डेंड्रोग्राम

Not to be confused with Dendrogramma.

नोड्स की ऊंचाई के साथ एक पदानुक्रमित क्लस्टरिंग (UPGMA) का डेंड्रोग्राम (बैक्टीरियल 5S rRNA अनुक्रम डेटा से अनुकूलित)).

जीवन के वृक्ष का एक डेंड्रोग्राम। यह फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ वोइस एट अल से अनुकूलित है। आरआरएनए विश्लेषण। नीचे की ऊर्ध्वाधर रेखा अंतिम सार्वभौमिक सामान्य पूर्वज (LUCA) का प्रतिनिधित्व करती है।

डेंड्रोग्राम एक वृक्ष का निरूपण करने वाला एक आरेख है। यह आरेखीय निरूपण अधिकतर विभिन्न संदर्भों में उपयोग किया जाता है:

• पदानुक्रमित गुच्छन में, यह संगत विश्लेषणों द्वारा निर्मित गुच्छों की व्यवस्था को दर्शाता है।
• अभिकलनात्मक जीव विज्ञान में, यह कभी-कभी हीटमैप्स के हाशिये पर जीन या नमूनों की क्लस्टरिंग दिखाता है।
• फाइलोजेनेटिक्स में, यह विभिन्न जैविक टैक्सा के बीच विकासवादी संबंधों को प्रदर्शित करता है। इस मामले में, डेंड्रोग्राम को फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष भी कहा जाता है।

डेंड्रोग्राम नाम दो प्राचीन ग्रीक शब्दों से लिया गया है δένδρον (déndron), जिसका अर्थ है पेड़, और γράμμα (grámma), जिसका अर्थ है रेखांकन, गणितीय आकृति।

क्लस्टरिंग उदाहरण

क्लस्टरिंग उदाहरण के लिए, मान लीजिए कि पाँच टैक्सा ($a$ को $e$) को आनुवंशिक दूरियों के मैट्रिक्स के आधार पर यूपीजीएमए द्वारा क्लस्टर किया गया है। पदानुक्रमित क्लस्टरिंग डेंड्रोग्राम प्रारंभिक डेटा (यहां व्यक्तिगत टैक्सा) का प्रतिनिधित्व करने वाले पांच नोड्स का एक कॉलम दिखाएगा, और शेष नोड्स उन समूहों का प्रतिनिधित्व करते हैं जिनसे डेटा संबंधित है, तीर दूरी (असमानता) का प्रतिनिधित्व करते हैं। मर्ज किए गए समूहों के बीच की दूरी एक समान है, जो विलय के स्तर के साथ बढ़ती है: प्लॉट में प्रत्येक नोड की ऊंचाई उसकी दो बेटियों के बीच अंतरसमूह असमानता के मूल्य के समानुपाती होती है (दाईं ओर के नोड्स व्यक्तिगत टिप्पणियों का प्रतिनिधित्व करते हैं, सभी शून्य पर प्लॉट किए गए हैं) ऊंचाई)।

यह भी देखें

• शाखाचित्र
• फिलोजेनी में दूरी मैट्रिक्स
• पदानुक्रमित गुच्छन
• MEGA, डेंड्रोग्राम बनाने के लिए एक फ्रीवेयर
• yEd, आरेखण और स्वचालित रूप से व्यवस्थित करने के लिए एक फ्रीवेयर
• वर्गीकरण

संदर्भ

स्रोत

• Galili, T. (2015). "dendextend: पदानुक्रमित क्लस्टरिंग के पेड़ों को देखने, समायोजित करने और तुलना करने के लिए एक आर पैकेज". Bioinformatics. 31 (22): 3718–3720. doi:10.1093/bioinformatics/btv428. PMC 4817050. PMID 26209431.

बाहरी संबंध

• Iris dendrogram - Example of using a dendrogram to visualize the 3 clusters from hierarchical clustering using the "complete" method vs the real species category (using R).