क्लोरोफ्लेक्सोटा: Difference between revisions

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* "Chloroflexi" <small>Garrity and Holt 2001</small>
* "Eobacteria" <small>Cavalier-Smith 2002</small>
* "Chloroflexota" <small>Whitman et al. 2018</small>
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* [[Thermomicrobiota]] <small>Oren & Garrity 2021</small>
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क्लोरोफ्लेक्सोटा [[ जीवाणु ]] का एक समूह है जिसमें विभिन्न प्रकार के फेनोटाइप वाले आइसोलेट्स होते हैं, जिनमें सदस्य शामिल हैं जो [[एरोबिक जीव]] थर्मोफिल्स हैं, जो ऑक्सीजन का उपयोग करते हैं और उच्च तापमान में अच्छी तरह से बढ़ते हैं; एनोक्सीजेनिक [[phototroph]], जो [[प्रकाश संश्लेषण]] के लिए प्रकाश का उपयोग करते हैं ([[हरे गैर-सल्फर बैक्टीरिया]]); और [[अवायवीय जीव]] [[halorespirator]], जो इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में हैलोजेनेटेड ऑर्गेनिक्स (जैसे जहरीले क्लोरीनयुक्त [[एथेन्स]] और [[पॉलीक्लोराइनेटेड बाइफिनाइल]]) का उपयोग करता है।
क्लोरोफ्लेक्सोटा [[ जीवाणु ]] का एक समूह है जिसमें विभिन्न प्रकार के फेनोटाइप वाले आइसोलेट्स होते हैं, जिनमें सदस्य शामिल हैं जो [[एरोबिक जीव]] थर्मोफिल्स हैं, जो ऑक्सीजन का उपयोग करते हैं और उच्च तापमान में अच्छी तरह से बढ़ते हैं; एनोक्सीजेनिक [[phototroph]], जो [[प्रकाश संश्लेषण]] के लिए प्रकाश का उपयोग करते हैं ([[हरे गैर-सल्फर बैक्टीरिया]]); और [[अवायवीय जीव]] [[halorespirator]], जो इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में हैलोजेनेटेड ऑर्गेनिक्स (जैसे जहरीले क्लोरीनयुक्त [[एथेन्स]] और [[पॉलीक्लोराइनेटेड बाइफिनाइल]]) का उपयोग करता है।

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क्लोरोफ्लेक्सोटा जीवाणु का एक समूह है जिसमें विभिन्न प्रकार के फेनोटाइप वाले आइसोलेट्स होते हैं, जिनमें सदस्य शामिल हैं जो एरोबिक जीव थर्मोफिल्स हैं, जो ऑक्सीजन का उपयोग करते हैं और उच्च तापमान में अच्छी तरह से बढ़ते हैं; एनोक्सीजेनिक phototroph, जो प्रकाश संश्लेषण के लिए प्रकाश का उपयोग करते हैं (हरे गैर-सल्फर बैक्टीरिया); और अवायवीय जीव halorespirator, जो इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में हैलोजेनेटेड ऑर्गेनिक्स (जैसे जहरीले क्लोरीनयुक्त एथेन्स और पॉलीक्लोराइनेटेड बाइफिनाइल) का उपयोग करता है।

जाति क्लोरोफ्लेक्सोटा के सदस्य मोनोडर्म हैं (अर्थात, बिना बाहरी झिल्ली वाली एक कोशिका झिल्ली होती है), लेकिन वे ज्यादातर ग्राम-नकारात्मक दाग लगाते हैं।[1] बैक्टीरिया के कई अच्छी तरह से अध्ययन किए गए फ़ाइला डिडरम और दाग ग्राम-नकारात्मक हैं, जबकि जाने-माने मोनोडर्म जो ग्राम-पॉजिटिव को दागते हैं उनमें फर्मिक्यूट्स (या बैसिलोटा) (जीसी-सामग्री | कम जी + सी ग्राम-पॉजिटिव), एक्टिनोमाइसेटोटा (उच्च-जी) शामिल हैं। + सी ग्राम-पॉजिटिव) और डाइनोकोकस (मोटी पेप्टिडोग्लाइकन के साथ ग्राम-पॉजिटिव diderms)।

इतिहास

See also: Bacterial taxonomy and Bacterial phyla

टैक्सोन नाम 2001 के बर्गी के मैनुअल ऑफ सिस्टेमैटिक बैक्टीरियोलॉजी के वॉल्यूम 1 के संस्करण में बनाया गया था और यह क्लोरोफ्लेक्सस नाम का लैटिन बहुवचन है, जो कि फाइलम के टाइप प्रजाति जीनस का नाम है, एक जीवाणु वर्गीकरण है।[2] 1987 में, आणविक फाइलोजेनी क्रांति के अग्रदूतों में से एक के रूप में माने जाने वाले कार्ल वोइस ने 16S राइबोसोमल आरएनए (एसएसयू) अनुक्रमों के आधार पर यूबैक्टीरिया को 11 डिवीजनों में विभाजित किया और जेनेरा क्लोरोफ्लेक्सस, हर्पेटोसिफॉन और थर्मोमाइक्रोबियम को हरे गैर-सल्फर बैक्टीरिया और रिश्तेदारों में बांटा। ,[3][4] जिसे बर्गी के व्यवस्थित जीवाणु विज्ञान के मैनुअल के पहले खंड में अस्थायी रूप से क्लोरोफ्लेक्सी नाम दिया गया था।[5]

क्लोरोफ्लेक्सोटा एक गहरी शाखाओं वाली फाइलम (जीवाणु फ़ाइला देखें) होने के नाते, बर्गी के व्यवस्थित जीवाणु विज्ञान के मैनुअल के वॉल्यूम वन में एक ही नाम के साथ एक वर्ग को शामिल करने पर विचार किया गया था।[5] हालाँकि, 2001 के बाद से, नई खोजी गई प्रजातियों की बदौलत नए वर्ग बनाए गए हैं, और फ़िलम क्लोरोफ्लेक्सी को अब कई वर्गों में विभाजित किया गया है। 

Dehalococcoidetes एक प्लेसहोल्डर नाम है जो ह्यूजेनहोल्ट्ज़ और स्टैकेब्रांट, 2004 द्वारा दिया गया है,[6] Dehalococcoides ethenogenes के बाद 1997 में आंशिक रूप से वर्णित एक प्रजाति।[7] मोए एट अल द्वारा पूरी तरह से वर्णित पहली प्रजाति डेहलोजेनिमोनस लाइकेंथ्रोपोरेपेलेंस थी। 2009, रेफ नाम = देहलोजेनिमोनस>{{Cite journal | last1 = Moe | first1 = W. M. | last2 = Yan | first2 = J. | last3 = Nobre | first3 = M. F. | last4 = Da Costa | first4 = M. S. | last5 = Rainey | first5 = F. A. | title = देहलोजेनिमोनस लाइकेंथ्रोपोरेपेलेंस जीन। नवम्बर, सपा. नवंबर, क्लोरीनयुक्त विलायक-दूषित भूजल से अलग किया गया एक रिडक्टिवली डीहैलोजनिंग जीवाणु| journal = International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology | volume = 59 | issue = 11 | pages = 2692–2697 | year = 2009 | doi = 10.1099/ijs.0.011502-0 | pmid=19625421| doi-access = free }</रेफ> लेकिन उस प्रजाति के विवरण में वर्ग को आधिकारिक नहीं बनाया गया था और न ही परिवारों या आदेशों को निर्धारित किया गया था क्योंकि दो प्रजातियां केवल 90% 16S राइबोसोमल आरएनए पहचान साझा करती हैं, जिसका अर्थ है कि वे अलग-अलग परिवारों या यहां तक ​​​​कि आदेशों में पड़ सकते हैं।[8]

क्लोरोफ्लेक्सोटा के हाल के फाइलोजेनेटिक विश्लेषण ने वर्तमान में फाइलम का हिस्सा विभिन्न वर्गों के एक साथ समूहीकरण के लिए बहुत कमजोर समर्थन पाया है।[9] फाइलम बनाने वाले छह वर्गों ने प्रोटीन के बड़े डेटासेट के लिए अनुक्रमित अनुक्रमों के आधार पर फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ों में लगातार एक अच्छी तरह से समर्थित क्लैड नहीं बनाया है, और कोई संरक्षित हस्ताक्षर इंडल्स की पहचान नहीं की गई थी जो पूरे फाइलम द्वारा विशिष्ट रूप से साझा की गई थी।[9]हालांकि, क्लास क्लोरोफ्लेक्सी और थर्मोमिक्रोबिया को 50S राइबोसोमल प्रोटीन L19 और एंजाइम UDP-ग्लूकोज 4-एपिमेरेज़ में सामान्य फ़ाइलोजेनेटिक साधनों और साझा संरक्षित सिग्नेचर इंडल्स की पहचान दोनों द्वारा लगातार एक साथ समूह में पाया गया।[9]यह सुझाव दिया गया है कि फाइलम क्लोरोफ्लेक्सी सेंसु स्ट्रिक्टो में केवल क्लोरोफ्लेक्सी और थर्मोमिक्रोबिया वर्ग शामिल होने चाहिए, और अन्य चार वर्ग (डेहलोकोकाइडेटेस, एनारोलिनिया, कैल्डिलिनिया और केडोनोबैक्टीरिया) क्लोरोफ्लेक्सी के पड़ोस में एक या एक से अधिक स्वतंत्र फ़ाइला शाखाओं का प्रतिनिधित्व कर सकते हैं।[9]


फाइलोजेनी

वर्तमान में स्वीकृत टैक्सोनॉमी नामकरण में स्थायी (LPSN) के साथ प्रोकैरियोटिक नामों की सूची पर आधारित है।[10] और जैव प्रौद्योगिकी सूचना के लिए राष्ट्रीय केंद्र (एनसीबीआई)।[11]

16S rRNA based LTP_12_2021[12][13][14] 120 marker proteins based GTDB 08-RS214 (28th April 2023).[15][16][17]
 
 
 
Tepidiformia
Tepidiformales
Tepidiformaceae

Tepidiforma

 
 
 
Dehalococcoidia
Dehalococcoidales
Dehalococcoidaceae
 

Dehalococcoides

 
 

Dehalogenimonas

 
 
 
 
 
 
 
"Caldilineia"
Caldilineales
Caldilineaceae
 

Litorilinea

 
 

Caldilinea

 
 
 
 
 
 
Ardenticatenia
Ardenticatenales
Ardenticatenaceae

Ardenticatena

 
 
 
"Anaerolineia"
Anaerolineales
Anaerolineaceae
 

Aggregatilinea

 
 
 

Thermomarinilinea

 
 
 
 

Anaerolinea[18][19]

 
 

Flexilinea

 
 
 
 

Pelolinea

 
 
 

Bellilinea

 
 
 

Leptolinea[18]

 
 
 

Longilinea[20]

 
 
 

Levilinea[18]

 
 

Ornatilinea

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Ktedonobacteria
Thermogemmatisporales
Thermogemmatisporaceae

Thermogemmatispora

 
 
Ktedonobacteriales
 
Thermosporotrichaceae

Thermosporothrix

 
 
 
 
Ktedonobacteraceae

Ktedonobacter

 
 
 
 
Ktedonosporobacteraceae

Ktedonosporobacter

 
 
 
Reticulibacteraceae

Reticulibacter

 
Dictyobacteraceae
 

Tengunoibacter

 
 

Dictyobacter

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Thermoflexia
Thermoflexales
Thermoflexaceae

Thermoflexus

 
 
 
 
 
"Thermomicrobiia"
Sphaerobacterales
Sphaerobacteraceae
 

Nitrolancea

 
 

Sphaerobacter

 
 
 
Thermomicrobiales
Thermomicrobiaceae
 

Thermomicrobium

 
 

Thermorudis

 
 
 
 
Chloroflexia
 
Kallotenuales
Kallotenuaceae

Kallotenue

 
 
 
 
Herpetosiphonales
Herpetosiphonaceae

Herpetosiphon

 
 
Chloroflexales
Roseiflexaceae

Roseiflexus

 
Chloroflexaceae
 

Heliothrix

 
 
 

Oscillochloris

 
 

Chloroflexus

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
"Limnocylindria"
"Limnocylindrales"
"Limnocylindraceae"

"Ca Aquidulcis"

 
 
 
 
 
 
Ktedonobacteria
Ktedonobacteriales
Ktedonobacteriaceae
 

Thermogemmatispora

 
 
 

Ktedonosporobacter

 
 
 
 

Ktedonobacter

 
 

Thermosporothrix

 
 
 
 

Tengunoibacter

 
 

Dictyobacter

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Dehalococcoidia
Tepidiformales
Tepidiformaceae

Tepidiforma

 
 
Dehalococcoidales
Dehalococcoidaceae
 

Dehalococcoides

 
 

Dehalogenimonas

 
 
 
 
 
 
"Caldilineia"

Template:Clade hidden

 
Chloroflexia
 
"Thermobaculales"
"Thermobaculaceae"

Thermobaculum

 
 
Thermomicrobiales
Thermomicrobiaceae
 
 

Nitrolancea

 
 

Sphaerobacter

 
 
 
 

Thermomicrobium

 
 

Thermorudis

 
 
 
 
 
 
Chloroflexales
 
Herpetosiphonaceae

Herpetosiphon

 
 
 
Roseiflexaceae
 

"Kouleothrix"

 
 

Roseiflexus

 
 
Chloroflexaceae
 

Chloroflexus

 
 
 

Oscillochloris

 
 
 

"Ca. Chloroploca"

 
 

"Ca. Viridilinea"

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 


टैक्सोनॉमी

जीनस कैंडिडेटस कैलडीबैक्टर corrig. Spieck et al. 2020
जीनस कैंडिडेटस क्लोरोट्रीकोइड्स corrig. Oren et al. 2020 [क्लोरोथ्रिक्स उम्मीदवार (जीवाणु) Klappenbach & Pierson 2004 non Dyar 1921 non Berger-Perrot 1982[21]]
कैंडिडा जीनस Nitrocaldera Spieck et al. 2020
जीनस कैंडिडा Nitrotheca Spieck et al. 2020
जीनस कैंडिडा पोरिफ्लेक्सस Kogawa et al. 2022
क्लास लिम्नोसिलिंड्रिया Mehrshad et al. 2018

क्लास केटेडोनोबैक्टीरिया Cavaletti et al. 2007 emend. Yabe et al. 2010

क्लास उम्ब्रीसाइक्लोपिया Mehrshad et al. 2018

क्लास बथोस्फेरिया Mehrshad et al. 2018

क्लास टेपिडीफोर्मिया Kochetkova et al. 2020

वर्ग देहलोकॉकाइडेट्स Löffler et al. 2013

  • आदेश देहलोकॉकाइडेल्स Löffler et al. 2013

वर्ग हीटर corrig. Ward et al. 2018

क्लास अर्देंटिकेटेनिया Kawaichi et al. 2013

क्लास Caldilineae Oren, Parte & Garrity 2016 ex Cavalier-Smith 2020

क्लास थर्मोफ्लेक्सिया Dodsworth et al. 2014

क्लास एनेरोलाइनी Oren, Parte & Garrity 2016

क्लास थर्मोमाइक्रोबिया Oren, Parte & Garrity 2016

क्लास क्लोरोफ्लेक्सिया Gupta et al. 2013


व्युत्पत्ति

क्लोरोफ्लेक्सी नाम क्लोरोफ्लेक्सस का एक नियोलेटिन नाममात्र का मर्दाना बहुवचन है, जो पहले वर्णित जीनस का नाम है। संज्ञा ग्रीक विशेषण क्लोरोस, -ए, ऑन (χλωρός, -ά, -όν) का एक संयोजन है,[25] जिसका अर्थ है हरा-पीला, और लैटिन पुल्लिंग पैसिव पर्फेक्ट पार्टिसिपल फ्लेक्सस (फ्लेक्टो का),[26] अर्थ झुका हुआ।[5]व्युत्पत्ति क्लोरीन से संबंधित नहीं है, एक तत्व जिसे 1810 में सर हम्फ्री डेवी द्वारा खोजा गया था और इसका नाम उसके हल्के हरे रंग के नाम पर रखा गया था। इसी जड़ वाला एक अन्य संघ क्लोरोबायोटा है, जबकि साइनोबैक्टीरीया की जड़ सायनोस (κύανος) है, जिसका अर्थ है नीला-हरा।[27] कुछ अन्य फिला के विपरीत, क्लोरोफ्लेक्सोटा की पीढ़ी के नाम पर कोई थीम रूट नहीं है, और वास्तव में क्लोरो- या क्लोरिस में समाप्त होने वाले कई जेनेरा या तो सायनोबैक्टीरिया या क्लोरोबी हैं।

संदर्भ

  1. ↑ Sutcliffe, I. C. (2010). "बैक्टीरियल सेल एनवेलप आर्किटेक्चर पर एक फाइलम स्तर का परिप्रेक्ष्य". Trends in Microbiology. 18 (10): 464–470. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID 20637628.
  2. ↑ Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (July 26, 2005) [1984(Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). Introductory Essays. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 2A (2nd ed.). New York: Springer. p. 304. ISBN 978-0-387-24143-2. British Library no. GBA561951.
  3. ↑ Holland L. (22 May 1990). "Woese,Carl in the forefront of bacterial evolution revolution". Scientist. 4 (10).
  4. ↑ Woese, C. R. (1987). "Bacterial evolution". Microbiological Reviews. 51 (2): 221–271. doi:10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. PMC 373105. PMID 2439888.
  5. ↑ 5.0 5.1 5.2 Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (July 26, 2005) [1984(Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). Introductory Essays. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 2A (2nd ed.). New York: Springer. p. 304. ISBN 978-0-387-24143-2. British Library no. GBA561951.
  6. ↑ Hugenholtz, P.; Stackebrandt, E. (2004). "Reclassification of Sphaerobacter thermophilus from the subclass Sphaerobacteridae in the phylum Actinobacteria to the class Thermomicrobia (emended description) in the phylum Chloroflexi (emended description)". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 54 (6): 2049–2051. doi:10.1099/ijs.0.03028-0. PMID 15545432.
  7. ↑ {{Cite journal | last1 = Maymo-Gatell | first1 = X. | last2 = Chien | first2 = Y. | last3 = Gossett | first3 = J. M. | last4 = Zinder | first4 = S. H. | title = एक जीवाणु का अलगाव जो टेट्राक्लोरोइथीन को कम करके ईथीन में बदल देता है| doi = 10.1126/science.276.5318.1568 | journal = Science | volume = 276 | issue = 5318 | pages = 1568–1571 | year = 1997 | pmid = 9171062}
  8. ↑ Cite error: Invalid <ref> tag; no text was provided for refs named Dehalogenimonas
  9. ↑ 9.0 9.1 9.2 9.3 Gupta, R. S.; Chander, P.; George, S. (2012). "Phylogenetic framework and molecular signatures for the class Chloroflexi and its different clades; proposal for division of the class Chloroflexi class. nov. into the suborder Chloroflexineae subord. nov., consisting of the emended family Oscillochloridaceae and the family Chloroflexaceae fam. nov., and the suborder Roseiflexineae subord. nov., containing the family Roseiflexaceae fam. nov". Antonie van Leeuwenhoek. 103 (1): 99–119. doi:10.1007/s10482-012-9790-3. PMID 22903492. S2CID 17656551.
  10. ↑ J.P. Euzéby. "क्लोरोफ्लेक्सी". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2018-07-20.
  11. ↑ Sayers; et al. "क्लोरोफ्लेक्सी". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2014-03-20.
  12. ↑ "The LTP". Retrieved 23 February 2021.
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  14. ↑ "LTP_12_2021 Release Notes" (PDF). Retrieved 23 February 2021.
  15. ↑ "GTDB release 08-RS214". Genome Taxonomy Database. Retrieved 10 May 2023.
  16. ↑ "bac120_r214.sp_label". Genome Taxonomy Database. Retrieved 10 May 2023.
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  19. ↑ Sekiguchi, Y.; Yamada, T.; Hanada, S.; Ohashi, A.; Harada, H.; Kamagata, Y. (2003). "Anaerolinea thermophila gen. nov., sp. nov. And Caldilinea aerophila gen. nov., sp. nov., novel filamentous thermophiles that represent a previously uncultured lineage of the domain Bacteria at the subphylum level". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (6): 1843–1851. doi:10.1099/ijs.0.02699-0. PMID 14657113.
  20. ↑ Yamada, T.; Imachi, H.; Ohashi, A.; Harada, H.; Hanada, S.; Kamagata, Y.; Sekiguchi, Y. (2007). "Bellilinea caldifistulae gen. nov., sp. nov. And Longilinea arvoryzae gen. nov., sp. nov., strictly anaerobic, filamentous bacteria of the phylum Chloroflexi isolated from methanogenic propionate-degrading consortia". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 57 (10): 2299–2306. doi:10.1099/ijs.0.65098-0. PMID 17911301.
  21. ↑ Klappenbach, J. A.; Pierson, B. K. (2004). "Phylogenetic and physiological characterization of a filamentous anoxygenic photoautotrophic bacterium 'Candidatus Chlorothrix halophila' Gen. Nov., sp. Nov., recovered from hypersaline microbial mats". Archives of Microbiology. 181 (1): 17–25. doi:10.1007/s00203-003-0615-7. PMID 14655000. S2CID 23854988.
  22. ↑ Yabe, S.; Aiba, Y.; Sakai, Y.; Hazaka, M.; Yokota, A. (2009). "Thermosporothrix hazakensis gen. nov., sp. nov., isolated from compost, description of Thermosporotrichaceae fam. Nov. Within the class Ktedonobacteria Cavaletti et al. 2007 and emended description of the class Ktedonobacteria". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 (8): 1794–1801. doi:10.1099/ijs.0.018069-0. PMID 19767365.
  23. ↑ Grégoire, P.; Fardeau, M. L.; Joseph, M.; Guasco, S.; Hamaide, F.; Biasutti, S.; Michotey, V. R.; Bonin, P.; Ollivier, B. (2011). "'थर्मानेरोथ्रिक्स डैक्सेंसिस' जीन का अलगाव और लक्षण वर्णन। नव., सपा. नव., एक्विटाइन बेसिन में एक गहरे गर्म जलभृत से पृथक "क्लोरोफ्लेक्सी" संघ से संबंधित एक थर्मोफिलिक अवायवीय जीवाणु". Systematic and Applied Microbiology. 34 (7): 494–497. doi:10.1016/j.syapm.2011.02.004. PMID 21621938.
  24. ↑ Wu, Q.; Watts, J. E. M.; Sowers, K. R.; May, H. D. (2002). "एक जीवाणु की पहचान जो विशेष रूप से डबल फ्लैंक्ड क्लोरीन के साथ पॉलीक्लोरीनेटेड बाइफिनाइल के रिडक्टिव डीक्लोरिनेशन को उत्प्रेरित करता है". Applied and Environmental Microbiology. 68 (2): 807–812. Bibcode:2002ApEnM..68..807W. doi:10.1128/AEM.68.2.807-812.2002. PMC 126686. PMID 11823222.
  25. ↑ χλωρός. Liddell, Henry George; Scott, Robert; A Greek–English Lexicon at the Perseus Project
  26. ↑ Lewis & Short...
  27. ↑ κύανος. Liddell, Henry George; Scott, Robert; A Greek–English Lexicon at the Perseus Project

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