बायोक्लिप्स
| Developer(s) | The Bioclipse Project |
|---|---|
| Initial release | 17 November 2005[1] |
| Type | Cheminformatics, bioinformatics |
| License | Eclipse Public License |
बायोक्लिप्स परियोजना जावा (प्रोग्रामिंग भाषा) आधारित, संवृत स्रोत सॉफ्टवेयर, रिच क्लाइंट प्लेटफ़ॉर्म (आरसीपी) पर आधारित कीमो- और जैव सूचना विज्ञान के लिए विज़ुअल प्लेटफ़ॉर्म है।[2] इसने 2009 में स्क्रिप्टिंग कार्यक्षमता प्राप्त की,[3] और 2021 में कमांड लाइन संस्करण प्राप्त किया।[4]
किसी भी आरसीपी एप्लिकेशन के जैसे, बायोक्लिप्स प्लगइन आर्किटेक्चर का उपयोग करता है जो एक्लिप्स से मूलभूत कार्यक्षमता और विज़ुअल इंटरफेस प्राप्त करता है, जैसे सहायता प्रणाली, सॉफ्टवेयर अपडेट, प्राथमिकताएं, क्रॉस-प्लेटफॉर्म परिनियोजन इत्यादि। अपने प्लगइन्स के माध्यम से, बायोक्लिप्स कीमो और जैव सूचना विज्ञान के लिए कार्यक्षमता प्रदान करता है, और विस्तार बिंदु जिन्हें अतिरिक्त कार्यक्षमता प्रदान करने के लिए अन्य, संभवतः स्वामित्व वाले, प्लग-इन (कंप्यूटिंग) द्वारा सरल से बढ़ाया जा सकता है।
बायोक्लिप्स की सर्वप्रथम स्थिर प्रस्तावित में कीमोइन्फॉर्मेटिक बैकएंड प्रदान करने के लिए रसायन विज्ञान विकास किट (सीडीके) प्लगइन, अणुओं के 3डी-विज़ुअलाइज़ेशन के लिए जेएमओएल प्लगइन और अनुक्रम विश्लेषण के लिए बायोजावा प्लगइन सम्मिलित है। वर्तमान में, और ओपनटॉक्स का उपयोग करते हुए R (प्रोग्रामिंग भाषा) प्लेटफॉर्म को जोड़ा गया।[5] और ओपनटॉक्स को जोड़ा गया।[6]
बायोक्लिप्स को प्रोटीओकेमोमेट्रिक समूह, फार्मास्युटिकल बायोसाइंसेज विभाग, उप्साला विश्वविद्यालय, स्वीडन, यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संस्थान में क्रिस्टोफ़ स्टीनबेक समूह और लीडेन विश्वविद्यालय में विश्लेषणात्मक रसायन विज्ञान विभाग के मध्य सहयोग के रूप में विकसित किया गया है, किंतु इसमें अन्य शैक्षणिक संस्थानों में विकसित एक्सटेंशन भी सम्मिलित हैं। जिसमें करोलिंस्का इंस्टिट्यूट और मास्ट्रिच विश्वविद्यालय सम्मिलित हैं।[7] इस विकास को अंतर्राष्ट्रीय बायोक्लिप्स एसोसिएशन द्वारा समर्थित किया गया है।[8]
बायोक्लिप्स स्क्रिप्टिंग भाषा
बायोक्लिप्स स्क्रिप्टिंग भाषा (बीएसएल) स्क्रिप्टिंग वातावरण है, जो वर्तमान में जावास्क्रिप्ट और ग्रूवी (प्रोग्रामिंग भाषा) पर आधारित है। यह स्क्रिप्टिंग भाषा को उन प्रबंधकों के साथ जो तीसरे पक्ष के पुस्तकालयों की कार्यक्षमता को कवर करती है, जैसा कि ऊपर बताया गया है। इस प्रकार ये स्क्रिप्ट बायोक्लिप्स में विश्लेषणों को साझा करने योग्य बनाने का साधन प्रदान करती हैं, उदाहरण के लिए, MyExperiment.org पर बायोक्लिप्स कई मुख्य डेटा प्रकारों को परिभाषित करता है जिनका प्रबंधक समर्थन करते हैं, जिससे इन प्रबंधकों के मध्य जानकारी का उपयोग किया जा सकता है।
संदर्भ
- ↑ "Bioclipse - Browse /Bioclipse at SourceForge.net".
- ↑ Ola Spjuth, Tobias Helmus, Egon L Willighagen, Stefan Kuhn, Martin Eklund, Johannes Wagener, P. Murray-Rust, Christoph Steinbeck, Jarl E.S. Wikberg, Bioclipse: An open source workbench for chemo- and bioinformatics, BMC Bioinformatics, 2007, 8. doi:10.1186/1471-2105-8-59
- ↑ Ola Spjuth, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Martin Eklund, Stefan Kuhn, Carl Mäsak, Gilleain Torrance, Johannes Wagener, Egon L Willighagen, Christoph Steinbeck, and Jarl ES Wikberg, Bioclipse 2: A scriptable integration platform for the life sciences, BMC Bioinformatics, 2009, 10, doi:10.1186/1471-2105-10-397
- ↑ Willighagen, Egon (23 June 2021). "Bacting: a next generation, command line version of Bioclipse". Journal of Open Source Software. 6 (62): 2558. Bibcode:2021JOSS....6.2558W. doi:10.21105/joss.02558.
- ↑ Spjuth, O.; Georgiev, V.; Carlsson, L.; Alvarsson, J.; Berg, A.; Willighagen, E.; Wikberg, J. E. S.; Eklund, M. (2012). "Bioclipse-R: Integrating management and visualization of life science data with statistical analysis". Bioinformatics. 29 (2): 286–289. doi:10.1093/bioinformatics/bts681. PMC 3546796. PMID 23178637.
- ↑ Willighagen, E. L.; Jeliazkova, N.; Hardy, B.; Grafström, R. C.; Spjuth, O. (2011). "ओपनटॉक्स एप्लिकेशन प्रोग्रामिंग इंटरफ़ेस और बायोक्लिप्स का उपयोग करके कम्प्यूटेशनल टॉक्सिकोलॉजी". BMC Research Notes. 4: 487. doi:10.1186/1756-0500-4-487. PMC 3264531. PMID 22075173.
- ↑ "बायोक्लिप्स लैब्स". Archived from the original on 2011-07-20. Retrieved 2010-02-02.
- ↑ Uppsala University Pressmedelanden: Dubbla utmärkelser för IT/bioteknik-system Archived August 8, 2007, at the Wayback Machine
बाहरी संबंध
