डेंड्रोग्राम: Difference between revisions
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नोड्स की ऊंचाई के साथ एक पदानुक्रमित क्लस्टरिंग (UPGMA) का डेंड्रोग्राम (बैक्टीरियल 5S rRNA अनुक्रम डेटा से अनुकूलित)[1]).
जीवन के वृक्ष का एक डेंड्रोग्राम। यह फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ वोइस एट अल से अनुकूलित है। आरआरएनए विश्लेषण।[2] नीचे की ऊर्ध्वाधर रेखा अंतिम सार्वभौमिक सामान्य पूर्वज (LUCA) का प्रतिनिधित्व करती है।
डेंड्रोग्राम एक वृक्ष का निरूपण करने वाला एक आरेख है। यह आरेखीय निरूपण अधिकतर विभिन्न संदर्भों में उपयोग किया जाता है:
- पदानुक्रमित गुच्छन में, यह संगत विश्लेषणों द्वारा निर्मित गुच्छों की व्यवस्था को दर्शाता है।[3]
- कम्प्यूटेशनल बायोलॉजी विज्ञान में, यह कभी-कभी गर्मी के नक्शे के हाशिये पर जीन या नमूनों की क्लस्टरिंग दिखाता है।[4]
- फाइलोजेनेटिक्स में, यह विभिन्न जैविक टैक्सा के बीच विकासवादी संबंधों को प्रदर्शित करता है। इस मामले में, डेंड्रोग्राम को फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष भी कहा जाता है।[5]
डेंड्रोग्राम नाम दो प्राचीन ग्रीक शब्दों से लिया गया है δένδρον (déndron), जिसका अर्थ है पेड़, और γράμμα (grámma), जिसका अर्थ है रेखांकन, गणितीय आकृति।[6][7]
क्लस्टरिंग उदाहरण
क्लस्टरिंग उदाहरण के लिए, मान लीजिए कि पाँच टैक्सा ( को ) को आनुवंशिक दूरियों के मैट्रिक्स के आधार पर यूपीजीएमए द्वारा क्लस्टर किया गया है। पदानुक्रमित क्लस्टरिंग डेंड्रोग्राम प्रारंभिक डेटा (यहां व्यक्तिगत टैक्सा) का प्रतिनिधित्व करने वाले पांच नोड्स का एक कॉलम दिखाएगा, और शेष नोड्स उन समूहों का प्रतिनिधित्व करते हैं जिनसे डेटा संबंधित है, तीर दूरी (असमानता) का प्रतिनिधित्व करते हैं। मर्ज किए गए समूहों के बीच की दूरी एक समान है, जो विलय के स्तर के साथ बढ़ती है: प्लॉट में प्रत्येक नोड की ऊंचाई उसकी दो बेटियों के बीच अंतरसमूह असमानता के मूल्य के समानुपाती होती है (दाईं ओर के नोड्स व्यक्तिगत टिप्पणियों का प्रतिनिधित्व करते हैं, सभी शून्य पर प्लॉट किए गए हैं) ऊंचाई)।
यह भी देखें
- क्लैडोग्राम
- फाइलोजेनी में दूरी मैट्रिक्स
- पदानुक्रमित क्लस्टरिंग
- MEGA, आणविक विकासवादी जेनेटिक्स विश्लेषण, डेंड्रोग्राम बनाने के लिए एक फ्रीवेयर
- yEd, डेंड्रोग्राम बनाने और स्वचालित रूप से व्यवस्थित करने के लिए एक फ्रीवेयर
- वर्गीकरण
संदर्भ
उद्धरण
- ↑ Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996). "Phylogenetic inference". In Hillis DM, Moritz C, Mable BK (eds.). Molecular Systematics, 2nd edition. Sunderland, MA: Sinauer. pp. 407–514. ISBN 9780878932825.
- ↑ Woese, Carl R.; Kandler, O; Wheelis, M (1990). "जीवों की एक प्राकृतिक प्रणाली की ओर: आर्किया, बैक्टीरिया और यूकेरिया डोमेन के लिए प्रस्ताव" (PDF). Proc Natl Acad Sci USA. 87 (12): 4576–4579. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
- ↑ Everitt, Brian (1998). सांख्यिकी का शब्दकोश. Cambridge, UK: Cambridge University Press. p. 96. ISBN 0-521-59346-8.
- ↑ Wilkinson, Leland; Friendly, Michael (May 2009). "क्लस्टर हीट मैप का इतिहास". The American Statistician. 63 (2): 179–184. doi:10.1198/tas.2009.0033. S2CID 122792460.
- ↑ "फाइलोजेनेटिक वृक्ष (जीव विज्ञान)". Encyclopedia Britannica (in English). Retrieved 2018-10-22.
- ↑ Bailly, Anatole (1981-01-01). Abrégé du dictionnaire grec français. Paris: Hachette. ISBN 2010035283. OCLC 461974285.
- ↑ Bailly, Anatole. "ग्रीक-फ़्रेंच शब्दकोश ऑनलाइन". www.tabularium.be. Retrieved October 20, 2018.
स्रोत
- Galili, T. (2015). "dendextend: पदानुक्रमित क्लस्टरिंग के पेड़ों को देखने, समायोजित करने और तुलना करने के लिए एक आर पैकेज". Bioinformatics. 31 (22): 3718–3720. doi:10.1093/bioinformatics/btv428. PMC 4817050. PMID 26209431.
बाहरी संबंध
- Iris dendrogram - Example of using a dendrogram to visualize the 3 clusters from hierarchical clustering using the "complete" method vs the real species category (using R).
