वेरुकोमाइक्रोबायोटा: Difference between revisions

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'''वेरुकोमाइक्रोबायोटा''' [[ग्राम-नकारात्मक जीवाणु|ग्राम-ऋणात्मक जीवाणुओं]] का एक समूह है जिसमें केवल कुछ वर्णित प्रजातियां सम्मिलित हैं। पहचान की गई प्रजातियों को अलवण जल, समुद्री और [[मिट्टी]] के वातावरण और मानव [[मल]] से अलग किया गया है। सुकेंद्रकी होस्ट के सहयोग से कई अभी तक अनुपयोगी प्रजातियों की पहचान की गई है, जिसमें उनके [[युग्मक|युग्मकों]] में रहने वाले [[ निमेटोड |सूत्रकृमि]] के [[ protist |प्रोटिस्टों]] और अंतःसहजीवियों के बहिर्वेधी विस्फोटी [[ectosymbionts|बाह्य सहजीवी]] सम्मिलित हैं।{{Citation needed|date=June 2020}}  
'''वेरुकोमाइक्रोबायोटा''' [[ग्राम-नकारात्मक जीवाणु|ग्राम-ऋणात्मक जीवाणुओं]] का एक समूह है जिसमें केवल कुछ वर्णित प्रजातियां सम्मिलित हैं। पहचान की गई प्रजातियों को अलवण जल, समुद्री और [[मिट्टी]] के वातावरण और मानव [[मल]] से अलग किया गया है। सुकेंद्रकी होस्ट के सहयोग से कई अभी तक अनुपयोगी प्रजातियों की पहचान की गई है, जिसमें उनके [[युग्मक|युग्मकों]] में रहने वाले [[ निमेटोड |सूत्रकृमि]] के [[ protist |प्रोटिस्टों]] और अंतःसहजीवियों के बहिर्वेधी विस्फोटी [[ectosymbionts|बाह्य सहजीवी]] सम्मिलित हैं।{{Citation needed|date=June 2020}}  


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2008 में, [[नर्क का मिथाइलसिडीफिलस|''मिथाइलएसिडिफिलम इन्फर्नोरम'']] (2.3 एमबीपी) का पूरा [[जीनोम]] प्रकाशित किया गया था। एकल वृत्ताकार गुणसूत्र पर, 2473 पूर्वानुमानित प्रोटीन पाए गए, जिनमें से 731 में कोई पता लगाने योग्य समरूप नहीं थे। इन विश्लेषणों से [[स्यूडोमोनडोटा]] के साथ कई संभावित समरूपता का भी पता चला।<ref>{{cite journal | last1 = Hou | first1 = S | last2 = Makarova | first2 = KS | last3 = Saw | first3 = JH | last4 = Senin | first4 = P | last5 = Ly | first5 = BV | last6 = Zhou | first6 = Z | last7 = Ren | first7 = Y | last8 = Wang | first8 = J | last9 = Galperin | first9 = MY | last10 = Omelchenko | first10 = Marina V | last11 = Wolf | first11 = Yuri I | last12 = Yutin | first12 = Natalya | last13 = Koonin | first13 = Eugene V | last14 = Stott | first14 = Matthew B | last15 = Mountain | first15 = Bruce W | last16 = Crowe | first16 = Michelle A | last17 = Smirnova | first17 = Angela V | last18 = Dunfield | first18 = Peter F | last19 = Feng | first19 = Lu | last20 = Wang | first20 = Lei | last21 = Alam | first21 = Maqsudul | title = Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia | journal = Biology Direct | volume = 3 | pages = 26 | year = 2008 | pmid = 18593465 | pmc = 2474590 | doi = 10.1186/1745-6150-3-26}}</ref><ref>{{Cite journal |author=Ludwig, W., Euzéby, J., & Whitman W.B. |year=2008 |title=Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes |journal=Bergey's Manual Trust |pages=15 |url=http://bergeys.org/outlines/Bergeys_Vol_4_Outline.pdf |access-date=2011-06-22 |archive-date=2016-11-08 |archive-url=https://web.archive.org/web/20161108184838/http://www.bergeys.org/outlines/Bergeys_Vol_4_Outline.pdf |url-status=dead }}</ref>
2008 में, [[नर्क का मिथाइलसिडीफिलस|''मिथाइलएसिडिफिलम इन्फर्नोरम'']] (2.3 एमबीपी) का पूरा [[जीनोम]] प्रकाशित किया गया था। एकल वृत्ताकार गुणसूत्र पर, 2473 पूर्वानुमानित प्रोटीन पाए गए, जिनमें से 731 में कोई पता लगाने योग्य समरूप नहीं थे। इन विश्लेषणों से [[स्यूडोमोनडोटा]] के साथ कई संभावित समरूपता का भी पता चला।<ref>{{cite journal | last1 = Hou | first1 = S | last2 = Makarova | first2 = KS | last3 = Saw | first3 = JH | last4 = Senin | first4 = P | last5 = Ly | first5 = BV | last6 = Zhou | first6 = Z | last7 = Ren | first7 = Y | last8 = Wang | first8 = J | last9 = Galperin | first9 = MY | last10 = Omelchenko | first10 = Marina V | last11 = Wolf | first11 = Yuri I | last12 = Yutin | first12 = Natalya | last13 = Koonin | first13 = Eugene V | last14 = Stott | first14 = Matthew B | last15 = Mountain | first15 = Bruce W | last16 = Crowe | first16 = Michelle A | last17 = Smirnova | first17 = Angela V | last18 = Dunfield | first18 = Peter F | last19 = Feng | first19 = Lu | last20 = Wang | first20 = Lei | last21 = Alam | first21 = Maqsudul | title = Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia | journal = Biology Direct | volume = 3 | pages = 26 | year = 2008 | pmid = 18593465 | pmc = 2474590 | doi = 10.1186/1745-6150-3-26}}</ref><ref>{{Cite journal |author=Ludwig, W., Euzéby, J., & Whitman W.B. |year=2008 |title=Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes |journal=Bergey's Manual Trust |pages=15 |url=http://bergeys.org/outlines/Bergeys_Vol_4_Outline.pdf |access-date=2011-06-22 |archive-date=2016-11-08 |archive-url=https://web.archive.org/web/20161108184838/http://www.bergeys.org/outlines/Bergeys_Vol_4_Outline.pdf |url-status=dead }}</ref>
== फाइलोजेनी ==
== जातिवृत्त ==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|-
|-
! colspan=1 | 16S rRNA based [[The All-Species Living Tree Project|LTP]]_01_2022<ref>{{cite web|title=The LTP |url=https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/#LTP| access-date=23 February 2022}}</ref><ref>{{cite web|title=LTP_all tree in newick format| url=https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/Tree_LTP_all_01_2022.ntree |access-date=23 February 2022}}</ref><ref>{{cite web|title=LTP_01_2022 Release Notes| url=https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/LTP_01_2022_release_notes.pdf |access-date=23 February 2022}}</ref>
! colspan=1 | 16S rRNA आधारित LTP_01_2022<ref>{{cite web|title=The LTP |url=https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/#LTP| access-date=23 February 2022}}</ref><ref>{{cite web|title=LTP_all tree in newick format| url=https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/Tree_LTP_all_01_2022.ntree |access-date=23 February 2022}}</ref><ref>{{cite web|title=LTP_01_2022 Release Notes| url=https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/LTP_01_2022_release_notes.pdf |access-date=23 February 2022}}</ref>
! colspan=1 | 120 marker proteins based [[Genome Taxonomy Database|GTDB]] 07-RS207<ref name="about">{{cite web |title=GTDB release 07-RS207 |url=https://gtdb.ecogenomic.org/about#4%7C |website=[[Genome Taxonomy Database]]|access-date=20 June 2022}}</ref><ref name="tree">{{cite web |title=bac120_r207.sp_labels |url=https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release207/207.0/auxillary_files/bac120_r207.sp_labels.tree |website=[[Genome Taxonomy Database]]|access-date=20 June 2022}}</ref><ref name="taxon_history">{{cite web |title=Taxon History |url=https://gtdb.ecogenomic.org/taxon_history/ |website=[[Genome Taxonomy Database]]|access-date=20 June 2022}}</ref>
! colspan=1 | 120 मार्कर प्रोटीन आधारित जीटीडीबी 07-आरएस207<ref name="about">{{cite web |title=GTDB release 07-RS207 |url=https://gtdb.ecogenomic.org/about#4%7C |website=[[Genome Taxonomy Database]]|access-date=20 June 2022}}</ref><ref name="tree">{{cite web |title=bac120_r207.sp_labels |url=https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release207/207.0/auxillary_files/bac120_r207.sp_labels.tree |website=[[Genome Taxonomy Database]]|access-date=20 June 2022}}</ref><ref name="taxon_history">{{cite web |title=Taxon History |url=https://gtdb.ecogenomic.org/taxon_history/ |website=[[Genome Taxonomy Database]]|access-date=20 June 2022}}</ref>
|-
| style="vertical-align:top|
{{Clade | style=font-size:90%;line-height:80%
|1={{clade
  |1=[[Lentisphaeria]]
  |2={{clade
    |1=[[Kiritimatiellae]]
    |label2=Verrucomicrobiota
    |2={{clade
      |label1=[[Opitutae]]
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        |label1=[[Opitutales]]
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          |2=[[Puniceicoccaceae]]
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|
{{Clade | style=font-size:90%;line-height:80%
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== वर्गीकरण पद्धति ==
 
वर्तमान में स्वीकृत वर्गीकरण पद्धति प्रोकैरियोटिक नामों की सूची के साथ स्टैंडिंग इन नोमेनक्लेचर (LPSN)<ref name="LPSN">{{cite web | author=J.P. Euzéby | url=https://lpsn.dsmz.de/phylum/verrucomicrobiota| title=वेरुकोमाइक्रोबायोटा| access-date=2022-09-09 | publisher=[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] (LPSN)}}</ref> और नेशनल सेंटर फॉर बायोटेक्नोलॉजी इन्फॉर्मेशन (NCBI) पर आधारित है।<ref name=NCBI>{{cite web |author = Sayers| url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Undef&id=74201&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock |title=वेरुकोमिक्रोबिया|access-date=2022-09-09 |publisher=[[National Center for Biotechnology Information]] (NCBI) taxonomy database |display-authors=et al.}}</ref>
== टैक्सोनॉमी ==
* उपवंश "सीए (Ca.) [[एपिजेनोसोम|एपिक्सेनोसोमा"]] <small>बाउर एट अल। 2005</small>
वर्तमान में स्वीकृत टैक्सोनॉमी नामकरण में स्थायी (LPSN) के साथ प्रोकैरियोटिक नामों की सूची पर आधारित है।<ref name=LPSN>{{cite web | author=J.P. Euzéby | url=https://lpsn.dsmz.de/phylum/verrucomicrobiota| title=वेरुकोमाइक्रोबायोटा| access-date=2022-09-09 | publisher=[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] (LPSN)}}</ref> और राष्ट्रीय जैव प्रौद्योगिकी सूचना केंद्र (NCBI)<ref name=NCBI>{{cite web |author = Sayers| url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Undef&id=74201&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock |title=वेरुकोमिक्रोबिया|access-date=2022-09-09 |publisher=[[National Center for Biotechnology Information]] (NCBI) taxonomy database |display-authors=et al.}}</ref>
* उपवंश "सीए [[न्यूक्लियोकोकस|न्यूक्लियोकोकस"]] कॉरिग। <small>सातो एट अल। 2014</small>
* वंश? सीए। [[एपिजेनोसोम]] <small>Bauer et al. 2005</small>
* उपवंश "सीए ऑर्गेनिकेला" <small>विलियम्स एट अल। 2021</small>
* जाति ? [[मेथिलोएसिडा]] <small>Islam et al. 2008</small>
*उपवंश "सीए [[मेथिलोएसिडा|राइजोस्फेरिया"]] <small>नून्स दा रोचा 2010</small>
* लिंग? [[न्यूक्लियोकोकस]] <small>Sato et al. 2014</small>
*'''वर्ग''' ओपिटुए <small>चू (Choo) एट अल। 2007</small>
* क्लास ओपिटुए <small>Choo et al. 2007</small>
** क्रम [[Opitutales|ओपिटुटेल्स]] <small>चू एट अल। 2007</small>
** आदेश [[Opitutales]] <small>Choo et al. 2007</small>
*** वंश "सेरासिकोकेसी" पालेन, रोड्रिग्ज-आर और अलीखान 2022 [केसीटीसी (KCTC)-12870]
*** परिवार सीएजी-312
**** <small>उपवंश [[रूफिकोकस|''रूफिकोकस'']] लिन एट अल। 2017</small>
**** जीनस सीए। [[मर्डौसिया]] <small>Gilroy et al. 2021</small>
****उपवंश [[ Cerasicoccus |''सेरासिकोकोकस'']] <small>यून एट अल। 2007</small>
*** परिवार UBA953
*** वंश "कोरालियोमार्गेरिटेसी" पल्लेन, रोड्रिगेज-आर और अलीखान 2022 [डीएसएम (DSM)-45221]
**** जीनस सीए। [[स्पाइराडोसोमा]] <small>Gilroy et al. 2021</small>
**** उपवंश "[[स्पाइराडोसोमा|''लेंटिमोनस'']]" <small>चू एंड चो 2006</small>
*** परिवार केसीटीसी-12870
****उपवंश [[Coraliomargarita|''कोरालियोमार्गरिटा'']] <small>यून एट अल। 2007</small>
**** जीनस [[रूफिकोकस]] <small>Lin et al. 2017</small>
*** वंश "मर्डौसियासी" पालेन, रोड्रिग्ज-आर और अलीखान 2022 [सीएजी (CAG)-312]
**** जीनस [[ Cerasicoccus ]] <small>Yoon et al. 2007</small>
**** उपवंश "सीए मर्डौसिया" गिलरॉय एट अल। 2021
*** परिवार DSM-45221
*** वंश "मोनीबैक्टीरिया" पालेन, रोड्रिगेज-आर और अलीखान 2022 [यूबीए (UBA)2987]
**** जीनस [[लेंटिमोनस]] <small>Choo & Cho 2006</small>
**** उपवंश "सीए [[मोनिबैक्टर]]" <small>कोरिग। वोसबर्ग, मार्टिजन और एट्टेमा 2018</small>
**** जीनस [[Coraliomargarita]] <small>Yoon et al. 2007</small>
*** वंश [[ओपिटुटेसी]] <small>चू एट अल। 2007</small>
*** पनीसीकोकासेई परिवार <small>Choo et al. 2007</small>
**** उपवंश [[अल्टेरोकोकस|''अल्टेरोकोकस'']] <small>शीह और जीन 1999</small>
**** जीनस सीए। [[फ्यूसिवोरैक्स]] <small>Orellana et al. 2022</small>
**** उपवंश [[सेफालोटिकोकस|''सेफलोटिककोकस'']] <small>लिन एट अल। 2016</small>
**** जीनस सीए। [[मार्सेलस]] <small>Nixon et al. 2019</small>
**** उपवंश "सीए [[क्षतिपूरित|''डिडेम्निडिटुटस'']]" <small>कॉरिग। लोपेरा एट अल। 2017</small>
**** जीनस ओशनिक ब्यूटी <small>Feng et al. 2020</small>
**** उपवंश [[एरेबोग्लोबस|''एरेबोग्लोबस'']] <small>टेग्टमेयर एट अल। 2018</small>
**** जीनस सीए। [[पिंगुइकोकस]] <small>Serra et al. 2020</small>
**** उपवंश "[[Geminisphere|''जेमिनिस्फेरा'']]" <small>वर्ट्ज़ एट अल। 2018</small>
**** जीनस [[पुनिसिकोकस]] <small>Choo et al. 2007</small>
**** उपवंश "[[लैकुनिस्फेयर|''लैकुनिस्पेरा'']]" <small>रैस्ट एट अल। 2017</small>
*** परिवार UBA2987
**** उपवंश [[ शीतदंश |''निब्रिकोकस'']] <small>बेक एट अल। 2019</small>
**** जीनस सीए। [[मोनिबैक्टर]] <small>corrig. Vosseberg, Martijn & Ettema 2018</small>
**** उपवंश [[ओलेरिनिकोला|''ओलिहारेनिकोला'']] <small>रोचमैन एट अल। 2018</small>
*** परिवार [[ओपिटुटेसी]] <small>Choo et al. 2007</small>
**** उपवंश ''ओपिटुटस'' <small>चिन एट अल। 2001</small>
**** जीनस [[अल्टेरोकोकस]] <small>Shieh and Jean 1999</small>
**** उपवंश [[पेलाजिकोकोकस|उपवंश]] <small>यून एट अल. 2007</small>
**** जीनस [[सेफालोटिकोकस]] <small>Lin et al. 2016</small>
**** उपवंश [[रारिग्लोबस|''रारिग्लोबस'']] <small>पिट एट अल। 2020</small>
**** जीनस सीए। [[क्षतिपूरित]] <small>corrig. Lopera et al. 2017</small>
**** उपवंश सीए सिनोइकहाबिटन्स <small>मूर्रे एट अल. 2021</small>
**** जीनस [[एरेबोग्लोबस]] <small>Tegtmeier et al. 2018</small>
*** वंश पुनिसिकोकासेई चू एट अल। 2007
**** जीनस [[Geminisphere]] <small>Wertz et al. 2018</small>
**** उपवंश "सीए [[फ्यूसिवोरैक्स]]" <small>ओरेलाना एट अल। 2022</small>
**** जीनस [[लैकुनिस्फेयर]] <small>Rast et al. 2017</small>
**** उपवंश "सीए [[मार्सेलस|मार्सेलियस]]" <small>निक्सन एट अल। 2019</small>
**** जीनस [[ शीतदंश ]] <small>Baek et al. 2019</small>
**** उपवंश "सीए पेलागिस्फेरा" बार-शालोम एट अल। 2023
**** जीनस [[ओलेरिनिकोला]] <small>Rochman et al. 2018</small>
**** उपवंश "सीए [[पिंगुइकोकस]]" <small>सेरा एट अल। 2020</small>
**** जीनस पाठ <small>Chin et al. 2001</small>
**** उपवंश [[पुनिसिकोकस|''पुनिसिकोकस'']] <small>चू एट अल। 2007</small>
**** जीनस [[पेलाजिकोकोकस]] <small>Yoon et al. 2007</small>
***वंश "स्पाइराडोसोमैटेसी" पालेन, रोड्रिगेज-आर और अलीखान 2022 [यूबीए (UBA)953]
**** जीनस [[रारिग्लोबस]] <small>Pitt et al. 2020</small>
****जीनस "सीए [[स्पाइराडोसोमा]]" <small>गिलरॉय एट अल। 2021</small>
**** जीनस सीए। सिनोइकहैबिटेंट <small>Murray et al. 2021</small>
***वंश वेरुको-01
* क्लास [[मिथाइलएसिडिफिलेस]]
****उपवंश ''ओशिनिपुलक्रिटूडो'' <small>फेंग एट अल। 2020</small>
** ऑर्डर मिथाइलकोबालामिन <small>Op den Camp 2009</small>
* वर्ग "[[मिथाइलएसिडिफिलेस|मिथाइलएसिडिफिलम]]"
*** परिवार [[मिथाइलएसिडिफिलेसी]] <small>Op den Camp 2009</small>
** क्रम "मिथाइलएसिडिफिलेस" <small>ओप डेन कैंप 2009 ["लिमिस्पेरालेस" पोडोसोकोर्स्काया एट अल। 2022]</small>
**** जीनस [[मिथाइलएसिडीमाइक्रोबियम]] <small>van Teeseling et al. 2014</small>
*** वंश [[मिथाइलएसिडिफिलेसी]] <small>ओप डेन कैंप 2009</small>
**** जीनस [[मिथाइलएसिडीफिलम]] <small>Hou et al. 2008</small>
**** उपवंश "[[मिथाइलएसिडीमाइक्रोबियम|''मिथाइलएसिडिमाइक्रोबियम'']]" <small>वैन टीस्लिंग एट अल। 2014</small>
**** जीनस सीए। [[मिथाइलएसिडिथर्मस]] <small>Picone et al. 2021</small>
**** उपवंश "[[मिथाइलएसिडीफिलम|मिथाइलएसिडिफिलम]]" <small>होउ एट अल। 2008</small>
*** परिवार NGM72-4
**** उपवंश सीए "[[मिथाइलएसिडिथर्मस]]" <small>पिकोन एट अल। 2021</small>
**** जीनस [[सीमा क्षेत्र]] <small>Anders et al. 2015</small>
*** वंश "लिमिस्फेरेसी" पालेन, रोड्रिगेज-आर और अलीखान 2022 [एनजीएम (NGM)72-4]
*** परिवार [[पेडोस्फेरेसिया]]
**** उपवंश [[सीमा क्षेत्र|''लिमिसफेरा'']] <small>एंडर्स एट अल। 2015</small>  
**** जीनस [[पेडोस्फेरा]] <small>Ozyurt 2008</small>
*** वंश "[[पेडोस्फेरेसिया]]"
* क्लास [[टेरिमाइक्रोबिया]] <small>García-López et al. 2020</small>
**** उपवंश "[[पेडोस्फेरा|''पेडोस्फेरा'']]" <small>ओज़्यूर्ट 2008</small>
** ऑर्डर [[Terrimicrobiales]] <small>García-López et al. 2020</small>
* '''वर्ग''' [[टेरिमाइक्रोबिया|'''टेरिमाइक्रोबिया''']] <small>गार्सिया-लोपेज़ एट अल। 2020</small>
*** परिवार [[Chthoniobacteraceae]] <small>Sangwan et al. 2004</small>
** '''क्रम''' [[Terrimicrobiales|'''टेरीमाइक्रोबियल्स''']] <small>गार्सिया-लोपेज़ एट अल। 2020 ["चथोनियोबैक्टेरेल्स" सांगवान एट अल। 2004]</small>
**** वंश [[Chthoniobacter]] <small>Sangwan et al. 2004</small>
*** वंश "[[Chthoniobacteraceae|चथोनियोबैक्टीरिया]]" <small>सांगवान एट अल। 2004</small>
*** फैमिली [[Terrimicrobiaceae]] <small>García-López et al. 2020 </small>
**** उपवंश "[[Chthoniobacter|''चथोनियोबैक्टर'']]" <small>सांगवान एट अल। 2004</small>
**** जीनस [[टेरिमाइक्रोबियम]] <small>Qiu et al. 2014</small>
*** वंश [[Terrimicrobiaceae|टेरिमाइक्रोबिएसी]] <small>गार्सिया-लोपेज़ और अन्य। 2020 </small>
*** परिवार UBA10450
**** उपवंश [[टेरिमाइक्रोबियम|''टेरिमाइक्रोबियम'']] <small>किउ एट अल। 2014</small>
**** जीनस सीए। [[Udaeobacter]] <small>Brewer et al. 2016</small>
*** वंश "उडेओबैक्टीरिया" पालेन, रोड्रिगेज-आर और अलीखान 2022 [UBA10450]
*** परिवार [[[[Xiphinematobacter]]aceae]]
**** उपवंश "सीए [[Udaeobacter|उडेओबैक्टर]]" <small>ब्रेवर एट अल। 2016</small>
**** जीनस सीए। Xiphinematobacter <small>Vandekerckhove et al. 2000</small>
*** वंश "[[Xiphinematobacter|ज़िफिनेमेटोबैक्टीरिया]]"
* क्लास [[वेरुकोमिक्रोबिया]] <small>Hedlund et al. 1998</small>
**** उपवंंश "सीए ज़िफ़िनेमेटोबैक्टर" <small>वांडेकेर्कखोव एट अल। 2000</small>
** ऑर्डर [[वेरुकोमाइक्रोबियल्स]] <small>Ward-Rainey et al. 1996</small>
* '''वर्ग''' [[वेरुकोमिक्रोबिया|'''वेरुकोमाइक्रोबिया''']] <small>हेडलंड एट अल। 1998</small>
*** फैमिली [[एकरमैनसियासी]] <small>Hedlund & Derrien 2012</small>
** क्रम [[वेरुकोमाइक्रोबियल्स]] <small>वार्ड-रेनी एट अल। 1996</small>
**** जीनस [[एकरमैनसिया]] <small>Derrien et al. 2004</small>
*** वंश [[एकरमैनसियासी]] <small>हेडलंड एंड डेरियन 2012</small>
**** जीनस [[हेलोफेरुला]] <small>Yoon et al. 2008</small>
**** उपवंंश [[एकरमैनसिया|''एकरमेंसिया'']] <small>डेरिएन एट अल। 2004</small>
**** जीनस [[ल्यूटोलिबैक्टर]] <small>Yoon et al. 2008</small>
**** उपवंंश [[हेलोफेरुला|''हेलोफ़ेरूला'']] <small>यून एट अल। 2008</small>
**** वंश [[Persicirhabdus]] <small>Yoon et al. 2008</small>
**** उपवंंश [[ल्यूटोलिबैक्टर|''ल्यूटियोलीबैक्टर'']] <small>यून एट अल। 2008</small>
**** जीनस [[रूब्रिटालिया]] <small>Scheuermayer et al. 2006</small>
****उपवंंश "सीए मारियाकेरमेंसिया" <small>ओरेलाना एट अल। 2022</small>
**** जीनस रोसिबैसिलस <small>Yoon et al. 2008</small>
****उपवंंश ''ओशिनिफेरुला'' <small>जिन एट अल। 2022</small>
*** फैमिली [[वेरुकोमाइक्रोबिएसी]] <small>Ward-Rainey et al. 1996</small>
**** उपवंंश [[Persicirhabdus|''पर्सिसिरहबडस'']] <small>यून एट अल। 2008</small>
**** जीनस [[फ्यूकोफिलस]] <small>Sakai et al. 2001b</small>
**** उपवंंश ''रोज़ीबैसिलस'' <small>यून एट अल। 2008</small>
**** जीनस [[ब्रेविफोलिस]] <small>Otsuka et al. 2013</small>
****उपवंंश [[रूब्रिटालिया|''रूब्रिटालिया'']] <small>शेउर्मेयर एट अल। 2006</small>
**** जीनस [[ओशिनिफेरुला]] <small>Jin et al. 2022</small>
***वंश एसएलसीजे (SLCJ)01
**** वंश [[Phragmitibacter]] <small>Szuróczki et al. 2021</small>
****उपवंंश "[[सल्फ्यूरोसेकोकस|''सल्फ़ुरिरोसेकोकस'']]" <small>फेंग एट अल। 2022</small>
**** जीनस [[प्रोस्थेकोबैक्टर]] <small>Staley et al. 1976 ex Staley et al. 1980</small>
*** वंश [[वेरुकोमाइक्रोबिएसी]] <small>वार्ड-रेनी एट अल। 1996</small>
**** जीनस [[रोजीमाइक्रोबियम]] <small>Otsuka et al. 2013</small>
**** उपवंश "[[फ्यूकोफिलस|''फूकोफिलस'']]" <small>सकाई एट अल। 2001बी</small>
**** जीनस [[सल्फ्यूरोसेकोकस]] फेंग एट अल। 2022
**** उपवंश [[ब्रेविफोलिस|''ब्रेविफ़ोलिस'']] <small>ओत्सुका एट अल। 2013</small>
**** जीनस टेरिमाइक्रोबियम <small>Qiu et al. 2014</small>
**** उपवंश [[Phragmitibacter|''फ्रैगमिटीबैक्टर'']] <small>ज़ुरोज़्की एट अल। 2021</small>
**** जीनस [[वेरुकोमिक्रोबियम]] <small>Schlesner 1988</small>
**** उपवंश [[प्रोस्थेकोबैक्टर|''प्रोस्थेकोबैक्टर'']] <small>स्टेली एट अल। 1976 पूर्व स्टेली एट अल। 1980</small>
 
**** उपवंश [[रोजीमाइक्रोबियम|''रोजीमाइक्रोबियम'']] <small>ओत्सुका एट अल। 2013</small>
 
**** उपवंश [[वेरुकोमिक्रोबियम|''वेरुकोमाइक्रोबियम'']] <small>स्लेसनर 1988</small>
== यह भी देखें ==
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==संदर्भ==
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वेरुकोमाइक्रोबायोटा ग्राम-ऋणात्मक जीवाणुओं का एक समूह है जिसमें केवल कुछ वर्णित प्रजातियां सम्मिलित हैं। पहचान की गई प्रजातियों को अलवण जल, समुद्री और मिट्टी के वातावरण और मानव मल से अलग किया गया है। सुकेंद्रकी होस्ट के सहयोग से कई अभी तक अनुपयोगी प्रजातियों की पहचान की गई है, जिसमें उनके युग्मकों में रहने वाले सूत्रकृमि के प्रोटिस्टों और अंतःसहजीवियों के बहिर्वेधी विस्फोटी बाह्य सहजीवी सम्मिलित हैं।[citation needed]

वेरुकोमाइक्रोबायोटा पर्यावरण में प्रचुर मात्रा में हैं, हालांकि अपेक्षाकृत निष्क्रिय हैं।[1] इस संघ को दो सह संघ माने जाते है- पीवीसी (PVC) उच्चसंघ के भीतर क्लैमाइडियोटा (पूर्व में क्लैमाइडिया) और लेंटिसफेरोटा (पूर्व में लेंटिसफेरा)।[2] कई संरक्षित सिग्नेचर इंडल्स (सीएसआई) की उपस्थिति से पीवीसी समूह के भीतर वेरुकोमाइक्रोबायोटा संघ को पड़ोसी संघ से अलग किया जा सकता है।[3] ये सीएसआई (CSIs) अद्वितीय, सिनैपोमॉर्फिक विशेषताओं का प्रतिनिधित्व करते हैं जो वेरुकोमाइक्रोबायोटा के भीतर सामान्य वंश और अन्य जीवाणुओं के बीच एक स्वतंत्र वंश का सुझाव देते हैं।[4] सीएसआई भी पाए गए हैं जो वेरुकोमाइक्रोबायोटा और क्लैमाइडियोटा द्वारा विशेष रूप से अन्य सभी जीवाणुओं द्वारा साझा किए जाते हैं।[5] ये सीएसआई इस बात का प्रमाण देते हैं कि क्लैमाइडियोटा वेरुकोमाइक्रोबायोटा का निकटतम संबंधी है, और यह कि वे प्लैक्टोमाइसीटेल्स की तुलना में एक दूसरे से अधिक निकटता से संबंधित हैं।

वेरुकोमाइक्रोबायोटा क्लैड प्लेंक्टोबैक्टीरिया में बड़े क्लेड ग्रेसिलिक्यूट्स में हो सकता है।[6]

2008 में, मिथाइलएसिडिफिलम इन्फर्नोरम (2.3 एमबीपी) का पूरा जीनोम प्रकाशित किया गया था। एकल वृत्ताकार गुणसूत्र पर, 2473 पूर्वानुमानित प्रोटीन पाए गए, जिनमें से 731 में कोई पता लगाने योग्य समरूप नहीं थे। इन विश्लेषणों से स्यूडोमोनडोटा के साथ कई संभावित समरूपता का भी पता चला।[7][8]

जातिवृत्त

16S rRNA आधारित LTP_01_2022[9][10][11] 120 मार्कर प्रोटीन आधारित जीटीडीबी 07-आरएस207[12][13][14]

वर्गीकरण पद्धति

वर्तमान में स्वीकृत वर्गीकरण पद्धति प्रोकैरियोटिक नामों की सूची के साथ स्टैंडिंग इन नोमेनक्लेचर (LPSN)[15] और नेशनल सेंटर फॉर बायोटेक्नोलॉजी इन्फॉर्मेशन (NCBI) पर आधारित है।[16]

यह भी देखें

संदर्भ

  1. ↑ White, Richard Allen; Bottos, Eric M.; Roy Chowdhury, Taniya; Zucker, Jeremy D.; Brislawn, Colin J.; Nicora, Carrie D.; Fansler, Sarah J.; Glaesemann, Kurt R.; Glass, Kevin; Jansson, Janet K. (2016-06-28). Langille, Morgan (ed.). "मॉलिक्यूलो लॉन्ग-रीड सीक्वेंसिंग फैसिलिटेट असेंबली एंड जीनोमिक बिनिंग फ्रॉम कॉम्प्लेक्स सॉइल मेटाजेनोम्स". mSystems (in English). 1 (3): mSystems.00045–16, e00045–16. doi:10.1128/mSystems.00045-16. ISSN 2379-5077. PMC 5069762. PMID 27822530.
  2. ↑ Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). "लेंटिस्पेरा अरनेओसा जीन। नव., सपा. नोव, समुद्री जीवाणु पैदा करने वाला एक पारदर्शी एक्सोपॉलीमर, और एक उपन्यास बैक्टीरियल फाइलम, लेंटिसफेरी का विवरण". Environ Microbiol. 6 (6): 611–21. doi:10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x. PMID 15142250.
  3. ↑ Gupta RS, Bhandari V, Naushad HS (2012). "बैक्टीरिया के पीवीसी क्लैड (प्लैक्टोमाइसेट्स, वेरुकोमिक्रोबिया, क्लैमाइडिया, और लेंटिसफेरे) के लिए आणविक हस्ताक्षर उनके विकासवादी संबंधों में अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं". Front Microbiol. 3: 327. doi:10.3389/fmicb.2012.00327. PMC 3444138. PMID 23060863.
  4. ↑ Gupta RS (2016). "Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification". FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. doi:10.1093/femsre/fuw011. PMID 27279642.
  5. ↑ Griffiths E, Gupta RS (2007). "प्रोटीन में फाइलोजेनी और साझा संरक्षित आवेषण इस बात का प्रमाण देते हैं कि वेरुकोमिक्रोबिया क्लैमाइडिया के निकटतम ज्ञात मुक्त-जीवित रिश्तेदार हैं". Microbiology. 153 (Pt 8): 2648–54. doi:10.1099/mic.0.2007/009118-0. PMID 17660429. S2CID 2094762.
  6. ↑ Wagner, M; Horn, M (2006). "प्लैक्टोमाइसेट्स, वेरुकोमिक्रोबिया, क्लैमाइडिया और बहन फ़ाइला में जैव प्रौद्योगिकी और चिकित्सा प्रासंगिकता के साथ एक सुपरफिलम शामिल है।". Current Opinion in Biotechnology. 17 (3): 241–9. doi:10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID 16704931.
  7. ↑ Hou, S; Makarova, KS; Saw, JH; Senin, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J; Galperin, MY; Omelchenko, Marina V; Wolf, Yuri I; Yutin, Natalya; Koonin, Eugene V; Stott, Matthew B; Mountain, Bruce W; Crowe, Michelle A; Smirnova, Angela V; Dunfield, Peter F; Feng, Lu; Wang, Lei; Alam, Maqsudul (2008). "Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia". Biology Direct. 3: 26. doi:10.1186/1745-6150-3-26. PMC 2474590. PMID 18593465.
  8. ↑ Ludwig, W., Euzéby, J., & Whitman W.B. (2008). "Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes" (PDF). Bergey's Manual Trust: 15. Archived from the original (PDF) on 2016-11-08. Retrieved 2011-06-22.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  9. ↑ "The LTP". Retrieved 23 February 2022.
  10. ↑ "LTP_all tree in newick format". Retrieved 23 February 2022.
  11. ↑ "LTP_01_2022 Release Notes" (PDF). Retrieved 23 February 2022.
  12. ↑ "GTDB release 07-RS207". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  13. ↑ "bac120_r207.sp_labels". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  14. ↑ "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  15. ↑ J.P. Euzéby. "वेरुकोमाइक्रोबायोटा". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2022-09-09.
  16. ↑ Sayers; et al. "वेरुकोमिक्रोबिया". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2022-09-09.
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