साइटोस्केप

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Original author(s)	Institute for Systems Biology
Developer(s)	Cytoscape Team
Initial release	July 2002
Stable release	3.8.2 / 29 October 2020 (2020-10-29)
Written in	Java
Operating system	Any (Java-based)
Type	Image processing
License	LGPL
Website	www.cytoscape.org

साइटोस्केप विज़ुअलाइज़ेशन (ग्राफ़िक) मेटाबोलिक नेटवर्क मॉडलिंग और जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल और अन्य राज्य डेटा के साथ एकीकरण के लिए एक खुला स्रोत सॉफ्टवेयर जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर प्लेटफार्म है। अतिरिक्त सुविधाएं प्लग-इन (कंप्यूटिंग) के रूप में उपलब्ध हैं। प्लगइन्स नेटवर्क और आणविक प्रोफाइलिंग विश्लेषण, नए लेआउट, अतिरिक्त फ़ाइल प्रारूप समर्थन और डेटाबेस के साथ कनेक्शन और बड़े नेटवर्क में खोज के लिए उपलब्ध हैं। प्लगइन्स को किसी के द्वारा साइटोस्केप ओपन जावा (प्रोग्रामिंग भाषा) सॉफ्टवेयर आर्किटेक्चर का उपयोग करके विकसित किया जा सकता है और प्लगइन सामुदायिक विकास को प्रोत्साहित किया जाता है। साइटोस्केप में एक जावास्क्रिप्ट-केंद्रित सहयोगी परियोजना भी है जिसका नाम Cytoscape.js है जिसका उपयोग ब्राउज़र की तरह जावास्क्रिप्ट वातावरण में ग्राफ़ का विश्लेषण और कल्पना करने के लिए किया जा सकता है।

इतिहास

साइटोस्केप मूल रूप से 2002 में सिएटल में इंस्टीट्यूट ऑफ सिस्टम्स बायोलॉजी में बनाया गया था। अब, इसे ओपन सोर्स डेवलपर्स के एक अंतरराष्ट्रीय संघ द्वारा विकसित किया गया है। साइटोस्केप को शुरू में जुलाई, 2002 में सार्वजनिक किया गया था (v0.8); दूसरी रिलीज़ (v0.9) नवंबर 2002 में हुई थी, और v1.0 मार्च 2003 में रिलीज़ हुई थी। संस्करण 1.1.1, 1.0 श्रृंखला के लिए अंतिम स्थिर रिलीज़ है। संस्करण 2.0 प्रारंभ में 2004 में जारी किया गया था; साइटोस्केप 2.83, अंतिम 2.xx संस्करण, मई 2012 में जारी किया गया था। संस्करण 3.0 1 फरवरी 2013 को जारी किया गया था, और नवीनतम संस्करण, 3.4.0, मई 2016 में जारी किया गया था।

विकास

साइटोस्केप कोर डेवलपर टीम इस प्रोजेक्ट पर काम करना जारी रखती है और 2013 में साइटोस्केप 3.0 जारी किया। यह साइटोस्केप आर्किटेक्चर में एक बड़े बदलाव का प्रतिनिधित्व करता है; यह सॉफ़्टवेयर का अधिक मॉड्यूलरीकृत, विस्तार योग्य और रखरखाव योग्य संस्करण है।

उपयोग

साइटोस्केप द्वारा देखे गए यीस्ट प्रोटीन-प्रोटीन/प्रोटीन-डीएनए इंटरेक्शन नेटवर्क। नोड डिग्री को नोड आकार में मैप किया जाता है

जबकि साइटोस्केप का उपयोग आमतौर पर जैविक अनुसंधान अनुप्रयोगों के लिए किया जाता है, यह उपयोग के संदर्भ में अज्ञेयवादी है। साइटोस्केप नोड्स और किनारों (उदाहरण के लिए, सामाजिक नेटवर्क) से जुड़े किसी भी प्रकार के नेटवर्क ग्राफ़ की कल्पना और विश्लेषण कर सकता है। साइटोस्केप के सॉफ़्टवेयर आर्किटेक्चर का एक महत्वपूर्ण पहलू विशेष सुविधाओं के लिए प्लगइन्स का उपयोग है। प्लगइन्स कोर डेवलपर्स और बड़े उपयोगकर्ता समुदाय द्वारा विकसित किए जाते हैं।

यह भी देखें

• कम्प्यूटेशनल जीनोमिक्स
• ग्राफ़ आरेखण
• जावास्क्रिप्ट ढांचा
• जावास्क्रिप्ट ढाँचा
• मेटाबोलिक नेटवर्क मॉडलिंग
• प्रोटीन-प्रोटीन अंतःक्रिया भविष्यवाणी

बाहरी संबंध

• Official website
  • https://cytoscape.org/screenshots.html
• Cytoscape wiki
• Cytoscape omictools webpage