वेरुकोमाइक्रोबायोटा: Difference between revisions

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**** उपवंश "[[मिथाइलएसिडीफिलम|मिथाइलएसिडिफिलम]]" <small>होउ एट अल। 2008</small>
**** उपवंश "[[मिथाइलएसिडीफिलम|मिथाइलएसिडिफिलम]]" <small>होउ एट अल। 2008</small>
**** उपवंश सीए "[[मिथाइलएसिडिथर्मस]]" <small>पिकोन एट अल। 2021</small>
**** उपवंश सीए "[[मिथाइलएसिडिथर्मस]]" <small>पिकोन एट अल। 2021</small>
*** परिवार NGM72-4
*** वंश "लिमिस्फेरेसी" पालेन, रोड्रिगेज-आर और अलीखान 2022 [एनजीएम (NGM)72-4]
**** जीनस [[सीमा क्षेत्र]] <small>Anders et al. 2015</small>
**** उपवंश [[सीमा क्षेत्र|लिमिसफेरा]] <small>एंडर्स एट अल। 2015</small>  
*** परिवार [[पेडोस्फेरेसिया]]
*** वंश "[[पेडोस्फेरेसिया]]"
**** जीनस [[पेडोस्फेरा]] <small>Ozyurt 2008</small>
**** उपवंश "[[पेडोस्फेरा]]" <small>ओज़्यूर्ट 2008</small>
* क्लास [[टेरिमाइक्रोबिया]] <small>García-López et al. 2020</small>
* '''वर्ग''' [[टेरिमाइक्रोबिया|'''टेरिमाइक्रोबिया''']] <small>गार्सिया-लोपेज़ एट अल। 2020</small>
** ऑर्डर [[Terrimicrobiales]] <small>García-López et al. 2020</small>
** '''क्रम''' [[Terrimicrobiales|'''टेरीमाइक्रोबियल्स''']] <small>गार्सिया-लोपेज़ एट अल। 2020 ["चथोनियोबैक्टेरेल्स" सांगवान एट अल। 2004]</small>
*** परिवार [[Chthoniobacteraceae]] <small>Sangwan et al. 2004</small>
*** वंश "[[Chthoniobacteraceae|चथोनियोबैक्टीरिया]]" <small>सांगवान एट अल। 2004</small>
**** वंश [[Chthoniobacter]] <small>Sangwan et al. 2004</small>
**** उपवंश "[[Chthoniobacter|''चथोनियोबैक्टर'']]" <small>सांगवान एट अल। 2004</small>
*** फैमिली [[Terrimicrobiaceae]] <small>García-López et al. 2020 </small>
*** वंश [[Terrimicrobiaceae|टेरिमाइक्रोबिएसी]] <small>गार्सिया-लोपेज़ और अन्य। 2020 </small>
**** जीनस [[टेरिमाइक्रोबियम]] <small>Qiu et al. 2014</small>
**** उपवंश [[टेरिमाइक्रोबियम|''टेरिमाइक्रोबियम'']] <small>किउ एट अल। 2014</small>
*** परिवार UBA10450
*** वंश "उडेओबैक्टीरिया" पालेन, रोड्रिगेज-आर और अलीखान 2022 [UBA10450]
**** जीनस सीए। [[Udaeobacter]] <small>Brewer et al. 2016</small>
**** उपवंश "सीए [[Udaeobacter|उडेओबैक्टर]]" <small>ब्रेवर एट अल। 2016</small>
*** परिवार [[[[Xiphinematobacter]]aceae]]
*** वंश "[[Xiphinematobacter|ज़िफिनेमेटोबैक्टीरिया]]"
**** जीनस सीए। Xiphinematobacter <small>Vandekerckhove et al. 2000</small>
**** उपवंंश "सीए ज़िफ़िनेमेटोबैक्टर" <small>वांडेकेर्कखोव एट अल। 2000</small>
* क्लास [[वेरुकोमिक्रोबिया]] <small>Hedlund et al. 1998</small>
* '''वर्ग''' [[वेरुकोमिक्रोबिया|'''वेरुकोमाइक्रोबिया''']] <small>हेडलंड एट अल। 1998</small>
** ऑर्डर [[वेरुकोमाइक्रोबियल्स]] <small>Ward-Rainey et al. 1996</small>
** क्रम [[वेरुकोमाइक्रोबियल्स]] <small>वार्ड-रेनी एट अल। 1996</small>
*** फैमिली [[एकरमैनसियासी]] <small>Hedlund & Derrien 2012</small>
*** वंश [[एकरमैनसियासी]] <small>हेडलंड एंड डेरियन 2012</small>
**** जीनस [[एकरमैनसिया]] <small>Derrien et al. 2004</small>
**** उपवंंश [[एकरमैनसिया|एकरमेंसिया]] <small>डेरिएन एट अल। 2004</small>
**** जीनस [[हेलोफेरुला]] <small>Yoon et al. 2008</small>
**** उपवंंश [[हेलोफेरुला|हेलोफ़ेरूला]] <small>यून एट अल। 2008</small>
**** जीनस [[ल्यूटोलिबैक्टर]] <small>Yoon et al. 2008</small>
**** उपवंंश [[ल्यूटोलिबैक्टर|ल्यूटियोलीबैक्टर]] <small>यून एट अल। 2008</small>
**** वंश [[Persicirhabdus]] <small>Yoon et al. 2008</small>
****उपवंंश "सीए मारियाकेरमेंसिया" <small>ओरेलाना एट अल। 2022</small>
**** जीनस [[रूब्रिटालिया]] <small>Scheuermayer et al. 2006</small>
****उपवंंश ओशिनिफेरुला <small>जिन एट अल। 2022</small>
**** जीनस रोसिबैसिलस <small>Yoon et al. 2008</small>
**** उपवंंश [[Persicirhabdus|पर्सिसिरहबडस]] <small>यून एट अल। 2008</small>
*** फैमिली [[वेरुकोमाइक्रोबिएसी]] <small>Ward-Rainey et al. 1996</small>
**** उपवंंश रोज़ीबैसिलस <small>यून एट अल। 2008</small>
**** जीनस [[फ्यूकोफिलस]] <small>Sakai et al. 2001b</small>
****उपवंंश [[रूब्रिटालिया]] <small>शेउर्मेयर एट अल। 2006</small>
**** जीनस [[ब्रेविफोलिस]] <small>Otsuka et al. 2013</small>
***वंश एसएलसीजे (SLCJ)01
**** जीनस [[ओशिनिफेरुला]] <small>Jin et al. 2022</small>
****उपवंंश "[[सल्फ्यूरोसेकोकस|सल्फ़ुरिरोसेकोकस]]" <small>फेंग एट अल। 2022</small>
**** वंश [[Phragmitibacter]] <small>Szuróczki et al. 2021</small>
*** वंश [[वेरुकोमाइक्रोबिएसी]] <small>वार्ड-रेनी एट अल। 1996</small>
**** जीनस [[प्रोस्थेकोबैक्टर]] <small>Staley et al. 1976 ex Staley et al. 1980</small>
**** उपवंश "[[फ्यूकोफिलस|फूकोफिलस]]" <small>सकाई एट अल। 2001बी</small>
**** जीनस [[रोजीमाइक्रोबियम]] <small>Otsuka et al. 2013</small>
**** उपवंश [[ब्रेविफोलिस|ब्रेविफ़ोलिस]] <small>ओत्सुका एट अल। 2013</small>
**** जीनस [[सल्फ्यूरोसेकोकस]] फेंग एट अल। 2022
**** उपवंश [[Phragmitibacter|फ्रैगमिटीबैक्टर]] <small>ज़ुरोज़्की एट अल। 2021</small>
**** जीनस टेरिमाइक्रोबियम <small>Qiu et al. 2014</small>
**** उपवंश [[प्रोस्थेकोबैक्टर]] <small>स्टेली एट अल। 1976 पूर्व स्टेली एट अल। 1980</small>
**** जीनस [[वेरुकोमिक्रोबियम]] <small>Schlesner 1988</small>
**** उपवंश [[रोजीमाइक्रोबियम]] <small>ओत्सुका एट अल। 2013</small>
**** उपवंश [[वेरुकोमिक्रोबियम|वेरुकोमाइक्रोबियम]] <small>स्लेसनर 1988</small>
== यह भी देखें ==
== यह भी देखें ==
* [[बैक्टीरियल ऑर्डर की सूची|जीवाणु क्रमों की सूची]]
* [[बैक्टीरियल ऑर्डर की सूची|जीवाणु क्रमों की सूची]]

Revision as of 10:27, 19 June 2023

वेरुकोमाइक्रोबायोटा ग्राम-ऋणात्मक जीवाणुओं का एक समूह है जिसमें केवल कुछ वर्णित प्रजातियां सम्मिलित हैं। पहचान की गई प्रजातियों को अलवण जल, समुद्री और मिट्टी के वातावरण और मानव मल से अलग किया गया है। सुकेंद्रकी होस्ट के सहयोग से कई अभी तक अनुपयोगी प्रजातियों की पहचान की गई है, जिसमें उनके युग्मकों में रहने वाले सूत्रकृमि के प्रोटिस्टों और अंतःसहजीवियों के बहिर्वेधी विस्फोटी बाह्य सहजीवी सम्मिलित हैं।[citation needed]

वेरुकोमाइक्रोबायोटा पर्यावरण में प्रचुर मात्रा में हैं, हालांकि अपेक्षाकृत निष्क्रिय हैं।[1] इस संघ को दो सह संघ माने जाते है- पीवीसी (PVC) उच्चसंघ के भीतर क्लैमाइडियोटा (पूर्व में क्लैमाइडिया) और लेंटिसफेरोटा (पूर्व में लेंटिसफेरा)।[2] कई संरक्षित सिग्नेचर इंडल्स (सीएसआई) की उपस्थिति से पीवीसी समूह के भीतर वेरुकोमाइक्रोबायोटा संघ को पड़ोसी संघ से अलग किया जा सकता है।[3] ये सीएसआई (CSIs) अद्वितीय, सिनैपोमॉर्फिक विशेषताओं का प्रतिनिधित्व करते हैं जो वेरुकोमाइक्रोबायोटा के भीतर सामान्य वंश और अन्य जीवाणुओं के बीच एक स्वतंत्र वंश का सुझाव देते हैं।[4] सीएसआई भी पाए गए हैं जो वेरुकोमाइक्रोबायोटा और क्लैमाइडियोटा द्वारा विशेष रूप से अन्य सभी जीवाणुओं द्वारा साझा किए जाते हैं।[5] ये सीएसआई इस बात का प्रमाण देते हैं कि क्लैमाइडियोटा वेरुकोमाइक्रोबायोटा का निकटतम संबंधी है, और यह कि वे प्लैक्टोमाइसीटेल्स की तुलना में एक दूसरे से अधिक निकटता से संबंधित हैं।

वेरुकोमाइक्रोबायोटा क्लैड प्लेंक्टोबैक्टीरिया में बड़े क्लेड ग्रेसिलिक्यूट्स में हो सकता है।[6]

2008 में, मिथाइलएसिडिफिलम इन्फर्नोरम (2.3 एमबीपी) का पूरा जीनोम प्रकाशित किया गया था। एकल वृत्ताकार गुणसूत्र पर, 2473 पूर्वानुमानित प्रोटीन पाए गए, जिनमें से 731 में कोई पता लगाने योग्य समरूप नहीं थे। इन विश्लेषणों से स्यूडोमोनडोटा के साथ कई संभावित समरूपता का भी पता चला।[7][8]

जातिवृत्त

16S rRNA based LTP_01_2022[9][10][11] 120 marker proteins based GTDB 07-RS207[12][13][14]
 
 

Lentisphaeria

 
 
 

Kiritimatiellae

 
Verrucomicrobiota
Opitutae
Opitutales

Opitutaceae

 
Puniceicoccales
 

Alterococcus

 
 

Puniceicoccaceae

 
 
 
"Verrucomicrobia"
 

Limisphaera {"Pedosphaerales"}

 
 
Terrimicrobiles

Terrimicrobiaceae

 
Verrucomicrobiales
 

Verrucomicrobiaceae

 
 
 

Akkermansiaceae

 
 

Rubritaleaceae

 
 
 
 
 
 
 
 
Verrucomicrobiota
 

Lentisphaeria

 
 
 

Kiritimatiellae

 
"Verrucomicrobiia"
Opitutales
 
 

CAG-312

 
 

UBA953

 
 
 
 

KCTC-12870

 
 
 
 

DSM-45221

 
 

Puniceicoccaceae

 
 
 
 

UBA2987

 
 

Opitutaceae

 
 
 
 
 
 
 

NGM72-4 {"Pedosphaerales"}

 
 
 

"Methylacidiphilaceae" {"Methylacidiphilales"}

 
 
"Chthoniobacterales"
 
 

"Chthoniobacteraceae"

 
 

UBA10450

 
 
 
 

Terrimicrobiaceae

 
 

"Xiphinematobacteraceae"

 
 
 
Verrucomicrobiales
 

Verrucomicrobiaceae

 
 

Akkermansiaceae

 
 
 
 
 
 
 
 

वर्गीकरण पद्धति

वर्तमान में स्वीकृत वर्गीकरण पद्धति प्रोकैरियोटिक नामों की सूची के साथ स्टैंडिंग इन नोमेनक्लेचर (LPSN)[15] और नेशनल सेंटर फॉर बायोटेक्नोलॉजी इन्फॉर्मेशन (NCBI) पर आधारित है।[16]

यह भी देखें

संदर्भ

  1. ↑ White, Richard Allen; Bottos, Eric M.; Roy Chowdhury, Taniya; Zucker, Jeremy D.; Brislawn, Colin J.; Nicora, Carrie D.; Fansler, Sarah J.; Glaesemann, Kurt R.; Glass, Kevin; Jansson, Janet K. (2016-06-28). Langille, Morgan (ed.). "मॉलिक्यूलो लॉन्ग-रीड सीक्वेंसिंग फैसिलिटेट असेंबली एंड जीनोमिक बिनिंग फ्रॉम कॉम्प्लेक्स सॉइल मेटाजेनोम्स". mSystems (in English). 1 (3): mSystems.00045–16, e00045–16. doi:10.1128/mSystems.00045-16. ISSN 2379-5077. PMC 5069762. PMID 27822530.
  2. ↑ Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). "लेंटिस्पेरा अरनेओसा जीन। नव., सपा. नोव, समुद्री जीवाणु पैदा करने वाला एक पारदर्शी एक्सोपॉलीमर, और एक उपन्यास बैक्टीरियल फाइलम, लेंटिसफेरी का विवरण". Environ Microbiol. 6 (6): 611–21. doi:10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x. PMID 15142250.
  3. ↑ Gupta RS, Bhandari V, Naushad HS (2012). "बैक्टीरिया के पीवीसी क्लैड (प्लैक्टोमाइसेट्स, वेरुकोमिक्रोबिया, क्लैमाइडिया, और लेंटिसफेरे) के लिए आणविक हस्ताक्षर उनके विकासवादी संबंधों में अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं". Front Microbiol. 3: 327. doi:10.3389/fmicb.2012.00327. PMC 3444138. PMID 23060863.
  4. ↑ Gupta RS (2016). "Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification". FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. doi:10.1093/femsre/fuw011. PMID 27279642.
  5. ↑ Griffiths E, Gupta RS (2007). "प्रोटीन में फाइलोजेनी और साझा संरक्षित आवेषण इस बात का प्रमाण देते हैं कि वेरुकोमिक्रोबिया क्लैमाइडिया के निकटतम ज्ञात मुक्त-जीवित रिश्तेदार हैं". Microbiology. 153 (Pt 8): 2648–54. doi:10.1099/mic.0.2007/009118-0. PMID 17660429. S2CID 2094762.
  6. ↑ Wagner, M; Horn, M (2006). "प्लैक्टोमाइसेट्स, वेरुकोमिक्रोबिया, क्लैमाइडिया और बहन फ़ाइला में जैव प्रौद्योगिकी और चिकित्सा प्रासंगिकता के साथ एक सुपरफिलम शामिल है।". Current Opinion in Biotechnology. 17 (3): 241–9. doi:10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID 16704931.
  7. ↑ Hou, S; Makarova, KS; Saw, JH; Senin, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J; Galperin, MY; Omelchenko, Marina V; Wolf, Yuri I; Yutin, Natalya; Koonin, Eugene V; Stott, Matthew B; Mountain, Bruce W; Crowe, Michelle A; Smirnova, Angela V; Dunfield, Peter F; Feng, Lu; Wang, Lei; Alam, Maqsudul (2008). "Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia". Biology Direct. 3: 26. doi:10.1186/1745-6150-3-26. PMC 2474590. PMID 18593465.
  8. ↑ Ludwig, W., Euzéby, J., & Whitman W.B. (2008). "Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes" (PDF). Bergey's Manual Trust: 15. Archived from the original (PDF) on 2016-11-08. Retrieved 2011-06-22.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  9. ↑ "The LTP". Retrieved 23 February 2022.
  10. ↑ "LTP_all tree in newick format". Retrieved 23 February 2022.
  11. ↑ "LTP_01_2022 Release Notes" (PDF). Retrieved 23 February 2022.
  12. ↑ "GTDB release 07-RS207". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  13. ↑ "bac120_r207.sp_labels". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  14. ↑ "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Retrieved 20 June 2022.
  15. ↑ J.P. Euzéby. "वेरुकोमाइक्रोबायोटा". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Retrieved 2022-09-09.
  16. ↑ Sayers; et al. "वेरुकोमिक्रोबिया". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Retrieved 2022-09-09.

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