कुंडलित कुंडल (कोइलेड कॉइल): Difference between revisions
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ए -[[केरातिन]] के लिए कुंडलित कुंडलियों की संभावना प्रारंभ में कुछ विवादास्पद थी। [[लिनस पॉलिंग]] और [[फ्रांसिस क्रिक]] स्वतंत्र रूप से इस निष्कर्ष पर पहुंचे कि यह लगभग उसी समय संभव था। 1952 की गर्मियों में, पॉलिंग ने [[इंगलैंड]] में उस प्रयोगशाला का दौरा किया जहाँ क्रिक ने काम किया था। पॉलिंग और क्रिक मिले और विभिन्न विषयों पर बात की; एक बिंदु पर, क्रिक ने पूछा कि क्या पॉलिंग ने कुंडलित कॉइल्स पर विचार किया है (क्रिक शब्द के साथ आया था), जिस पर पॉलिंग ने कहा कि उनके पास है। संयुक्त राज्य अमेरिका लौटने पर, पॉलिंग ने इस विषय पर शोध फिर से प्रारंभ किया। उन्होंने निष्कर्ष निकाला कि कुंडलित कुंडल मौजूद हैं, और अक्टूबर में जर्नल [[प्रकृति (पत्रिका)|प्रकृति पत्रिका]] को एक लंबी पांडुलिपि प्रस्तुत की। पॉलिंग के बेटे पीटर पॉलिंग ने उसी प्रयोगशाला में क्रिक के रूप में काम किया, और उसे रिपोर्ट का उल्लेख किया। क्रिक का मानना था कि पॉलिंग ने उनके विचार को चुरा लिया है, और पॉलिंग की पांडुलिपि आने के कुछ दिनों बाद प्रकृति को एक छोटा नोट प्रस्तुत किया। अन्ततः कुछ विवादों और लगातार पत्राचार के बाद, क्रिक की प्रयोगशाला ने घोषणा की कि दोनों शोधकर्ताओं द्वारा स्वतंत्र रूप से विचार किया गया था, और कोई बौद्धिक चोरी नहीं हुई थी।<ref>{{cite web|last=Hager|first=Thomas|title=Narrative 43, Coils Upon Coils|url=http://scarc.library.oregonstate.edu/coll/pauling/proteins/narrative/page43.html|work=Linus Pauling and the Structure of Proteins|publisher=Oregon State University Special Collections and Archives Research Center|access-date=May 15, 2013}}</ref> अपने नोट में ,क्रिक ने कुंडलित कुंडली और साथ ही साथ उनकी संरचना का निर्धारण करने के लिए गणितीय तरीकों का प्रस्ताव दिया।<ref name="crick52"> | |||
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1982 में हनुकोग्लू और फुच्स द्वारा पहले केराटिन अनुक्रम निर्धारित किए गए थे।–-1982>{{cite journal | vauthors = Hanukoglu I, Fuchs E | title = एक मानव एपिडर्मल केराटिन का सीडीएनए अनुक्रम: अनुक्रम का विचलन लेकिन मध्यवर्ती फिलामेंट प्रोटीन के बीच संरचना का संरक्षण| journal = Cell | volume = 31 | issue = 1 | pages = 243–52 | date = Nov 1982 | pmid = 6186381 | doi = 10.1016/0092-8674(82)90424-X | s2cid = 35796315 | url = https://zenodo.org/record/890743 }}</ रेफ> <रेफरी नाम = पृष्ठ = --1983>{{cite journal | vauthors = Hanukoglu I, Fuchs E | title = टाइप II साइटोस्केलेटल केराटिन का सीडीएनए अनुक्रम केराटिन के बीच स्थिर और परिवर्तनशील संरचनात्मक डोमेन को प्रकट करता है| journal = Cell | volume = 33 | issue = 3 | pages = 915–24 | date = Jul 1983 | pmid = 6191871 | doi = 10.1016/0092-8674(83)90034-X | s2cid = 21490380 | url = https://zenodo.org/record/890739 }}</रेफरी> | |||
अनुक्रम और द्वितीयक संरचना पूर्वानुमान विश्लेषण के आधार पर केराटिन के कुंडलित-कुंडली डोमेन की पहचान की गई। | अनुक्रम और द्वितीयक संरचना पूर्वानुमान विश्लेषण के आधार पर केराटिन के कुंडलित-कुंडली डोमेन की पहचान की गई। | ||
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=== एचआईवी संक्रमण में भूमिका === | === एचआईवी संक्रमण में भूमिका === | ||
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कुंडलित कुंडल प्रोटीन में एक संरचनात्मक रूपांकन है जिसमें 2-7[1] अल्फा हेलिक्स रस्सी के रेशों की तरह एक साथ कुंडलित होते हैं। प्रोटीन डिमर और प्रोटीन ट्रिमर सबसे सरल प्रकार हैं। कई कुंडलित कुंडल-प्रकार के प्रोटीन महत्वपूर्ण जैविक कार्यों में सम्मिलित होते हैं, जैसे कि जीन अभिव्यक्ति का नियमन - जैसे, प्रतिलेखन कारक। उल्लेखनीय उदाहरण हैं ओंकोप्रोटीन सी फॉस और सी -जून, साथ ही साथ मांसपेशी प्रोटीन ट्रोपोमायोसिन।
डिस्कवरी
ए -केरातिन के लिए कुंडलित कुंडलियों की संभावना प्रारंभ में कुछ विवादास्पद थी। लिनस पॉलिंग और फ्रांसिस क्रिक स्वतंत्र रूप से इस निष्कर्ष पर पहुंचे कि यह लगभग उसी समय संभव था। 1952 की गर्मियों में, पॉलिंग ने इंगलैंड में उस प्रयोगशाला का दौरा किया जहाँ क्रिक ने काम किया था। पॉलिंग और क्रिक मिले और विभिन्न विषयों पर बात की; एक बिंदु पर, क्रिक ने पूछा कि क्या पॉलिंग ने कुंडलित कॉइल्स पर विचार किया है (क्रिक शब्द के साथ आया था), जिस पर पॉलिंग ने कहा कि उनके पास है। संयुक्त राज्य अमेरिका लौटने पर, पॉलिंग ने इस विषय पर शोध फिर से प्रारंभ किया। उन्होंने निष्कर्ष निकाला कि कुंडलित कुंडल मौजूद हैं, और अक्टूबर में जर्नल प्रकृति पत्रिका को एक लंबी पांडुलिपि प्रस्तुत की। पॉलिंग के बेटे पीटर पॉलिंग ने उसी प्रयोगशाला में क्रिक के रूप में काम किया, और उसे रिपोर्ट का उल्लेख किया। क्रिक का मानना था कि पॉलिंग ने उनके विचार को चुरा लिया है, और पॉलिंग की पांडुलिपि आने के कुछ दिनों बाद प्रकृति को एक छोटा नोट प्रस्तुत किया। अन्ततः कुछ विवादों और लगातार पत्राचार के बाद, क्रिक की प्रयोगशाला ने घोषणा की कि दोनों शोधकर्ताओं द्वारा स्वतंत्र रूप से विचार किया गया था, और कोई बौद्धिक चोरी नहीं हुई थी।[2] अपने नोट में ,क्रिक ने कुंडलित कुंडली और साथ ही साथ उनकी संरचना का निर्धारण करने के लिए गणितीय तरीकों का प्रस्ताव दिया।[3] उल्लेखनीय रूप से, यह लिनुस पॉलिंग और सहकर्मियों द्वारा 1951 में अल्फा हेलिक्स की संरचना का सुझाव दिए जाने के तुरंत बाद था।[4][4] इन अध्ययनों को केरातिन अनुक्रम के ज्ञान के अभाव में प्रकाशित किया गया था
1982 में हनुकोग्लू और फुच्स द्वारा पहले केराटिन अनुक्रम निर्धारित किए गए थे।–-1982>Hanukoglu I, Fuchs E (Nov 1982). "एक मानव एपिडर्मल केराटिन का सीडीएनए अनुक्रम: अनुक्रम का विचलन लेकिन मध्यवर्ती फिलामेंट प्रोटीन के बीच संरचना का संरक्षण". Cell. 31 (1): 243–52. doi:10.1016/0092-8674(82)90424-X. PMID 6186381. S2CID 35796315.</ रेफ> <रेफरी नाम = पृष्ठ = --1983>Hanukoglu I, Fuchs E (Jul 1983). "टाइप II साइटोस्केलेटल केराटिन का सीडीएनए अनुक्रम केराटिन के बीच स्थिर और परिवर्तनशील संरचनात्मक डोमेन को प्रकट करता है". Cell. 33 (3): 915–24. doi:10.1016/0092-8674(83)90034-X. PMID 6191871. S2CID 21490380.</रेफरी>
अनुक्रम और द्वितीयक संरचना पूर्वानुमान विश्लेषण के आधार पर केराटिन के कुंडलित-कुंडली डोमेन की पहचान की गई। रेफरी नाम= pmid24265184 >Hanukoglu I, Ezra L (Jan 2014). "प्रोटिओपेडिया प्रविष्टि: केराटिन की कुंडलित-कुंडली संरचना". Biochemistry and Molecular Biology Education. 42 (1): 93–4. doi:10.1002/bmb.20746. PMID 24265184. S2CID 30720797.</रेफरी>
आणविक संरचना
कुंडलित कॉइल में आमतौर पर हाइड्रोफोबिक (एच) और आवेशित (सी) एमिनो एसिड अवशेषों का एक दोहराया पैटर्न, hxxhcxc होता है, जिसे हेप्टाड दोहराना कहा जाता है।[5] हेप्टाड रिपीट में स्थितियों को आमतौर पर एबीसीडीईएफ़जी लेबल किया जाता है, जहां ए और डी हाइड्रोफोबिक स्थितियां होती हैं, जो अक्सर isoleucine, ल्यूसीन या वेलिन द्वारा कब्जा कर ली जाती हैं। इस दोहराए जाने वाले पैटर्न के साथ एक अल्फा हेलिक्स | अल्फा-हेलिकल माध्यमिक संरचना में एक अनुक्रम को मोड़ने से हाइड्रोफोबिक अवशेषों को एक 'स्ट्राइप' के रूप में प्रस्तुत किया जाता है जो बाएं हाथ के फैशन में हेलिक्स के चारों ओर धीरे से कुंडलित होता है, जिससे एक वह कमजोर है संरचना बनती है। इस तरह के दो हेलिकॉप्टरों के लिए कोशिका द्रव्य के पानी से भरे वातावरण में खुद को व्यवस्थित करने का सबसे अनुकूल तरीका हाइड्रोफिलिक अमीनो एसिड के बीच सैंडविच किए गए हाइड्रोफोबिक स्ट्रैंड्स को एक दूसरे के खिलाफ लपेटना है। इस प्रकार, यह हाइड्रोफोबिक सतहों का दफन है जो ओलिगोमेराइजेशन के लिए thermodynamic ड्राइविंग बल प्रदान करता है। कॉइल्ड-कॉइल इंटरफ़ेस में पैकिंग असाधारण रूप से तंग है, लगभग पूर्ण वैन डेर वाल्स बल और डी अवशेषों के प्रतिस्थापी | साइड-चेन के बीच बल संपर्क के साथ। इस तंग पैकिंग की मूल रूप से 1952 में फ्रांसिस क्रिक द्वारा भविष्यवाणी की गई थी[3]और इसे छेद पैकिंग में घुंडी कहा जाता है।
अल्फा-हेलिक्स | α-हेलीकेस समानांतर या विरोधी-समानांतर हो सकते हैं, और आमतौर पर बाएं हाथ के सुपर-कॉइल (चित्र 1) को अपनाते हैं। हालांकि प्रतिकूल, कुछ दाएं हाथ के कुंडलित कुंडल भी प्रकृति में और डिज़ाइन किए गए प्रोटीनों में देखे गए हैं।[6]
जैविक भूमिकाएँ
एचआईवी संक्रमण में भूमिका
CD4 पॉजिटिव कोशिकाओं में वायरल का प्रवेश तब प्रारंभ होता है जब ग्लाइकोप्रोटीन 120 (gp120) की तीन सबयूनिट्स CD4 रिसेप्टर और एक कोरसेप्टर से बंध जाती हैं। ग्लाइकोप्रोटीन gp120 वैन डेर वाल्स इंटरैक्शन के माध्यम से gp41 के ट्रिमर से निकटता से जुड़ा हुआ है। CD4 रिसेप्टर और कोरसेप्टर के लिए gp120 के बंधन में होने पर, संरचना में कई परिवर्तनकारी परिवर्तन gp120 के पृथक्करण और gp41 के संपर्क में आते हैं और उसी समय gp41 एन-टर्मिनल फ्यूजन पेप्टाइड अनुक्रम के एंकरिंग के लिए होस्ट सेल। एक भरा हुआ वसंत मैकेनिज्म वायरल और सेल मेम्ब्रेन को पर्याप्त निकटता में लाने के लिए जिम्मेदार होता है जिससे वे फ्यूज हो जाएंगे। स्प्रिंग-लोडेड तंत्र की उत्पत्ति उजागर gp41 के भीतर होती है, जिसमें प्रोटीन के एन टर्मिनस पर फ्यूजन पेप्टाइड के बाद लगातार दो हेप्टाड रिपीट (HR1 और HR2) होते हैं। एचआर1 एक समानांतर, ट्रिमेरिक कुंडलित कुंडली बनाता है जिस पर एचआर2 क्षेत्र कुंडली बनाता है, ट्रिमर-ऑफ-हेयरपिन (या छह-हेलिक्स बंडल) संरचना बनाता है, जिससे झिल्ली को एक दूसरे के करीब लाकर झिल्ली संलयन की सुविधा मिलती है। वायरस तब कोशिका में प्रवेश करता है और इसकी प्रतिकृति प्रारंभ करता है। हाल ही में, एचआर2 से व्युत्पन्न अवरोधक जैसे कि enfuvirtide (डीपी178, टी-20) जीपी41 पर एचआर1 क्षेत्र से बंधते हैं, विकसित किए गए हैं। हालांकि, एचआर1 से प्राप्त पेप्टाइड्स में इन पेप्टाइड्स के समाधान में एकत्रित होने की प्रवृत्ति के कारण बहुत कम वायरल अवरोधक प्रभावकारिता है। GCN4 ल्यूसीन ज़िपर वाले इन HR1-व्युत्पन्न पेप्टाइड्स के काइमेरा को विकसित किया गया है और यह एंफुवार्टाइड से अधिक सक्रिय दिखाया गया है, लेकिन ये अभी तक क्लिनिक में प्रवेश नहीं कर पाए हैं।
ओलिगोमेराइजेशन टैग के रूप में
उनके विशिष्ट अंतःक्रिया के कारण कुंडलित कॉइल को एक विशिष्ट ओलिगोमेराइजेशन स्थिति को स्थिर या लागू करने के लिए टैग के रूप में उपयोग किया जा सकता है।Cite error: Closing </ref> missing for <ref> tag[7] हारबरी एट अल। एक आर्किटेपल कॉइल्ड कॉइल, GCN4 का उपयोग करके एक ऐतिहासिक अध्ययन किया, जिसमें पेप्टाइड अनुक्रम ओलिगोमेरिक स्थिति को प्रभावित करने वाले नियमों (यानी, अंतिम असेंबली में अल्फा-हेलिक्स | अल्फा-हेलीसेस की संख्या) को स्थापित किया गया था।[8][9] GCN4 कुंडलित कुंडल एक 31-अमीनो-एसिड (जो सिर्फ चार से अधिक हेप्टाड्स के बराबर है) समानांतर, डिमेरिक (यानी, दो अल्फा-हेलिक्स|अल्फा-हेलीसेस से मिलकर) कुंडलित कुंडल है और इसमें बार-बार आइसोल्यूसिन (या I, एमिनो में) है एसिड # मानक अमीनो एसिड संक्षेपों और गुणों की तालिका | एकल-अक्षर कोड) और ल्यूसीन (एल) क्रमशः ए और डी पदों पर, और एक डिमेरिक कॉइल्ड कॉइल बनाता है। जब a और d स्थितियों में अमीनो एसिड I से a और L पर d से I में a और I पर d में बदल दिए गए, तो एक ट्रिमेरिक (तीन अल्फा-हेलिक्स|अल्फा-हेलीसिस) कुंडलित कॉइल का निर्माण हुआ। इसके अलावा, एल की स्थिति को ए और आई से डी पर स्विच करने के परिणामस्वरूप टेट्रामेरिक (चार अल्फा-हेलिक्स | अल्फा-हेलिस) कुंडलित कॉइल का निर्माण हुआ। ये कॉइल्ड कॉइल ऑलिगोमेरिक स्टेट्स के निर्धारण के लिए नियमों के एक सेट का प्रतिनिधित्व करते हैं और वैज्ञानिकों को ओलिगोमेराइजेशन व्यवहार को प्रभावी ढंग से डायल-इन करने की अनुमति देते हैं। कुंडलित कुंडल असेंबली का एक अन्य पहलू जो अपेक्षाकृत अच्छी तरह से समझा जाता है, कम से कम डिमेरिक कुंडलित कुंडलियों के मामले में, यह है कि एक स्थिति का विरोध करने पर एक ध्रुवीय अवशेष (विशेष रूप से asparagine, N) रखने से कुंडलित कुंडल के समानांतर संयोजन को बल मिलता है। यह प्रभाव इन अवशेषों के बीच एक स्व-पूरक हाइड्रोजन बंधन के कारण होता है, जो असंतुष्ट हो जाएगा यदि एन को जोड़ा गया था, उदाहरण के लिए, विरोधी हेलिक्स पर एल।[10]
यह हाल ही में मयूर, कड़वा जीवन और सहकर्मियों द्वारा प्रदर्शित किया गया था कि कुंडलित कॉइल को एक टेम्पलेट के रूप में लैंथेनाइड (III) आयनों का उपयोग करके स्व-इकट्ठा किया जा सकता है, इस प्रकार उपन्यास इमेजिंग एजेंटों का उत्पादन होता है।[11]
संदर्भ
- ↑ Liu J, Zheng Q, Deng Y, Cheng CS, Kallenbach NR, Lu M (Oct 2006). "A seven-helix coiled coil". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (42): 15457–62. Bibcode:2006PNAS..10315457L. doi:10.1073/pnas.0604871103. PMC 1622844. PMID 17030805.
- ↑ Hager, Thomas. "Narrative 43, Coils Upon Coils". Linus Pauling and the Structure of Proteins. Oregon State University Special Collections and Archives Research Center. Retrieved May 15, 2013.
- ↑ 3.0 3.1 Crick FH (Nov 1952). "Is alpha-keratin a coiled coil?". Nature. 170 (4334): 882–3. Bibcode:1952Natur.170..882C. doi:10.1038/170882b0. PMID 13013241. S2CID 4147931.
- ↑ Pauling L, Corey RB, Branson HR (Apr 1951). "The structure of proteins; two hydrogen-bonded helical configurations of the polypeptide chain". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 37 (4): 205–11. Bibcode:1951PNAS...37..205P. doi:10.1073/pnas.37.4.205. PMC 1063337. PMID 14816373.
- ↑ Mason JM, Arndt KM (Feb 2004). "Coiled coil domains: stability, specificity, and biological implications". ChemBioChem. 5 (2): 170–6. doi:10.1002/cbic.200300781. PMID 14760737. S2CID 39252601.
- ↑ Harbury PB, Plecs JJ, Tidor B, Alber T, Kim PS (Nov 1998). "High-resolution protein design with backbone freedom". Science. 282 (5393): 1462–7. doi:10.1126/science.282.5393.1462. PMID 9822371.
- ↑ Mahrenholz CC, Abfalter IG, Bodenhofer U, Volkmer R, Hochreiter S (May 2011). "Complex networks govern coiled-coil oligomerization--predicting and profiling by means of a machine learning approach". Molecular & Cellular Proteomics. 10 (5): M110.004994. doi:10.1074/mcp.M110.004994. PMC 3098589. PMID 21311038.
- ↑ Harbury PB, Zhang T, Kim PS, Alber T (Nov 1993). "A switch between two-, three-, and four-stranded coiled coils in GCN4 leucine zipper mutants". Science. 262 (5138): 1401–7. Bibcode:1993Sci...262.1401H. doi:10.1126/science.8248779. PMID 8248779. S2CID 45833675.
- ↑ Harbury PB, Kim PS, Alber T (Sep 1994). "Crystal structure of an isoleucine-zipper trimer". Nature. 371 (6492): 80–3. Bibcode:1994Natur.371...80H. doi:10.1038/371080a0. PMID 8072533. S2CID 4319206.
- ↑ Woolfson, DN (2005). "The design of coiled-coil structures and assemblies". Adv. Protein. Chem. Advances in Protein Chemistry. 70 (4): 79–112. doi:10.1016/S0065-3233(05)70004-8. ISBN 9780120342709. PMID 15837514.
- ↑ Berwick MR, Lewis DJ, Jones AW, Parslow RA, Dafforn TR, Cooper HJ, Wilkie J, Pikramenou Z, Britton MM, Peacock AF (Jan 2014). "De novo design of Ln(III) coiled coils for imaging applications". Journal of the American Chemical Society. 136 (4): 1166–9. doi:10.1021/ja408741h. PMC 3950886. PMID 24405157.
अग्रिम पठन
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- Nishikawa K, Scheraga HA (1976). "Geometrical criteria for formation of coiled-coil structures of polypeptide chains". Macromolecules. 9 (3): 395–407. Bibcode:1976MaMol...9..395N. doi:10.1021/ma60051a004. PMID 940353.
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बाहरी संबंध
कुंडलित-कुंडली संबंधित सॉफ्टवेयर
भविष्यवाणी, पहचान, और दृश्यता
- Spiricoil predict Coiled Coil and Oligormeric state from a protein sequences at archive.today (archived 2012-12-23)
- NCOILS at archive.today (archived 2002-01-11)
- Paircoil2 / Paircoil
- bCIPA कुंडलित कुंडल जोड़े के लिए Tm मानों का अनुमान लगाता है
- bCIPA लाइब्रेरी स्क्रीन एक परिभाषित लक्ष्य के खिलाफ अनुक्रमों की एक लाइब्रेरी को स्क्रीन करता है और सभी कुंडलित कॉइल जोड़े के लिए Tm मानों का अनुमान लगाता है।
- bCIPA इंटरएक्टोम स्क्रीन परिभाषित अनुक्रमों के चयन के बीच सभी इंटरैक्शन को स्क्रीन करता है और सभी कुंडलित कॉइल जोड़े के लिए Tm मानों का अनुमान लगाता है।
- STRAP में AA-अनुक्रमों से कुंडलित-कुंडलियों की भविष्यवाणी करने के लिए एक एल्गोरिदम शामिल है।
- ProOCoil कॉइल्ड कॉइल प्रोटीन के ऑलिगोमेराइजेशन की भविष्यवाणी करता है और समग्र ओलिगोमेरिक प्रवृत्ति के लिए प्रत्येक व्यक्ति अमीनो एसिड के योगदान की कल्पना करता है।
- DrawCoil किसी भी ओलिगोमेराइजेशन अवस्था और ओरिएंटेशन के कुंडलित कॉइल के लिए हेलिकल व्हील डायग्राम बनाता है।
डेटाबेस
- Spiricoil सभी पूरी तरह से अनुक्रमित जीवों के लिए कुंडलित कुंडल उपस्थिति और ओलिगोमेरिक स्थिति की भविष्यवाणी करने के लिए प्रोटीन डोमेन एनोटेशन का उपयोग करता है
- CC+ प्रोटीन डेटा बैंक में पाए जाने वाले कुंडलित कुंडलियों का संबंधपरक डेटाबेस है
- SUPERFAMILY सभी पूरी तरह से अनुक्रमित जीवों के लिए प्रोटीन डोमेन एनोटेशन, प्रोटीन कॉइल्ड कॉइल क्लास के विशेषज्ञ रूप से क्यूरेट किए गए संरचनात्मक वर्गीकरण पर आधारित
Template:Protein tandem repeats
श्रेणी:प्रोटीन फोल्ड्स
