सिनर्जिस्टोटा

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सिनर्जिस्टोटा अवायवीय जीव बैक्टीरिया का एक समूह है जो ग्राम-नकारात्मक अभिरंजना प्रदर्शित करता हैं और इसमें रॉड / वाइब्रियोइड कोशिका का आकार होता है।[1][2] यद्यपि की सिनर्जिस्टोटा में डाइडर्म कोशिका आवरण होता है,[3][4] लिपोपॉलेसेकेराइड जैवसंश्लेषण में सम्मलित विभिन्न प्रोटीनों के जीन अभी तक सिनर्जिस्टोटा में नहीं पाए गए हैं, यह दर्शाता है कि उनके पास एटिपिकल बाहरी कोशिका आवरण हो सकता है।[3][4]सिनर्जिस्टोटा जानवरों के गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल ट्रैक्ट्स, मिट्टी, तेल कुओं और अपशिष्ट जल उपचार संयंत्रों के साथ ही अधिकांश अवायवीय वातावरण में निवास करते हैं और वे मानव रोगों जैसे अल्सर, फोड़े और पेरियोडोंटल रोग के क्षेत्रों में भी उपस्थित होते हैं।[5][6] बीमारी से संबंधित स्थलों पर उनकी उपस्थिति के कारण, सिनर्जिस्टोटा को अवसरवादी रोगजनक होने का सुझाव दिया जाता है, लेकिन वे नाभि के माइक्रोबायोम और साधारणतया योनि वनस्पतियों में भी पाए जा सकते हैं।[6][7] इस समुदाय के अंतर्गत की प्रजातियों को पेरियोडोंटल बीमारी,[8] जठरांत्र संबंधी संक्रमण और कोमल ऊतक संक्रमण के रूप में भी जाना जाता हैं।[6] इस समुदाय की अन्य प्रजातियों को अवायवीय पाचको में बायोगैस के उत्पादन के लिए कीचड़ के क्षरण में महत्वपूर्ण योगदानकर्ता के रूप में पहचाना गया है और हाइड्रोजन गैस के उत्पादन के माध्यम से नवीकरणीय ऊर्जा उत्पादन में उपयोग के लिए संभावित पदान्वेषी हैं।[9] सभी ज्ञात सिनर्जिस्टोटा प्रजातियाँ और जेनेरा वर्तमान में एकल वर्ग (सिनर्जिस्टिया), क्रम (सिनर्जिस्टियालेस) और समूह (सिनर्जिस्टेसिया) का हिस्सा हैं।[2]


तुलनात्मक संजिनी और आणविक संकेत

अनुक्रमित सिनर्जिस्टोटा जीनोम के वर्त्तमान के ही तुलनात्मक विश्लेषणों ने प्रोटीन अनुक्रमों में बड़ी संख्या में संरक्षित संकेत अलोप्य(सीएसआई) की पहचान की है जो की सभी अनुक्रमित सिनर्जिस्टोटा प्रजातियों या उनके कुछ उप-वर्गों के लिए विशिष्ट हैं जो कि जातिवृतिय पेड़ों में देखे गए हैं।[10] जिन सीएसआई की पहचान की गई, उनमें से 32 व्यापक रूप से वितरित प्रोटीन जैसे आरपिओबी, आरपिओसी, युवीआरडी, जीवाईआरए, पिओएलए, पिओएलसी, एम्आरएडब्लू, एनएडीडी, पिवाईआरइ, आरपिएसए, आरपिएसएच, ऍफ़टीएसए, आरएडीए, आदि में बड़े >300 aa अन्तर्निहित के साथ ही आरपिओसी प्रोटीन में, विभिन्न सिनर्जिस्टोटा प्रजातियों में उपस्थित हैं, लेकिन पृथक जीवाणुओं को छोड़कर, ये सीएसआई अन्य सभी जीवों के प्रोटीन समरूपों में नहीं पाए जाते हैं। ये सीएसआई अन्य सभी जीवाणुओं से सिनर्जिस्टोटा प्रजातियों को अलग करने के लिए नविन आणविक चिन्ह प्रदान करते हैं।[10]आरपिओबी में 13 aa के साथ ही महत्वपूर्ण प्रोटीनों में सात अन्य सीएसआई, जोन्क्वेटेला, पिरामिडोबैक्टर और डेथियोसल्फ़ोविब्रियो प्रजातियों में विशिष्ट रूप से उपस्थित पाए गए, जो इन जीवाणुओं के बीच घनिष्ठ और विशिष्ट संबंध का संकेत देते हैं, जो कि जातिवृतिय पेड़ों द्वारा भी दृढ़ता से प्रमाणित है। पंद्रह अतिरिक्त सीएसआई जो केवल जोंकेटेला और पिरामिडोबैक्टर में उपस्थित थे, इन दो प्रजातियों के बीच घनिष्ठ संबंध का संकेत देते हैं।[10]अंत में, अमीनोमोनस और थर्मोनाएरोविब्रियो प्रजातियों के बीच घनिष्ठ संबंध को भी 9 चिन्हित सीएसआई द्वारा प्रमाणित किया गया है। पहचान किए गए आणविक चिन्ह, जातिवृत सिनर्जिस्टोटा से प्रजातियों के विभाजन के लिए विश्वसनीय साधन जैसे समूहों और क्रमो जैसे मध्यवर्ती वर्गीकरणात्मक श्रेणी प्रदान करते हैं।[10]


जातिवृत

See also: जीवाण्विक वर्गिकी
16S rRNA based LTP_12_2021[11][12][13] GTDB 07-RS207 by Genome Taxonomy Database[14][15][16]
Synergistota
 
 

Thermosynergistes pyruvativorans

 
Acetomicrobium
 
 

A. flavidum

 
 

A. mobile

 
 
 
 

A. hydrogeniformans

 
 

A. thermoterrenum

 
 
 
 
 
 
 

Thermovirga lienii

 
 
 

Aminiphilus circumscriptus

 
 
 
 

Aminomonas paucivorans

 
Thermanaerovibrio
 

T. acidaminovorans

 
 

T. velox

 
 
 
 
 

Synergistes jonesii

 
Cloacibacillus
 

C. evryensis

 
 

C. porcorum

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Lactivibrio alcoholicus

 
 
 

Aminivibrio pyruvatiphilus

 
 

Fretibacterium fastidiosum

 
 
 
Aminobacterium
 

A. thunnarium

 
 
 

A. colombiense

 
 

A. mobile

 
 
 
 
 
 
 

Jonquetella anthropi

 
 
 

Rarimicrobium hominis

 
Pyramidobacter
 

P. piscolens

 
 

P. porci

 
 
 
 
Dethiosulfovibrio
 

D. salsuginis

 
 
 

D. peptidovorans

 
 
 

D. marinus

 
 
 

D. acidaminovorans

 
 

D. russensis

 
 
 
 
 
 
 
 
 
Synergistota
"Acetomicrobiaceae"
Acetomicrobium
 

A. flavidum

 
 
 

A. hydrogeniformans

 
 

A. thermoterrenum

 
 
 
 
 
Thermosynergistaceae

Thermosynergistes pyruvativorans

 
 
 
"Aminiphilaceae"

Aminiphilus circumscriptus

 
Synergistaceae
 
 

Aminomonas paucivorans

 
Thermanaerovibrio
 

T. acidaminovorans

 
 

T. velox

 
 
 
 
"Ca. Caccocola"
 

"Ca. C. faecigallinarum"

 
 

"Ca. C. faecipullorum"

 
 
 
 

Synergistes jonesii

 
Cloacibacillus
 

C. evryensis

 
 

C. porcorum

 
 
 
 
 
 
 
"Thermovirgaceae"

Thermovirga lienii

 
 
"Aminobacteriaceae"
 
 

Aminivibrio pyruvatiphilus

 
 

Fretibacterium fastidiosum

 
 
Aminobacterium
 

A. colombiense

 
 

A. mobile

 
 
 
"Dethiosulfovibrionaceae"
Dethiosulfovibrio
 

D. salsuginis

 
 

D. peptidovorans

 
 
 
 

Jonquetella anthropi

 
Pyramidobacter
 

P. piscolens

 
 

P. porci

 
 
 
 
 
 
 
 
 


वर्गिकी

वर्तमान में स्वीकृत वर्गिकी, नाम पद्धति में उपस्थिति (एलएसपीएन) के साथ प्रोकैरियोटिक नामों की सूची[17] और जैव प्रौद्योगिकी सूचना के लिए राष्ट्रीय केंद्र (एनसीबीआई) पर आधारित है।[18]

  • संघ सिनर्जिस्टोटा Jumas-Bilak et al. 2021
    • वर्ग सिनर्जिस्टोटा Jumas-Bilak et al. 2009
      • ऑर्डर सिनर्जिस्टेल्स Jumas-Bilak et al. 2009
        • समूह सिनर्जिस्टेसी Jumas-Bilak et al. 2009 [क्लोस्ट्रीडियल्स समूह एक्स वी; थर्मोसिनर्जिस्टेसी Yang et al. 2021]
          • जीन्स एसिटोमाइक्रोबियम Soutschek et al. 1985 [[[अवायवीय]] Rees et al. 1997]
            • प्रजाति एसिटोमाइक्रोबियम ए. फ्लेविडम Soutschek et al. 1985
            • प्रजातियां एनारोबेकुलम ए. हाइड्रोजनीफॉर्मन्स (Maune & Tanner 2012) Ben Hania et al. 2016
            • प्रजाति एसीटोमाइक्रोबियम ए. अस्थिर (Menes & Muxi 2002) Ben Hania et al. 2016
            • प्रजाति एसिटोमाइक्रोबियम ए. थर्मोटेरेनम (Rees et al. 1997) Ben Hania et al. 2016
          • जीन्स एमिनिफिलस Díaz et al. 2007
            • प्रजाति एमिनिफिलस ए. सर्कमस्क्रिप्टस| Díaz et al. 2007
          • जीन्स अमिनिविब्रियो Honda et al. 2013
            • प्रजाति अमिनिवब्रियो ए. पाइरुवाइटिफिलस Honda et al. 2013
          • जीन्स अमीनोबैक्टीरियम Baena et al. 1999
            • प्रजाति अमीनोबैक्टीरियम ए. कोलोम्बेयेन्स Baena et al. 1999 (टाइप एसपी।)
            • प्रजाति अमीनोबैक्टीरियम ए. अस्थिर Baena et al. 2000
            • प्रजातियां अमीनोबैक्टीरियम ए. टनारियम Hamdi et al. 2015
          • जीन्स अमिनोमोनस Baena et al. 1999
            • प्रजाति अमीनोमोनस ए. पॉसीवोरेंस|ए. Baena et al. 1999
          • जीन्स कैंडिडेटस कैकोकोला Gilroy et al. 2021
            • प्रजाति "सीए कैकोकोला सी. फेसिगैलिनेरम| Gilroy et al. 2021
            • प्रजाति "सीए कैकोकोला सी. फ़ेसिपुलोरम | Gilroy et al. 2021
          • जीन्स क्लोएसिबैसिलस Ganesan et al. 2008 emend. Looft et al. 2013
            • प्रजाति क्लोएसिबैसिलस सी. इव्रेन्सिस| Ganesan et al. 2008
            • प्रजाति क्लोएसिबैसिलस सी. पोरकोरम| Looft et al. 2013
          • जीन्स डेथिओसुल्फोविब्रिओ Magot et al. 1997
            • प्रजातियां डेथियोसल्फोविब्रियो डी.सालसुगिनिस| Díaz-Cárdenas et al. 2010
            • प्रजातियां डेथियोसल्फोविब्रियो डी. पेप्टिडोवोरांस| Magot et al. 1997 (टाइप एसपी।)
            • प्रजातियां डेथियोसल्फोविब्रियो डी. एसिडएमिनोवोरांस| Surkov et al. 2001
            • प्रजातियां डेथियोसल्फोविब्रियो डी. मारीनस Surkov et al. 2001
            • प्रजातियां डेथियोसल्फोविब्रियो डी. रसेंसिस| Surkov et al. 2001
          • जीन्स फ्रेटीबैक्टीरियम Vartoukian et al. 2013
            • प्रजातियां फ्रेटिबैक्टीरियम एफ. फास्टिडिओसम | Vartoukian et al. 2013
          • जीन्स जोंक्यूटेला Jumas-Bilak et al. 2007
            • प्रजाति जे. एन्थ्रोपि। Jumas-Bilak et al. 2007
          • जीन्स लैक्टिविब्रियो Qiu et al. 2014
            • प्रजाति लैक्टिविब्रियो एल. एल्कोहलिकस| Qiu et al. 2014
          • जीन्स पकाएला Ndongo et al. 2017
            • प्रजाति पकाएला पी. मसिलिएन्सिस| Ndongo et al. 2017
          • जीन्स पाईरामिडोबैक्टर Downes et al. 2009
            • प्रजाति पाईरामिडोबैक्टर पी. पिस्कोलेंस| Downes et al. 2009
            • प्रजाति पाईरामिडोबैक्टर पी. पोर्सी| Wylensek et al. 2021
          • जीन्स रारिमाइक्रोबियम Jumas-Bilak et al. 2015
            • प्रजाति रारिमाइक्रोबियम आर. होमिनिस|Jumas-Bilak et al. 2015
          • जीन्स सिनर्जिस्ट्स Allison et al. 1993
            • प्रजाति सिनर्जिस्ट्स एस. जोन्सी| Allison et al. 1993
          • जीन्स "कैंडिडेटस टैमेला Hongoh et al. 2007
            • प्रजाति "सीए टी. कैड्यूसियस| Hongoh et al. 2007
          • जीन्स थर्मोनेरोविब्रियो Baena et al. 1999 emend. Palaniappan et al. 2013
            • प्रजातियां टी. एसिडएमिनोवोरांस| (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999 [सेलेनोमोनास एसिडमिनोवोरेंस Guangsheng et al. 1997] (टाइप एसपी।)
            • प्रजाति टी. वेलॉक्स| Zavarzina et al. 2000
          • जीन्स थर्मोसिनर्जिस्ट्स Yang et al. 2021
            • प्रजाति टी. पाइरूवेटिवोरंस| Yang et al. 2021
          • जीन्स थर्मोविर्गा Dahle and Birkeland 2006
            • प्रजाति टी. लैनी| Dahle and Birkeland 2006


संदर्भ

  1. ↑ Hugenholtz, P., Hooper, S.D., and Kyrpides, N.C. (2009). Focus: Synergistetes. Environ. Microbiol. 11, 1327–1329.
  2. ↑ 2.0 2.1 Jumas-Bilak, E.; Roudiere, L.; Marchandin, H. (2009). "'सिनर्जिस्टेट' फाइल का विवरण। नवम्बर और फ़ाइलम 'डिफ़रीबैक्टीरेस' और सिंट्रोफ़ोमोनाडेसी परिवार, फ़ाइलम 'फ़र्मिक्यूट्स' का संशोधित विवरण". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59: 1028–1035. doi:10.1099/ijs.0.006718-0.
  3. ↑ 3.0 3.1 Gupta, R. S. (2011) Origin of Diderm (Gram-negative) Bacteria: Antibiotic Selection Pressure Rather than Endosymbiosis Likely led to the Evolution of Bacterial Cells with Two Membranes. Antonie van Leeuwenhoek. 100: 171–182
  4. ↑ 4.0 4.1 Sutcliffe, I.C. (2010). "बैक्टीरियल सेल एनवेलप आर्किटेक्चर पर एक फाइलम स्तर का परिप्रेक्ष्य". Trends Microbiol. 18: 464–470. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID 20637628.
  5. ↑ Jumas-Bilak, E.; Carlier, J.P.; Jean-Pierre, H.; Citron, D.; Bernard, K.; Damay, A.; Gay, B.; Teyssier, C.; Campos, J.; Marchandin, H. (2007). " जोंक्वेटेला एंथ्रोपी जीन। नव., सपा. नव., उम्मीदवार संघ 'सिनर्जिस्टेटेस' का पहला सदस्य जो मनुष्य से पृथक है". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 57: 2743–2748. doi:10.1099/ijs.0.65213-0. PMID 18048718.
  6. ↑ 6.0 6.1 6.2 Vartoukian, S.R., Palmer, R.M., and Wade, W.G. (2007). The division "Synergistes". Anaerobe. 13, 99–106.
  7. ↑ Marchandin, H., Damay, A., Roudiere, L., Teyssier, C., Zorgniotti, I., Dechaud, H., Jean-Pierre, H., and Jumas-Bilak, E. (2010). Phylogeny, diversity and host specialization in the phylum Synergistetes with emphasis on strains and clones of human origin. Res. Microbiol. 161, 91–100.
  8. ↑ Horz, H.P.; D.M. Citron; Y.A. Warren; E.J. Goldstein; G. Conrads (August 2006). "मानव मूल के सिनर्जिस्ट समूह जीव". Journal of Clinical Microbiology. 44 (8): 2914–2920. doi:10.1128/JCM.00568-06. PMC 1594628. PMID 16891512.
  9. ↑ Riviere, D., Desvignes, V., Pelletier, E., Chaussonnerie, S., Guermazi, S., Weissenbach, J., Li, T., Camacho, P., and Sghir, A. (2009). Towards the definition of a core of microorganisms involved in anaerobic digestion of sludge. ISME. J. 3, 700–714.
  10. ↑ 10.0 10.1 10.2 10.3 Bhandari, V.; Gupta, R. S. (2012). "फाइलम सिनर्जिस्टेट्स और इसके कुछ उपवर्गों के लिए आणविक हस्ताक्षर". Antonie van Leeuwenhoek. 102: 517–40. doi:10.1007/s10482-012-9759-2. PMID 22711299.
  11. ↑ "The LTP". Retrieved 23 February 2021.
  12. ↑ "LTP_all tree in newick format". Retrieved 23 February 2021.
  13. ↑ "LTP_12_2021 Release Notes" (PDF). Retrieved 23 February 2021.
  14. ↑ "GTDB release 07-RS207". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  15. ↑ "ar53_r207.sp_label". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  16. ↑ "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  17. ↑ J.P. Euzéby. "सहयोग". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2016-03-20.
  18. ↑ Sayers; et al. "सहयोग". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2016-03-20.

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