रिएक्टोम: Difference between revisions
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रिएक्टोम में दर्शाए गए मार्ग प्रजाति-विशिष्ट होते हैं, प्रत्येक मार्ग चरण साहित्य उद्धरणों द्वारा समर्थित होता है जिसमें प्रतिनिधित्व प्रक्रिया का प्रायोगिक सत्यापन होता है। यदि मानव अभिकर्मकों का उपयोग करने वाला कोई प्रायोगिक सत्यापन मौजूद नहीं है, तो पाथवे में गैर-मानव प्रायोगिक विवरणों से मैन्युअल रूप से अनुमानित चरण शामिल हो सकते हैं, लेकिन केवल तभी जब एक विशेषज्ञ जीवविज्ञानी, जिसे पाथवे के लेखक के रूप में नामित किया गया है, और एक दूसरे जीवविज्ञानी, समीक्षक के रूप में नामित, सहमत हैं कि यह एक है बनाने के लिए वैध अनुमान। मानव मार्गों का उपयोग अन्य जीवों में ऑर्थोलॉजी-आधारित प्रक्रिया व्युत्पन्न मार्गों द्वारा कम्प्यूटेशनल रूप से उत्पन्न करने के लिए किया जाता है। | रिएक्टोम में दर्शाए गए मार्ग प्रजाति-विशिष्ट होते हैं, प्रत्येक मार्ग चरण साहित्य उद्धरणों द्वारा समर्थित होता है जिसमें प्रतिनिधित्व प्रक्रिया का प्रायोगिक सत्यापन होता है। यदि मानव अभिकर्मकों का उपयोग करने वाला कोई प्रायोगिक सत्यापन मौजूद नहीं है, तो पाथवे में गैर-मानव प्रायोगिक विवरणों से मैन्युअल रूप से अनुमानित चरण शामिल हो सकते हैं, लेकिन केवल तभी जब एक विशेषज्ञ जीवविज्ञानी, जिसे पाथवे के लेखक के रूप में नामित किया गया है, और एक दूसरे जीवविज्ञानी, समीक्षक के रूप में नामित, सहमत हैं कि यह एक है बनाने के लिए वैध अनुमान। मानव मार्गों का उपयोग अन्य जीवों में ऑर्थोलॉजी-आधारित प्रक्रिया व्युत्पन्न मार्गों द्वारा कम्प्यूटेशनल रूप से उत्पन्न करने के लिए किया जाता है। | ||
Revision as of 13:49, 10 June 2023
| The Reactome logo | |
| Content | |
|---|---|
| Description | Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes. |
| Contact | |
| Primary citation | PMID 29145629 |
| Access | |
| Data format | BioPAX SBML |
| Website | https://reactome.org |
| Download URL | https://reactome.org/download-data |
| Web service URL | https://reactome.org/ContentService/ |
रिएक्टोम जैविक मार्गों का मुफ़्त ऑनलाइन डेटाबेस है।[1][2][3] ऐसे कई रिएक्टोम हैं जो विशिष्ट जीवों पर ध्यान केंद्रित करते हैं, इनमें से सबसे बड़ा मानव जीव विज्ञान पर केंद्रित है, और निम्नलिखित विवरण मानव रिएक्टोम पर केंद्रित है। यह जीवविज्ञानी द्वारा रिएक्टोम संपादकीय कर्मचारियों के सहयोग से लिखा गया है। सामग्री को कई जैव सूचना विज्ञान डेटाबेसों के लिए क्रॉस-रेफ़र किया गया है। रिएक्टोम के पीछे तर्क यह है कि स्रोत डेटा को कम्प्यूटेशनल रूप से सरल प्रारूप में उपलब्ध कराते हुए, जैविक मार्गों को पूर्ण यंत्रवत विस्तार से प्रदर्शित किया जाए।
वेबसाइट का उपयोग मार्ग ब्राउज़ करने और डेटा विश्लेषण टूल के सूट में डेटा सबमिट करने के लिए किया जा सकता है। अंतर्निहित डेटा पीडीएफ, एसबीएमएल और बायोपैक्स सहित कई मानक प्रारूपों में पूर्ण रूप से डाउनलोड करने योग्य है। पाथवे डायग्राम सिस्टम बायोलॉजी ग्राफिकल नोटेशन (एसबीजीएन)-आधारित शैली का उपयोग करते हैं।
रिएक्टोम डेटा मॉडल की मुख्य इकाई प्रतिक्रिया है। अभिक्रियाओं में भाग लेने वाली संस्थाएं (न्यूक्लिक एसिड, प्रोटीन, कॉम्प्लेक्स और छोटे अणु) जैविक अंतःक्रियाओं का नेटवर्क बनाती हैं और उन्हें पाथवे में समूहीकृत किया जाता है। रिएक्टोम में जैविक मार्गों के उदाहरणों में सिग्नलिंग, सहज और अधिग्रहित प्रतिरक्षा कार्य, ट्रांसक्रिप्शनल रेगुलेशन, ट्रांसलेशन, एपोप्टोसिस और क्लासिकल इंटरमीडियरी मेटाबॉलिज्म सम्मिलित हैं।
रिएक्टोम में दर्शाए गए मार्ग प्रजाति-विशिष्ट होते हैं, प्रत्येक मार्ग चरण साहित्य उद्धरणों द्वारा समर्थित होता है जिसमें प्रतिनिधित्व प्रक्रिया का प्रायोगिक सत्यापन होता है। यदि मानव अभिकर्मकों का उपयोग करने वाला कोई प्रायोगिक सत्यापन मौजूद नहीं है, तो पाथवे में गैर-मानव प्रायोगिक विवरणों से मैन्युअल रूप से अनुमानित चरण शामिल हो सकते हैं, लेकिन केवल तभी जब एक विशेषज्ञ जीवविज्ञानी, जिसे पाथवे के लेखक के रूप में नामित किया गया है, और एक दूसरे जीवविज्ञानी, समीक्षक के रूप में नामित, सहमत हैं कि यह एक है बनाने के लिए वैध अनुमान। मानव मार्गों का उपयोग अन्य जीवों में ऑर्थोलॉजी-आधारित प्रक्रिया व्युत्पन्न मार्गों द्वारा कम्प्यूटेशनल रूप से उत्पन्न करने के लिए किया जाता है।
डेटाबेस संगठन
रिएक्टोम में, मानव जैविक प्रक्रियाओं को आणविक घटनाओं की श्रृंखला में तोड़कर व्याख्या की जाती है। शास्त्रीय रसायन विज्ञान प्रतिक्रियाओं की तरह प्रत्येक रिएक्टोम घटना में इनपुट भौतिक संस्थाएं (सब्सट्रेट्स) होती हैं जो आउटपुट भौतिक संस्थाओं (उत्पादों) को उत्पन्न करने के लिए संभवतः एंजाइम या अन्य आणविक उत्प्रेरकों द्वारा सहायता प्रदान करती हैं।
प्रतिक्रियाओं में मध्यवर्ती चयापचय, बाध्यकारी घटनाओं, जटिल गठन, परिवहन घटनाओं के शास्त्रीय रासायनिक अंतर्संबंध शामिल हैं जो सेलुलर डिब्बों के बीच अणुओं को निर्देशित करते हैं, और इसके एक या अधिक पेप्टाइड बांडों के दरार द्वारा प्रोटीन की सक्रियता जैसी घटनाएं शामिल हैं। व्यक्तिगत घटनाओं को एक साथ रास्ते में बांटा जा सकता है।
भौतिक संस्थाएं ग्लूकोज या एटीपी जैसे छोटे अणु या डीएनए, आरएनए और प्रोटीन जैसे बड़े अणु हो सकते हैं, जो मानव जीनोम में प्रत्यक्ष या अप्रत्यक्ष रूप से एन्कोडेड होते हैं। भौतिक संस्थाओं को प्रासंगिक बाहरी डेटाबेसों के लिए पार-संदर्भित किया जाता है, जैसे प्रोटीन के लिए यूनीप्रोट और छोटे अणुओं के लिए चोई सौंदर्य । उपकोशिकीय डिब्बों में अणुओं का स्थानीयकरण मानव जैविक प्रक्रियाओं के नियमन की एक प्रमुख विशेषता है, इसलिए रिएक्टोम डेटाबेस में अणु विशिष्ट स्थानों से जुड़े होते हैं। इस प्रकार अलग-अलग स्थानों में एक ही रासायनिक इकाई के रिएक्टोम उदाहरणों में (जैसे, बाह्य ग्लूकोज और साइटोसोलिक ग्लूकोज) को अलग-अलग रासायनिक संस्थाओं के रूप में माना जाता है।
जीन ओन्टोलॉजी नियंत्रित शब्दावली का उपयोग अणुओं और प्रतिक्रियाओं, आणविक कार्यों, और बड़ी जैविक प्रक्रियाओं के उपकोशिकीय स्थानों का वर्णन करने के लिए किया जाता है जो एक विशिष्ट प्रतिक्रिया का हिस्सा है।
डेटाबेस सामग्री
डेटाबेस में क्यूरेटेड एनोटेशन होते हैं जो आणविक जीव विज्ञान और सेलुलर जीव विज्ञान में विषयों के विविध सेट को कवर करते हैं। वर्तमान और भविष्य के एनोटेशन प्रोजेक्ट्स का विवरण एनोटेशन प्रोजेक्ट्स के कैलेंडर में पाया जा सकता है।
एनोटेशन के विषयों में शामिल हैं;
- कोशिका चक्र
- उपापचय
- सिग्नल (फिजियोलॉजी)
- परिवहन
- कोशिका गतिशीलता
- प्रतिरक्षा कार्य
- होस्ट-वायरस इंटरैक्शन
- तंत्रिका कार्य
उपकरण
इंटरएक्टिव पाथवे डायग्राम देखने, पाथवे मैपिंग करने और पाथवे ओवर-रिप्रेजेंटेशन एनालिसिस करने और रिएक्टोम पाथवे पर एक्सप्रेशन डेटा ओवरले करने के लिए वेबसाइट पर टूल हैं। पाथवे मैपिंग और ओवर-रिप्रेजेंटेशन टूल प्रोटीन/कंपाउंड आइडेंटिफ़ायर का एक कॉलम लेते हैं, यूनिप्रोट और ChEBI एक्सेस को प्राथमिकता दी जाती है लेकिन इंटरफ़ेस कई अन्य पहचानकर्ताओं या प्रतीकों को स्वीकार और व्याख्या करेगा। मिश्रित पहचानकर्ताओं का उपयोग किया जा सकता है। ओवर-प्रतिनिधित्व परिणाम सांख्यिकीय रूप से अधिक-प्रतिनिधित्व वाले रास्तों की सूची के रूप में प्रस्तुत किए जाते हैं।
अभिव्यक्ति डेटा एक बहु-स्तंभ प्रारूप में प्रस्तुत किया जाता है, पहला स्तंभ प्रोटीन की पहचान करता है, अतिरिक्त स्तंभों को संख्यात्मक अभिव्यक्ति मान होने की उम्मीद है, वे वास्तव में कोई संख्यात्मक मान हो सकते हैं, उदा। अंतर अभिव्यक्ति, मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स, GWAS स्कोर। अभिव्यक्ति डेटा को दृश्य स्पेक्ट्रम के रंगों का उपयोग करते हुए मार्ग आरेखों में संबंधित प्रोटीन के रंग के रूप में दर्शाया गया है, इसलिए 'गर्म' लाल रंग उच्च मूल्यों का प्रतिनिधित्व करते हैं। यदि संख्यात्मक डेटा के एकाधिक कॉलम सबमिट किए जाते हैं तो ओवरले टूल उन्हें अलग-अलग 'प्रयोगों' के रूप में प्रदर्शित कर सकता है, उदा. समय बिंदु या रोग प्रगति।
डेटाबेस को ऑनलाइन पाठ्यपुस्तक के रूप में ब्राउज और खोजा जा सकता है।[4] एक ऑनलाइन उपयोगकर्ता गाइड उपलब्ध है। उपयोगकर्ता पीडीएफ, बायोपैक्स और एसबीएमएल सहित विभिन्न स्वरूपों में वर्तमान डेटा सेट या व्यक्तिगत रास्ते और प्रतिक्रियाओं को भी डाउनलोड कर सकते हैं।[5]
रिएक्टोम के लिंक
- {{Twitter}} template missing ID and not present in Wikidata.
- रिएक्टोम क्विक टूर ऑन ईबीआई ट्रेन ऑनलाइन
यह भी देखें
- KEGG (जीन और जीनोम का क्योटो विश्वकोश)
- BioCyc डेटाबेस संग्रह
- ब्रेंडा (ब्राउनश्विक एंजाइम डी डेटाबेस)
- WikiPathways (जो रिएक्टोम पाथवे को उजागर करता है[6])
- तुलनात्मक विष विज्ञान डेटाबेस
संदर्भ
- ↑ Croft, D.; O'Kelly, G.; Wu, G.; Haw, R.; Gillespie, M.; Matthews, L.; Caudy, M.; Garapati, P.; Gopinath, G.; Jassal, B.; Jupe, S.; Kalatskaya, I.; Mahajan, S.; May, B.; Ndegwa, N.; Schmidt, E.; Shamovsky, V.; Yung, C.; Birney, E.; Hermjakob, H.; d'Eustachio, P.; Stein, L. (2010). "Reactome: A database of reactions, pathways and biological processes". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D691–D697. doi:10.1093/nar/gkq1018. PMC 3013646. PMID 21067998.
- ↑ Joshi-Tope, G.; Gillespie, M.; Vastrik, I.; d'Eustachio, P.; Schmidt, E.; De Bono, B.; Jassal, B.; Gopinath, G.; Wu, G.; Matthews, L.; Lewis, S.; Birney, E.; Stein, L. (2004). "Reactome: A knowledgebase of biological pathways". Nucleic Acids Research. 33 (Database issue): D428–D432. doi:10.1093/nar/gki072. PMC 540026. PMID 15608231.
- ↑ Croft D, Mundo AF, Haw R, Milacic M, Weiser J, Wu G, Caudy M, Garapati P, Gillespie M, Kamdar MR, Jassal B, Jupe S, Matthews L, May B, Palatnik S, Rothfels K, Shamovsky V, Song H, Williams M, Birney E, Hermjakob H, Stein L, D'Eustachio P (2014). "रिएक्टोम पाथवे नॉलेजबेस". Nucleic Acids Res. 42 (Database issue): D472–7. doi:10.1093/nar/gkt1102. PMC 3965010. PMID 24243840.
- ↑ Haw, R; Stein, L (Jun 2012). "प्रतिक्रियाशील डेटाबेस का उपयोग करना।". Current Protocols in Bioinformatics. Chapter 8: Unit8.7. doi:10.1002/0471250953.bi0807s38. PMC 3427849. PMID 22700314.
- ↑ Croft, D (2013). टेम्पलेट्स के रूप में रिएक्टोम पाथवे का उपयोग करके मॉडल बनाना।. Methods in Molecular Biology. Vol. 1021. pp. 273–83. doi:10.1007/978-1-62703-450-0_14. ISBN 978-1-62703-449-4. PMID 23715990.
- ↑ Bohler, Anwesha; Wu, Guanming; Kutmon, Martina; Pradhana, Leontius Adhika; Coort, Susan L.; Hanspers, Kristina; Haw, Robin; Pico, Alexander R.; Evelo, Chris T.; Blackwell, Kim T. (20 May 2016). "WikiPathways के दृष्टिकोण से प्रतिक्रियात्मक". PLOS Computational Biology. 12 (5): e1004941. Bibcode:2016PLSCB..12E4941B. doi:10.1371/journal.pcbi.1004941. PMC 4874630. PMID 27203685.
संबंधित संसाधन
अन्य आणविक मार्ग डेटाबेस
श्रेणी:जैविक डेटाबेस
