बायोग्रिड

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बायोग्रिड
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Content
Description'बायोग्रिड बायोमेडिकल इंटरैक्शन रिपॉजिटरी है जिसमें व्यापक क्यूरेशन प्रयासों के माध्यम से डेटा संकलित किया गया है.
Data types
captured		Protein Interactions, Genetic Interactions, Chemical Interactions, Post-Translational Modifications.
Organisms80
Contact
Research centerUniversité de Montréal, Princeton University, Mount Sinai Hospital (Toronto)
LaboratoryInstitut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie, Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics, Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute
AuthorsLorrie Boucher, Ashton Breitkreutz, Bobby-Joe Breitkreutz, Christie Chang, Andrew Chatr-Aryamontri, Kara Dolinski, Sven Heinicke, Nadine Kolas, Lara O'Donnell, Sara Oster, Rose Oughtred, Jennifer Rust, Adnane Sellam, Chris Stark, Jean Tang, Chandra Theesfeld, Mike Tyers.
Primary citationStark & al. (2006)[1]
Access
Data formatCustom flat files, PSI-MI, MITAB
Websitethebiogrid.org
Download URLdownloads.thebiogrid.org/BioGRID
Web service URLYes - wiki.thebiogrid.org/doku.php/biogridrest
Tools
WebAdvanced search, integrated network viewer, custom downloads, bulk retrieval/download
Miscellaneous
VersioningYes
Data release
frequency		Monthly (4 Weeks)
Version4.2.193; 1 January 2021; 3 years ago (2021-01-01)
Curation policyYes - manual; Also focused curation efforts.
Bookmarkable
entities		Yes - both individual results and searches,

इंटरैक्शन डेटासेट्स (बायोग्रिड) के लिए जैविक सामान्य रिपॉजिटरी प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन, एपिस्टासिस, रासायनिक इंटरैक्शन और 2003 में बनाए गए अनुवाद के पश्चात का संशोधन का क्यूरेटेड जैविक डेटाबेस है (मूल रूप से इंटरेक्शन डेटासेट्स (जीआरआईडी) के लिए सामान्य रिपॉजिटरी के रूप में संदर्भित है)[2] [[माउंट सिनाई अस्पताल (टोरंटो)]] में लूनफेल्ड-तानेंबौम अनुसंधान संस्थान में माइक टायर्स, बॉबी-जो ब्रेइटक्रेत्ज़ और क्रिस स्टार्क द्वारा संदर्भित है। यह डेटा की मैपिंग बनाने के लिए अतिरेक को दूर करने का प्रयास करते हुए सभी प्रमुख मॉडल जीवों की प्रजातियों के लिए व्यापक क्यूरेटेड संसाधन प्रदान करने का प्रयास करता है। बायोग्रिड के उपयोगकर्ता अपने प्रोटीन, रसायन या रुचि के प्रकाशन की बायोग्रिड कर सकते हैं और एनोटेशन को पुनः प्राप्त कर सकते हैं, साथ ही क्यूरेटेड डेटा को प्राथमिक साहित्य द्वारा रिपोर्ट किया जा सकता है और घर में बड़े स्तर पर क्यूरेशन प्रयासों द्वारा संकलित किया जा सकता है। बायोग्रिड को टोरंटो, ओंटारियो, कनाडा और डलास, टेक्सास, संयुक्त राज्य अमेरिका में होस्ट किया गया है और सैक्रोमाइसेस जीनोम डेटाबेस, फ्लाईबेस, वर्मबेस, पोमबेस, और जीनोम संसाधनों के गठबंधन के साथ भागीदारी की है। बायोग्रिड को एनआईएच और सीआईएचआर द्वारा वित्त पोषित किया जाता है। बायोग्रिड अंतर्राष्ट्रीय आणविक एक्सचेंज कंसोर्टियम (IMEx) का पर्यवेक्षक सदस्य है।

इतिहास

बायोग्रिड मूल रूप से इंटरेक्शन डेटासेट के लिए सामान्य रिपॉजिटरी के रूप में प्रकाशित और जारी किया गया था[2]परन्तु पश्चात में इसका नाम परिवर्तित करके बायोग्रिड कर दिया गया[1]जिससे अधिक संक्षिप्त रूप से परियोजना का वर्णन करने के लिए, और समान नाम वाली कई ग्रिड कंप्यूटिंग परियोजनाओं से इसे भिन्न करने के लिए सहायता मिल सके। मूल रूप से जीवों के विशिष्ट डेटाबेस में भिन्न किया गया, नवीनतम संस्करण अब एकीकृत फ्रंट एंड प्रदान करता है जिससे साथ मे कई जीवों में बायोग्रिड की जा सकती है। बायोग्रिड को शुरू में माउंट सिनाई अस्पताल (टोरंटो) में लुनेनफेल्ड-तनेनबाउम रिसर्च इंस्टीट्यूट में परियोजना के रूप में विकसित किया गया था, परन्तु तब से इसका विस्तार यूनिवर्सिटी डी मॉन्ट्रियल और लुईस-सिगलर इंस्टीट्यूट में इंस्टीट्यूट डी रिकर्चे एन इम्यूनोलोजी एट एन कैन्सरोलोजी में, प्रिंसटन विश्वविद्यालय में एकीकृत जीनोमिक्स के लिए टीमों को सम्मिलित करने के लिए किया गया है। बायोग्रिड का मुख्य फोकस बाइनरी प्रोटीन-प्रोटीन और जेनेटिक इंटरैक्शन के क्यूरेशन पर था, परन्तु कई अपडेट में इसका विस्तार हुआ है[1][3][4][5][6][7][8] क्यूरेटेड पोस्ट-ट्रांसलेशनल मॉडिफिकेशन डेटा को सम्मिलित करने के लिए,[9][10] रासायनिक संपर्क डेटा, और जटिल बहु-जीन / प्रोटीन है। इसके अतिरिक्त, मासिक आधार पर, बायोग्रिड क्यूरेटेड डेटा का विस्तार करना जारी रखता है और नए टूल भी विकसित और रिलीज़ करता है,[9][10][11][12] व्यापक लक्षित क्यूरेशन परियोजनाओं से डेटा,[13] और लक्षित वैज्ञानिक विश्लेषण करते हैं।[14]


जेनेटिक, प्रोटीन और केमिकल इंटरेक्शन की अवधि

इंटरेक्शन डेटासेट्स (बायोग्रिड) के लिए बायोलॉजिकल जनरल रिपॉजिटरी ओपन एक्सेस डेटाबेस है जिसमें सभी प्रमुख मॉडल जीव प्रजातियों और मनुष्यों के लिए प्राथमिक बायोमेडिकल साहित्य से अनुवांशिक और प्रोटीन इंटरैक्शन होते हैं। As of 18 October 2020,[15] बायोग्रिड में 63,083 प्रकाशनों से लिए गए 1,928 मिलियन इंटरैक्शन सम्मिलित हैं जो 71 मॉडल जीवों का प्रतिनिधित्व करते हैं। 2021 की प्रारम्भ में इसमें पूर्व से ही 2,0 मिलियन से अधिक जैविक इंटरैक्शन, 29,023 रासायनिक-प्रोटीन इंटरैक्शन, और 506,485 पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधनों को सामूहिक रूप से 80 से अधिक प्रजातियों के लिए 75,988 प्रकाशनों से क्यूरेट किया गया था।[16] बायोग्रिड डेटा पार्टनर मॉडल जीव डेटाबेस और मेटा-डेटाबेस के माध्यम से स्वतंत्र रूप से वितरित किए जाते हैं और विभिन्न स्वरूपों में सीधे डाउनलोड किए जा सकते हैं। बायोग्रिड क्यूरेशन को इंटरेक्शन मैनेजमेंट सिस्टम (आईएमएस) के माध्यम से समन्वित किया जाता है जो संरचित साक्ष्य कोड, फेनोटाइप ऑन्कोलॉजी और जीन एनोटेशन के माध्यम से संकलन इंटरैक्शन रिकॉर्ड की सुविधा प्रदान करता है। बायोग्रिड आर्किटेक्चर को अधिक जटिल मल्टी-जीन / प्रोटीन इंटरैक्शन के प्रतिनिधित्व की अनुमति देने के लिए, अधिक जटिल मल्टी-जीन / प्रोटीन इंटरैक्शन के प्रतिनिधित्व की अनुमति देने के लिए, अर्ध के माध्यम से क्यूरेशन में तीव्रता लाने के लिए संरचित ऑन्कोलॉजी के माध्यम से सेलुलर फेनोटाइप के लिए संवाद और पोस्ट-ट्रांसलेशन संशोधन प्रकारों का समर्थन करने, स्वचालित पाठ खनन दृष्टिकोण, और क्यूरेशन गुणवत्ता नियंत्रण बढ़ाने के लिए सुधार किया गया है। व्यापक क्यूरेशन प्रयासों के माध्यम से, बायोग्रिड में अब नवोदित खमीर (सैक्रोमाइसेस सर्विसिए), थाल क्रेस (अरबिडोप्सिस थैलियना), और विखंडन खमीर (स्किजोसैक्रोमाइसेस पोम्बे) के लिए प्राथमिक साहित्य में आज तक की गई संवाद का लगभग पूरा सेट सम्मिलित है।

थीम्ड क्यूरेशन प्रोजेक्ट्स

मानव (मानव) जीन, एंटीबॉडी, और रासायनिक पदार्थ परस्पर क्रियाओं वाले प्रकाशित वैज्ञानिक साहित्य के भारयुक्त आकार के कारण, बायोग्रिड ने उच्च प्रभाव वाले डेटा के प्रबंधनीय संग्रह में मानव संपर्क डेटा की अवधि के लिए लक्षित, परियोजना-आधारित दृष्टिकोण अपनाया है। ये थीम्ड क्यूरेशन प्रोजेक्ट क्रोमैटिन रीमॉडेलिंग, भोजी ,और यूबिकिटिन-प्रोटियासम सिस्टम या ग्लयोब्लास्टोमा , फैंकोनी एनीमिया और कोविड-19 सहित ब्याज की बीमारियों के साथ केंद्रीय जैविक प्रक्रियाओं का प्रतिनिधित्व करते हैं। As of 18 October 2020,[15]बायोग्रिड थीम्ड क्यूरेशन प्रोजेक्ट के प्रयासों के परिणामस्वरूप 37,000 से अधिक वैज्ञानिक लेखों से 2,361 प्रोटीनों को सम्मिलित करते हुए 424,631 इंटरैक्शन निकाले गए हैं।

जीनोम-वाइड सीआरआईएसपीआर स्क्रीन की अवधि

सीआरआईएसपीआर-आधारित जेनेटिक स्क्रीन अब कई प्रकाशनों में रिपोर्ट की गई हैं जो जीन फलन को सेल (जीव विज्ञान) व्यवहार्यता, रासायनिक और अजैविक तनाव और अन्य फेनोटाइप से जोड़ती हैं। सीआरआईएसपीआर स्क्रीन डेटा की पहुंच बढ़ाने और प्रोटीन के असाइनमेंट को सुविधाजनक बनाने के लिए, बायोग्रिड ने एम्बेडेड संसाधन विकसित किया है जिसे सीआरआईएसपीआर स्क्रीन (ओआरसीएस) का ओपन रिपॉजिटरी कहा जाता है।[7][15]Cas9 और अन्य न्यूक्लियस का उपयोग करके सीआरआईएसपीआर स्क्रीन डेटासेट के व्यापक संग्रह को मैन्युअल रूप से क्यूरेट करने और वितरित करने के लिए। As of 18 October 2020,[15]बायोग्रिड-ओआरसीएस में 1,042 से अधिक सीआरआईएसपीआर स्क्रीन सम्मिलित हैं, जो 114 प्रकाशनों से क्यूरेट किए गए हैं, जो 670 से अधिक अमर सेल लाइन और 17 फेनोटाइप्स में तीन प्रजातियों मानव (मानव), फल मक्खी (ड्रोसोफिला मेलानोगास्टर), और घर का चूहा (हाउस माउस) में 60,000 से अधिक अद्वितीय जीन का प्रतिनिधित्व करते हैं। .

समर्थित जीव

निम्नलिखित जीव वर्तमान में बायोग्रिड के अंदर समर्थित हैं, और प्रत्येक के पास नवीनतम आँकड़े के अनुसार क्यूरेटेड इंटरैक्शन डेटा उपलब्ध है।

बायोग्रिड के लिए फंडिंग

बायोग्रिड को राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान और कनाडा के स्वास्थ्य अनुसंधान संस्थान के अनुदान से वित्त पोषित किया जाता है

संदर्भ

  1. ↑ 1.0 1.1 1.2 Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M (Jan 2006). "BioGRID: A General Repository for Interaction Datasets". Nucleic Acids Research. 34 (90001): 535–539. doi:10.1093/nar/gkj109. PMC 1347471. PMID 16381927.
  2. ↑ 2.0 2.1 Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (Jan 2003). "The GRID: the General Repository for Interaction Datasets". Genome Biology. 4 (3): R23. doi:10.1186/gb-2003-4-3-r23. PMC 153463. PMID 12620108.
  3. ↑ Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Oughtred R, Boucher L, Heinicke S, Chen D, Stark C, Breitkreutz A, Kolas N, O'Donnell L, Reguly T, Nixon J, Ramage L, Winter A, Sellam A, Chang C, Hirschman J, Theesfeld C, Rust J, Livstone MS, Dolinski K, Tyers M (Jan 2015). "The BioGRID interaction database: 2015 update". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): 470–478. doi:10.1093/nar/gku1204. PMC 4383984. PMID 25428363.
  4. ↑ Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Heinicke S, Boucher L, Winter A, Stark C, Nixon J, Ramage L, Kolas N, O'Donnell L, Reguly T, Breitkreutz A, Sellam A, Chen D, Chang C, Rust JM, Livstone MS, Oughtred R, Dolinski K, Tyers M (Jan 2013). "The BioGRID interaction database: 2013 update". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): 816–823. doi:10.1093/nar/gks1158. PMC 3531226. PMID 23203989.
  5. ↑ Stark C, Breitkreutz BJ, Chatr-Aryamontri A, Boucher L, Oughtred R, Livstone MS, Nixon J, Van Auken K, Wang X, Shi X, Reguly T, Rust JM, Winter A, Dolinski K, Tyers M (Jan 2011). "The BioGRID Interaction Database: 2011 update". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): 698–704. doi:10.1093/nar/gkq1116. PMC 3013707. PMID 21071413.
  6. ↑ Breitkreutz BJ, Stark C, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Livstone M, Oughtred R, Lackner DH, Bähler J, Wood V, Dolinski K, Tyers M (Jan 2008). "The BioGRID Interaction Database: 2008 update". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): 637–640. doi:10.1093/nar/gkm1001. PMC 2238873. PMID 18000002.
  7. ↑ 7.0 7.1 Chatr-Aryamontri, Andrew; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Kolas, Nadine K.; O'Donnell, Lara; Oster, Sara; Theesfeld, Chandra; Sellam, Adnane; Stark, Chris (2017-01-04). "The BioGRID interaction database: 2017 update". Nucleic Acids Research. 45 (D1): D369–D379. doi:10.1093/nar/gkw1102. ISSN 1362-4962. PMC 5210573. PMID 27980099.
  8. ↑ Oughtred, Rose; Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Rust, Jennifer; Boucher, Lorrie; Chang, Christie; Kolas, Nadine; O'Donnell, Lara; Leung, Genie; McAdam, Rochelle; Zhang, Frederick (2019-08-01). "The BioGRID interaction database: 2019 update". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D529–D541. doi:10.1093/nar/gky1079. ISSN 1362-4962. PMC 6324058. PMID 30476227.
  9. ↑ 9.0 9.1 Stark C, Ting-Cheng Su, Breitkreutz A, Lourenco P, Dahabieh M, Breitkreutz BJ, Tyers M, Sadowski I (Jan 2010). "PhosphoGRID: a database of experimentally verified in vivo protein phosphorylation sites from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae". Database. 2010: bap026. doi:10.1093/database/bap026. PMC 2860897. PMID 20428315.
  10. ↑ 10.0 10.1 Sadowski I, Breitkreutz BJ, Stark C, Su TC, Dahabieh M, Raithatha S, Bernhard W, Oughtred R, Dolinski K, Barreto K, Tyers M (May 2013). "The PhosphoGRID Saccharomyces cerevisiae protein phosphorylation site database: version 2.0 update". Database. 2013: bat026. doi:10.1093/database/bat026. PMC 3653121. PMID 23674503.
  11. ↑ Winter AG, Wildenhain J, Tyers M (April 2011). "BioGRID REST Service, BiogridPlugin2 and BioGRID WebGraph: new tools for access to interaction data at BioGRID". Bioinformatics. 27 (7): 1043–1044. doi:10.1093/bioinformatics/btr062. PMC 3065694. PMID 21300700.
  12. ↑ Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (January 2003). "Osprey: a network visualization system". Genome Biology. 4 (3): R22. doi:10.1186/gb-2003-4-3-r22. PMC 153462. PMID 12620107.
  13. ↑ Reguly T, Breitkreutz A, Boucher L, Breitkreutz BJ, Hon GC, Myers CL, Parsons A, Friesen H, Oughtred R, Tong A, Stark C, Ho Y, Botstein D, Andrews B, Boone C, Troyanskya OG, Ideker T, Dolinski K, Batada NN, Tyers M (2006). "Comprehensive curation and analysis of global interaction networks in Saccharomyces cerevisiae". The Journal of Biological Chemistry. 5 (4): 11. doi:10.1186/jbiol36. PMC 1561585. PMID 16762047.
  14. ↑ Breitkreutz A, Choi H, Sharom JR, Boucher L, Neduva V, Larsen B, Lin ZY, Breitkreutz BJ, Stark C, Liu G, Ahn J, Dewar-Darch D, Reguly T, Tang X, Almeida R, Qin ZS, Pawson T, Gingras AC, Nesvizhskii AI, Tyers M (May 2010). "A global protein kinase and phosphatase interaction network in yeast". Science. 328 (5981): 1043–1046. Bibcode:2010Sci...328.1043B. doi:10.1126/science.1176495. PMC 3983991. PMID 20489023.
  15. ↑ 15.0 15.1 15.2 15.3 Oughtred, Rose; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Willems, Andrew; Boucher, Lorrie; Leung, Genie; Kolas, Nadine; Zhang, Frederick; Dolma, Sonam (2020-10-18). "The BioGRID database: A comprehensive biomedical resource of curated protein, genetic, and chemical interactions". Protein Science. 30 (1): 187–200. doi:10.1002/pro.3978. ISSN 1469-896X. PMC 7737760. PMID 33070389.
  16. ↑ "Build Statistics (4.2.193) - January 2021 | BioGRID". wiki.thebiogrid.org. Retrieved 2021-01-26.


बाहरी संबंध

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