अणुओं के साथ परस्पर क्रिया करते हैं, जिससे आणविक अनुरूपता उत्पन्न होती है जो किसी अन्य वातावरण में उपलब्ध होने की संभावना नहीं है। किसी प्रणाली को हल करने का सबसे सटीक तरीका यह है कि सतत अनुकरण बॉक्स में स्पष्ट जल के अणुओं को रूचि के अणुओं के साथ रखा जाए और जल के अणुओं को दूसरे अणुओं की तरह परस्पर क्रिया करने वाले कणों के रूप में माना जाए। जल को एक साधारण कठोर क्षेत्र के रूप में प्रस्तुत करने के लिए विभिन्न प्रकार के जल प्रतिरूपण जटिलता तीन अलग-अलग कणों के रूप में निश्चित बंधन कोणों के साथ, यहां तक कि ऑक्सीजन परमाणु पर असंगत इलेक्ट्रॉनों के लिए चार या पांच अलग-अलग संपर्क केंद्रों के रूप में बढ़ते स्तर पर उपलब्ध हैं। जैसे-जैसे जल प्रतिरूपण अधिक जटिल होते जाते हैं, संबंधित सतत अनुकरण अधिक गणात्मक रूप से गहन होते जाते हैं। निहित समाधान में एक समझौता विधि पाई गई है, जो स्पष्ट रूप से प्रतिनिधित्व गए जल के अणुओं को एक गणितीय अभिव्यक्ति के साथ बदल देती है जो जल के अणुओं या अन्य विलायक जैसे लिपिड के औसत व्यवहार को पुन: उत्पन्न करता है। यह विधि उन कलाकृतियों को रोकने के लिए उपयोगी है जो शून्यक सतत अनुकरण से उत्पन्न होती हैं और पर्याप्त विलायक गुणों को अच्छी तरह से पुन: पेश करती हैं, लेकिन उन स्थितियों को पुन: उत्पन्न नहीं कर सकती हैं जिनमें व्यक्तिगत जल के अणु एक विलेय के साथ परस्पर क्रिया करते हैं जो विलायक प्रतिरूपण द्वारा अच्छी तरह से अधीन नहीं किया जाता है, जैसे कि प्रोटीन के भीतर हाइड्रोजन बंधन नेटवर्क का जल के अणु के भाग हैं ।<ref>{{Cite book|last=Cramer|first=Christopher J.|url=https://www.worldcat.org/oclc/55887497|title=कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान की अनिवार्यता: सिद्धांत और मॉडल|date=2004|publisher=Wiley|isbn=0-470-09182-7|edition=2nd |location=Chichester, West Sussex, England|oclc=55887497}}</ref>
-आणविक यांत्रिकी में, एक अणु या ब्याज के अणुओं के आसपास के वातावरण को परिभाषित करने के कई तरीके मौजूद हैं। एक प्रणाली को आसपास के वातावरण के बिना निर्वात (गैस-चरण सिमुलेशन कहा जाता है) में सिम्युलेटेड किया जा सकता है, लेकिन यह आमतौर पर अवांछनीय है क्योंकि यह आणविक ज्यामिति में विशेष रूप से आवेशित अणुओं में कलाकृतियों का परिचय देता है। भूतल आवेश जो आमतौर पर विलायक अणुओं के साथ परस्पर क्रिया करते हैं, इसके बजाय एक दूसरे के साथ परस्पर क्रिया करते हैं, जिससे आणविक अनुरूपता उत्पन्न होती है जो किसी अन्य वातावरण में मौजूद होने की संभावना नहीं है। किसी सिस्टम को सॉल्व करने का सबसे सटीक तरीका यह है कि सिमुलेशन बॉक्स में स्पष्ट पानी के अणुओं को ब्याज के अणुओं के साथ रखा जाए और पानी के अणुओं को दूसरे अणु (ओं) की तरह परस्पर क्रिया करने वाले कणों के रूप में माना जाए। विभिन्न प्रकार के जल मॉडल जटिलता के बढ़ते स्तर के साथ मौजूद हैं, पानी को एक साधारण कठोर क्षेत्र (एक संयुक्त-परमाणु मॉडल) के रूप में प्रस्तुत करते हैं, तीन अलग-अलग कणों के रूप में निश्चित बंधन कोणों के साथ, या यहां तक कि चार या पांच अलग-अलग संपर्क केंद्रों के रूप में अयुग्मित इलेक्ट्रॉनों के लिए खाते में ऑक्सीजन परमाणु पर। जैसे-जैसे पानी के मॉडल अधिक जटिल होते जाते हैं, संबंधित सिमुलेशन अधिक कम्प्यूटेशनल रूप से गहन होते जाते हैं। अंतर्निहित सॉल्वैंशन में एक समझौता विधि पाई गई है, जो स्पष्ट रूप से दर्शाए गए पानी के अणुओं को एक गणितीय अभिव्यक्ति के साथ बदल देती है जो पानी के अणुओं (या अन्य सॉल्वैंट्स जैसे लिपिड) के औसत व्यवहार को पुन: उत्पन्न करता है। यह विधि उन कलाकृतियों को रोकने के लिए उपयोगी है जो वैक्यूम सिमुलेशन से उत्पन्न होती हैं और थोक विलायक गुणों को अच्छी तरह से पुन: पेश करती हैं, लेकिन उन स्थितियों को पुन: उत्पन्न नहीं कर सकती हैं जिनमें व्यक्तिगत पानी के अणु एक विलेय के साथ विशिष्ट बातचीत करते हैं जो विलायक मॉडल द्वारा अच्छी तरह से कब्जा नहीं किया जाता है, जैसे कि पानी के अणु जो भाग हैं एक प्रोटीन के भीतर हाइड्रोजन बॉन्ड नेटवर्क का।<ref>{{Cite book|last=Cramer|first=Christopher J.|url=https://www.worldcat.org/oclc/55887497|title=कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान की अनिवार्यता: सिद्धांत और मॉडल|date=2004|publisher=Wiley|isbn=0-470-09182-7|edition=2nd |location=Chichester, West Sussex, England|oclc=55887497}}</ref>
 == सॉफ्टवेयर पैकेज ==
 मुख्य लेख: आणविक यांत्रिकी मॉडलिंग के लिए सॉफ्टवेयर की तुलना
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 == यह भी देखें ==
-* आणविक ग्राफिक्स
+* [https://en-m-wikipedia-org.translate.goog/wiki/Molecular_graphics?_x_tr_sl=auto&_x_tr_tl=hi&_x_tr_hl=en&_x_tr_pto=wapp आणविक ग्राफिक्स]
-* आणविक गतिकी
+* [https://en-m-wikipedia-org.translate.goog/wiki/Molecular_dynamics?_x_tr_sl=auto&_x_tr_tl=hi&_x_tr_hl=en&_x_tr_pto=wapp आणविक गतिकी]
-* अणु संपादक
+* [https://en-m-wikipedia-org.translate.goog/wiki/Molecule_editor?_x_tr_sl=auto&_x_tr_tl=hi&_x_tr_hl=en&_x_tr_pto=wapp अणु संपादक]
-* बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान)
+* [https://en-m-wikipedia-org.translate.goog/wiki/Force_field_(chemistry)?_x_tr_sl=auto&_x_tr_tl=hi&_x_tr_hl=en&_x_tr_pto=wapp बल क्षेत्र (रसायन विज्ञान)]
-* बल क्षेत्र कार्यान्वयन की तुलना
+* [https://en-m-wikipedia-org.translate.goog/wiki/Comparison_of_force_field_implementations?_x_tr_sl=auto&_x_tr_tl=hi&_x_tr_hl=en&_x_tr_pto=wapp बल क्षेत्र कार्यान्वयन की तुलना]
-* आणविक डिजाइन सॉफ्टवेयर
+* [https://en-m-wikipedia-org.translate.goog/wiki/Molecular_design_software?_x_tr_sl=auto&_x_tr_tl=hi&_x_tr_hl=en&_x_tr_pto=wapp आणविक डिजाइन सॉफ्टवेयर]
-* GPU पर आणविक मॉडलिंग
+* [https://en-m-wikipedia-org.translate.goog/wiki/Molecular_modeling_on_GPU?_x_tr_sl=auto&_x_tr_tl=hi&_x_tr_hl=en&_x_tr_pto=wapp GPU पर आणविक मॉडलिंग]
-* आणविक यांत्रिकी मॉडलिंग के लिए सॉफ्टवेयर की तुलना
+* [https://en-m-wikipedia-org.translate.goog/wiki/Comparison_of_software_for_molecular_mechanics_modeling?_x_tr_sl=auto&_x_tr_tl=hi&_x_tr_hl=en&_x_tr_pto=wapp आणविक यांत्रिकी मॉडलिंग के लिए सॉफ्टवेयर की तुलना]
-* मोंटे कार्लो आण्विक मॉडलिंग के लिए सॉफ्टवेयर की सूची
+* [https://en-m-wikipedia-org.translate.goog/wiki/List_of_software_for_Monte_Carlo_molecular_modeling?_x_tr_sl=auto&_x_tr_tl=hi&_x_tr_hl=en&_x_tr_pto=wapp मोंटे कार्लो आण्विक मॉडलिंग के लिए सॉफ्टवेयर की सूची]
-==संदर्भ==
+*
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-==इस पेज में लापता आंतरिक लिंक की सूची==
-*मोलेकुलर
-*अंतर-परमाणु क्षमता
-*प्रोटीन की संभावित ऊर्जा
-*गाऊसी (सॉफ्टवेयर)
-*ढतला हुआ वंश
-*निहित समाधान
-*पानी का मॉडल
 ==बाहरी संबंध==
-* आण्विक गतिशीलता सिमुलेशन विधियों को संशोधित किया गया
+* आण्विक गतिशीलता सतत अनुकरण विधियों को संशोधित किया गया
 * आणविक यांत्रिकी - यह सरल है
-{{DEFAULTSORT:Molecular Mechanics}}[[Category: आण्विक भौतिकी]]
+{{DEFAULTSORT:Molecular Mechanics}}
-[[Category:कम्प्यूटेशनल केमिस्ट्री]]
-[[Category: अंतराआणविक बल]]
-[[Category: आण्विक मॉडलिंग]]
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+[[Category:Articles with short description|Molecular Mechanics]]
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