रिएक्टोम

रिएक्टोम जैविक पाथवे का मुफ़्त ऑनलाइन डेटाबेस है।^[1]^[2]^[3] ऐसे कई रिएक्टोम हैं जो विशिष्ट जीवों पर ध्यान केंद्रित करते हैं, इनमें से सबसे बड़ा मानव जीव विज्ञान पर केंद्रित है, और निम्नलिखित विवरण मानव रिएक्टोम पर केंद्रित है। यह जीवविज्ञानी द्वारा रिएक्टोम संपादकीय कर्मचारियों के सहयोग से लिखा गया है। सामग्री को कई जैव सूचना विज्ञान डेटाबेसों के लिए क्रॉस-रेफ़र किया गया है। रिएक्टोम के पीछे तर्क यह है कि स्रोत डेटा को कम्प्यूटेशनल रूप से सरल प्रारूप में उपलब्ध कराते हुए, जैविक पाथवे को पूर्ण यंत्रवत विस्तार से प्रदर्शित किया जाए।

वेबसाइट का उपयोग पाथवे ब्राउज़ करने और डेटा विश्लेषण टूल के सूट में डेटा सबमिट करने के लिए किया जा सकता है। अंतर्निहित डेटा पीडीएफ, एसबीएमएल और बायोपैक्स सहित कई मानक प्रारूपों में पूर्ण रूप से डाउनलोड करने योग्य है। पाथवे डायग्राम सिस्टम बायोलॉजी ग्राफिकल नोटेशन (एसबीजीएन)-आधारित शैली का उपयोग करते हैं।

रिएक्टोम डेटा मॉडल की मुख्य इकाई प्रतिक्रिया है। अभिक्रियाओं में भाग लेने वाली एन्टिटीज़ (न्यूक्लिक अम्ल, प्रोटीन, जटिल और छोटे अणु) जैविक अंतःक्रियाओं का नेटवर्क बनाती हैं और उन्हें पाथवे में समूहीकृत किया जाता है। रिएक्टोम में जैविक पाथवे के उदाहरणों में सिग्नलिंग, सहज और अधिग्रहित प्रतिरक्षा कार्य, ट्रांसक्रिप्शनल रेगुलेशन, ट्रांसलेशन, एपोप्टोसिस और क्लासिकल इंटरमीडियरी मेटाबॉलिज्म सम्मिलित हैं।

रिएक्टोम में दर्शाए गए पाथवे प्रजाति-विशिष्ट होते हैं, प्रत्येक पाथवे चरण साहित्य उद्धरणों द्वारा समर्थित होता है जिसमें प्रतिनिधित्व प्रक्रिया का प्रायोगिक सत्यापन होता है। यदि मानव अभिकर्मकों का उपयोग करने वाला कोई प्रायोगिक सत्यापन उपस्थित नहीं है, तो पाथवे में गैर-मानव प्रायोगिक विवरणों से मैन्युअल रूप से अनुमानित चरण सम्मिलित हो सकते हैं, किन्तु केवल तभी जब पाथवे के लेखक के रूप में नामित विशेषज्ञ जीवविज्ञानी और समीक्षक के रूप में अन्य जीवविज्ञानी सहमत हो कि यह वैध अनुमान है। अन्य जीवों में ऑर्थोलॉजी आधारित प्रक्रिया व्युत्पन्न पाथवे द्वारा कम्प्यूटेशनल रूप से उत्पन्न करने के लिए मानव पाथवे का उपयोग किया जाता है।

डेटाबेस संगठन

रिएक्टोम में, मानव जैविक प्रक्रियाओं को आणविक घटनाओं की श्रृंखला में विभाजित करके व्याख्या की जाती है। रसायन विज्ञान प्रतिक्रियाओं की भाँति प्रत्येक रिएक्टोम घटना में इनपुट भौतिक एन्टिटीज़ (सब्सट्रेट्स) होती हैं जो आउटपुट भौतिक एन्टिटीज़ (उत्पादों) को उत्पन्न करने के लिए संभवतः एंजाइम या अन्य आणविक उत्प्रेरकों द्वारा सहायता प्रदान करती हैं।

प्रतिक्रियाओं में इंटरमीडिएट मेटाबोलिज्म, बाइंडिंग घटना, जटिल गठन, परिवहन घटनाओं के रासायनिक अंतर्संबंध सम्मिलित हैं जो कोशिकीय कोष्ठिकाओं के मध्य अणुओं को निर्देशित करते हैं, और इसके एक या अधिक पेप्टाइड बंधों के विदलन द्वारा प्रोटीन की सक्रियता जैसी घटनाएं सम्मिलित हैं। विशिष्ट घटनाओं को पथों में समूहीकृत किया जा सकता है।

भौतिक एन्टिटीज़ ग्लूकोज या एटीपी जैसे छोटे अणु या डीएनए, आरएनए और प्रोटीन जैसे बड़े अणु हो सकते हैं, जो मानव जीनोम में प्रत्यक्ष या अप्रत्यक्ष रूप से एन्कोडेड होते हैं। भौतिक एन्टिटीज़ को प्रासंगिक बाहरी डेटाबेस जैसे प्रोटीन के लिए यूनीप्रोट और छोटे अणुओं के लिए चेबी के संदर्भ में संदर्भित किया जाता है। उपकोशिकीय कोष्ठिकाओं में अणुओं का स्थानीयकरण मानव जैविक प्रक्रियाओं के विनियमन की प्रमुख विशेषता है, इसलिए रिएक्टोम डेटाबेस में अणु विशिष्ट स्थानों से जुड़े होते हैं। इस प्रकार भिन्न-भिन्न स्थानों में रासायनिक इकाई के रिएक्टोम उदाहरणों (जैसे, बाह्य ग्लूकोज और साइटोसोलिक ग्लूकोज) को भिन्न-भिन्न रासायनिक एन्टिटीज़ के रूप में माना जाता है।

जीन ओन्टोलॉजी नियंत्रित शब्दावली का उपयोग अणुओं और प्रतिक्रियाओं, आणविक कार्यों, और बड़ी जैविक प्रक्रियाओं के उपकोशिकीय स्थानों का वर्णन करने के लिए किया जाता है जो विशिष्ट प्रतिक्रिया का अंश है।

डेटाबेस सामग्री

डेटाबेस में क्यूरेटेड एनोटेशन होते हैं जो आणविक जीव विज्ञान और कोशिकीय जीव विज्ञान में विषयों के विविध सेट को कवर करते हैं। वर्तमान और भविष्य के एनोटेशन योजनाओं का विवरण एनोटेशन प्रोजेक्ट के कैलेंडर में प्राप्त हो सकता है।

एनोटेशन के विषयों में सम्मिलित हैं;

उपकरण

वेबसाइट पर पाथवे मैपिंग और पाथवे ओवर-प्रतिनिधित्व विश्लेषण करने वाले इंटरएक्टिव पाथवे चित्र को देखने और रिएक्टोम पाथवे पर एक्सप्रेशन डेटा को ओवरले करने के लिए टूल हैं। पाथवे मैपिंग और ओवर-रिप्रेजेंटेशन टूल प्रोटीन/कंपाउंड आइडेंटिफ़ायर का कॉलम लेते हैं, यूनिप्रोट और चेबी एक्सेस को प्राथमिकता दी जाती है किन्तु इंटरफ़ेस कई अन्य पहचानकर्ताओं या प्रतीकों को स्वीकार और इन्टरप्रेट करेगा। मिश्रित पहचानकर्ताओं का उपयोग किया जा सकता है। ओवर-प्रतिनिधित्व परिणाम सांख्यिकीय रूप से ओवर-रिप्रेजेंटेशन पाथवे की सारिणी के रूप में प्रस्तुत किए जाते हैं।

अभिव्यक्ति डेटा बहु-स्तंभ प्रारूप में प्रस्तुत किया जाता है, प्रथम स्तंभ प्रोटीन की पहचान करता है, अतिरिक्त स्तंभों में संख्यात्मक अभिव्यक्ति मान होने की आशा होती है, वे वास्तव में कोई संख्यात्मक मान जैसे अंतर अभिव्यक्ति, मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स, जीडब्ल्यूएएस स्कोर हो सकते हैं। अभिव्यक्ति डेटा को दृश्य स्पेक्ट्रम के रंगों का उपयोग करते हुए पाथवे आरेखों में संबंधित प्रोटीन के रंग के रूप में दर्शाया गया है, इसलिए 'गर्म' लाल रंग उच्च मानों का प्रतिनिधित्व करते हैं। यदि संख्यात्मक डेटा के एकाधिक कॉलम सबमिट किए जाते हैं तो ओवरले टूल उन्हें भिन्न-भिन्न 'प्रयोगों' जैसे समय बिंदु या रोग प्रगति के रूप में प्रदर्शित कर सकता है।

डेटाबेस को ऑनलाइन टेक्स्टबुक के रूप में ब्राउज और सर्च किया जा सकता है।^[4] ऑनलाइन उपयोगकर्ता यूजर उपलब्ध है। यूजर पीडीएफ, बायोपैक्स और एसबीएमएल सहित विभिन्न फॉर्मैट्स में वर्तमान डेटा सेट या विशिष्ट पाथवे और प्रतिक्रियाओं को भी डाउनलोड कर सकते हैं।^[5]