माइक्रोबियल उपापचय

माइक्रोबियल उपापचय वह साधन है। जिसके द्वारा सूक्ष्मजीव ऊर्जा और पोषक तत्व (जैसे कार्बन) प्राप्त करता है। जिसे जीवित रहने और पुनरुत्पादन करने की आवश्यकता होती है। रोगाणु अनेक भिन्न-भिन्न प्रकार की उपापचय रणनीतियों का उपयोग करते हैं और प्रजातियों को अधिकांशतः उपापचय विशेषताओं के आधार पर दूसरे से भिन्न किया जा सकता है। अतः सूक्ष्म जीव के विशिष्ट उपापचय गुण उस सूक्ष्म जीव के पारिस्थितिक स्थान को निर्धारित करने में प्रमुख कारक हैं और अधिकांशतः उस सूक्ष्म जीव को जैव प्रौद्योगिकी में उपयोगी होने या जैव-रसायन विज्ञान चक्रों के लिए जिम्मेदार होने की अनुमति देते हैं।

प्रकार

सूक्ष्मजीवों की उपापचय विशेषताओं को निर्धारित करने के लिए फ्लो चार्ट

Main article: प्राथमिक पोषण समूह

सामान्यतः सभी माइक्रोबियल उपापचय को तीन सिद्धांतों के अनुसार व्यवस्थित किया जा सकता है।

1. कोशिका द्रव्यमान को संश्लेषित करने के लिए जीव कार्बन कैसे प्राप्त करता है।

• स्वपोषी - कार्बन, कार्बन डाईऑक्साइड (CO₂) से प्राप्त होता है।
• विषमपोषी - कार्बन, कार्बनिक यौगिकों से प्राप्त होता है।
• मिक्सोट्रोफिक - कार्बन, कार्बनिक यौगिकों और कार्बन डाइऑक्साइड को ठीक करके प्राप्त किया जाता है।

2. जीव ऊर्जा संरक्षण या बायोसिंथेटिक प्रतिक्रियाओं में उपयोग किए जाने वाले समतुल्य समकक्ष (हाइड्रोजन परमाणु या इलेक्ट्रॉन) कैसे प्राप्त करता है।

• लिथोट्रोफिक - कम करने वाले समतुल्य अकार्बनिक यौगिकों से प्राप्त होते हैं।
• ऑर्गेनोट्रोफिक - कम करने वाले समतुल्य कार्बनिक यौगिकों से प्राप्त होते हैं।

3. जीव जीवित रहने और बढ़ने के लिए ऊर्जा कैसे प्राप्त करता है।

• प्रकाशपोषी - प्रकाश से ऊर्जा प्राप्त होती है।
• रसायनपोषी - ऊर्जा बाहरी रासायनिक यौगिकों से प्राप्त होती है।

व्यवहार में, यह शर्तें लगभग स्वतंत्र रूप से संयुक्त होती हैं। अतः विशिष्ट उदाहरण इस प्रकार हैं।

• केमोलिथोऑटोट्रॉफ़ कार्बन डाइऑक्साइड के निर्धारण से अकार्बनिक यौगिकों और कार्बन से ऊर्जा प्राप्त करते हैं। उदाहरण- नाइट्रिफाइंग बैक्टीरिया, सल्फर-ऑक्सीडाइजिंग बैक्टीरिया, आयरन-ऑक्सीडाइजिंग बैक्टीरिया, नॉलगैस-बैक्टीरिया इत्यादि।
• अकार्बनिक यौगिकों से समकक्षों को कम करने का उपयोग करके फोटोलिथोऑटोट्रॉफ़्स कार्बन डाइऑक्साइड के निर्धारण से प्रकाश और कार्बन से ऊर्जा प्राप्त करते हैं। उदाहरण- साइनोबैक्टीरीया (जल (H
  ₂O) समतुल्य = हाइड्रोजन दाता को कम करने के रूप में), क्लोरोबिएसी, क्रोमैटियासी (हाइड्रोजन सल्फाइड (H
  ₂S) हाइड्रोजन डोनर (दाता) के रूप में), क्लोरोफ्लेक्सस (हाइड्रोजन (H
  ₂) समतुल्य डोनर (दाता) को कम करने के रूप में) इत्यादि।
• केमोलिथोहेटेरोट्रॉफ़्स अकार्बनिक यौगिकों के ऑक्सीकरण से ऊर्जा प्राप्त करते हैं। किन्तु कार्बन डाइऑक्साइड (CO₂) को ठीक नहीं कर सकते है। उदाहरण- थायोबैसिलस, बेगियाटोआ , नाइट्रोबैक्टर एसपीपी इत्यादि। वोलिनेला (H
  ₂ के साथ) समतुल्य डोनर (दाता) को कम करने के रूप में), कुछ नॉलगैस-बैक्टीरिया, सल्फेट-कम करने वाले बैक्टीरिया इत्यादि सम्मिलित है।
• कार्बनिक यौगिकों से बायोसिंथेटिक प्रतिक्रियाओं के लिए केमोरोगोनोहेटरोट्रॉफ़ ऊर्जा, कार्बन और हाइड्रोजन प्राप्त करते हैं। उदाहरण- अधिकांश बैक्टीरिया, ई. जी, एस्चेरिचिया कोलाई, बैसिलस एसपीपी, एक्टिनोमाइसेटोटा इत्यादि।
• फोटोऑर्गोनोहेटरोट्रॉफ़ कार्बनिक यौगिकों से जैवसंश्लेषण प्रतिक्रियाओं के लिए प्रकाश, कार्बन और कम करने वाले समकक्षों से ऊर्जा प्राप्त करते हैं। चूँकि कुछ प्रजातियां सख्ती से हेटरोट्रोफिक हैं। अतः अनेक अन्य कार्बन डाइऑक्साइड को भी ठीक कर सकते हैं और मिक्सोट्रोफिक हैं। उदाहरण- रोडोबैक्टर , रोडोप्स्यूडोमोनास , रोडोस्पिरिलम , रोडोमाइक्रोबियम , रोडोसाइक्लस , हेलिओबैक्टीरिया , क्लोरोफ्लेक्सस (वैकल्पिक रूप से हाइड्रोजन के साथ फोटोलिथोऑटोट्रॉफी के लिए) इत्यादि सम्मिलित है।

हेटरोट्रॉफ़िक माइक्रोबियल उपापचय

कार्बन और ऊर्जा दोनों स्रोतों के रूप में कार्बनिक यौगिकों का उपयोग करते हुए कुछ रोगाणु हेटरोट्रॉफ़िक (अधिक त्रुटिहीन रूप से केमोरोगोनोहेटरोट्रॉफ़िक) हैं। हेटरोट्रॉफ़िक रोगाणु उन पोषक तत्वों से दूर रहते हैं। जिन्हें वह जीवित मेजबानों (कमैंसल या परजीवी के रूप में) से निकालते हैं या सभी प्रकार के मृत कार्बनिक पदार्थों (मृतोपजीवी ) में पाते हैं। मृत्यु के पश्चात् सभी जीवों के शारीरिक क्षय के लिए माइक्रोबियल उपापचय मुख्य योगदान है। चूँकि अनेक यूकेरियोटिक सूक्ष्मजीव परभक्षण या परजीवीवाद द्वारा विषमपोषी होते हैं। अतः कुछ गुण जीवाणुओं में भी पाए जाते हैं। जैसे कि बीडेलोविब्रियो (अन्य जीवाणुओं का इंट्रासेल्युलर परजीवी, जिससे इसके पीड़ितों की मृत्यु हो जाती है।) और मायक्सोबैक्टीरिया जैसे कि मिक्सोकोकस (अन्य जीवाणुओं के परभक्षी जो मारे जाते हैं और सहयोग करके मारे जाते हैं। मायक्सोबैक्टीरिया की अनेक एकल कोशिकाओं के समूह।) अधिकांश रोगजनक जीवाणुओं को मनुष्यों या उनके द्वारा प्रभावित अन्य यूकेरियोटिक प्रजातियों के विषमपोषी परजीवी के रूप में देखा जा सकता है। हेटरोट्रॉफ़िक रोगाणु प्रकृति में अत्यधिक प्रचुर मात्रा में हैं और बड़े कार्बनिक पॉलीमर जैसे सेल्यूलोज, काइटिन या लिग्निन के टूटने के लिए जिम्मेदार हैं। जो सामान्यतः बड़े जानवरों के लिए अपचनीय होते हैं। सामान्यतः कार्बन डाइऑक्साइड (खनिजीकरण) के लिए बड़े पॉलिमर के ऑक्सीडेटिव टूटने के लिए अनेक भिन्न-भिन्न जीवों की आवश्यकता होती है। जिसमें बहुलक को उसके घटक मोनोमर्स में तोड़ता है। अतः मोनोमर्स का उपयोग करने में सक्षम होता है। जो उप-उत्पादों के रूप में सरल अपशिष्ट यौगिकों को बाहर निकालने में सक्षम होता है और सक्षम उत्सर्जित कचरे का उपयोग करने में सक्षम होता है। इस विषय पर अनेक विविधताएँ होती हैं। जिससे कि विभिन्न जीव विभिन्न पॉलिमर को नीचा दिखाने और विभिन्न अपशिष्ट उत्पादों को स्रावित करने में सक्षम होते हैं। अतः कुछ जीव पेट्रोलियम यौगिकों या कीटनाशकों जैसे अधिक अक्खड़ यौगिकों को भी नीचा दिखाने में सक्षम होते हैं। जिससे वह जैविक उपचार में उपयोगी हो जाते हैं।

जैव रासायनिक रूप से प्रोकार्योटिक हेटरोट्रॉफ़िक उपापचय यूकेरियोटिक जीवों की तुलना में बहुत अधिक बहुमुखी होती है। चूंकि अनेक प्रोकैरियोट्स यूकेरियोट्स के साथ सबसे बुनियादी उपापचय मॉडल साझा करते हैं। ई जी शुगर मेटाबोलिज्म के लिए ग्लाइकोलाइसिस (ईएमपी भी कहा जाता है।) और एसीटेट को नीचा दिखाने के लिए साइट्रिक एसिड चक्र, एडेनोसाइन ट्रायफ़ोस्फेट (एटीपी) के रूप में ऊर्जा का उत्पादन और एनएडीएच या क्विनोल्स के रूप में शक्ति को कम करना होता है। यह बुनियादी मार्ग अच्छी प्रकार से संरक्षित होते हैं। जिससे कि वह सेल के विकास के लिए आवश्यक अनेक संरक्षित बिल्डिंग ब्लॉकों के जैवसंश्लेषण में भी सम्मिलित हैं। (कभी-कभी विपरीत दिशा में।) चूंकि अनेक बैक्टीरिया और आर्किया ग्लाइकोलाइसिस और साइट्रिक एसिड चक्र के अतिरिक्त वैकल्पिक उपापचय मार्गों का उपयोग करते हैं। स्यूडोमोनास में कीटो-डीऑक्सी-फॉस्फोग्लुकोनेट (केडीपीजी मार्ग) जिसे कीटो-डीऑक्सी-फॉस्फोग्लुकोनेट पाथवह (जिसे एंटनर-डोडोरॉफ़ पाथवह भी कहा जाता है) के माध्यम से चीनी उपापचय अच्छी प्रकार से अध्ययन किया गया उदाहरण है। इसके अतिरिक्त, कुछ जीवाणुओं द्वारा उपयोग किया जाने वाला तीसरा वैकल्पिक चीनी-कैटोबोलिक मार्ग है, पेन्टोज़ फॉस्फेट मार्ग। यूकेरियोट्स की तुलना में प्रोकैरियोट्स की उपापचय विविधता और कार्बनिक यौगिकों की बड़ी विविधता का उपयोग करने की क्षमता बहुत गहरे विकासवादी इतिहास और प्रोकैरियोट्स की विविधता से उत्पन्न होती है। यह भी उल्लेखनीय है कि माइटोकांड्रिया , छोटे झिल्ली-बाउंड इंट्रासेल्युलर ऑर्गेनेल जो कि यूकेरियोटिक ऑक्सीजन-ऊर्जा उपापचय का उपयोग करने की साइट है, जीवाणु के एंडोसिम्बायोसिस से उत्पन्न होता है जो इंट्रासेल्युलर रिकेटसिआ से संबंधित होता है, और पौधे से जुड़े राइजोबियम या एग्रोबैक्टीरियम से भी होता है। इसलिए, यह आश्चर्य की बात नहीं है कि सभी माइट्रोकॉन्ड्रिएट यूकेरियोट्स इन स्यूडोमोनडोटा के साथ उपापचय गुणों को साझा करते हैं। अधिकांश सूक्ष्म जीव सेलुलर श्वसन (इलेक्ट्रॉन परिवहन श्रृंखला का उपयोग करें), चूंकि ऑक्सीजन एकमात्र टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता नहीं है जिसका उपयोग किया जा सकता है। जैसा कि नीचे चर्चा की गई है, ऑक्सीजन के अतिरिक्त टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के उपयोग के महत्वपूर्ण जैव-भूरासायनिक परिणाम हैं।

किण्वन

Main article: किण्वन (जैव रसायन)

किण्वन विशिष्ट प्रकार का हेटरोट्रॉफ़िक उपापचय है जो टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में ऑक्सीजन के अतिरिक्त कार्बनिक यौगिक का उपयोग करता है। इसका मतलब यह है कि यहजीव एनएडीएच को ऑक्सीकरण करने के लिए इलेक्ट्रॉन परिवहन श्रृंखला का उपयोग नहीं करते हैं NAD⁺
और इसलिए इस कम करने वाली शक्ति का उपयोग करने और आपूर्ति बनाए रखने का वैकल्पिक विधि होना चाहिए NAD⁺
सामान्य उपापचय मार्गों (जैसे ग्लाइकोलाइसिस) के समुचित कार्य के लिए। चूंकि ऑक्सीजन की आवश्यकता नहीं होती है, किण्वक जीव अवायवीय जीव होते हैं। ऑक्सीजन उपस्तिथ होने पर अनेक जीव एनारोबिक स्थितियों और एरोबिक श्वसन के अनुसार किण्वन का उपयोग कर सकते हैं। यहजीव ऐच्छिक अवायवीय हैं। एनएडीएच के अतिउत्पादन से बचने के लिए, अवायवीय अवायवीय किण्वक जीवों को बाध्य करें, सामान्यतः पूर्ण साइट्रिक एसिड चक्र नहीं होता है। कोशिकीय श्वसन के रूप में एटीपी सिंथेज़ का उपयोग करने के अतिरिक्त, किण्वक जीवों में एटीपी का उत्पादन सब्सट्रेट-स्तर फास्फोरिलीकरण द्वारा किया जाता है, जहां फास्फेट समूह को उच्च-ऊर्जा कार्बनिक यौगिक से एडेनोसाइन डाइफॉस्फेट में एटीपी बनाने के लिए स्थानांतरित किया जाता है। उच्च ऊर्जा फॉस्फेट युक्त कार्बनिक यौगिकों (सामान्यतः कोएंजाइम ए-एस्टर के रूप में) का उत्पादन करने की आवश्यकता के परिणामस्वरूप किण्वक जीव NADH और अन्य कॉफ़ेक्टर (जैव रसायन) का उपयोग अनेक भिन्न-भिन्न कम उपापचय उप-उत्पादों का उत्पादन करने के लिए करते हैं, अधिकांशतः हाइड्रोजन सहित गैस (H
₂). यहकम किए गए कार्बनिक यौगिक सामान्यतः छोटे कार्बनिक अम्ल और अल्कोहल (रसायन विज्ञान) होते हैं जो ग्लाइकोलाइसिस के अंतिम उत्पाद पाइरुविक तेजाब से प्राप्त होते हैं। उदाहरणों में इथेनॉल, एसीटिक अम्ल , दुग्धाम्ल और ब्यूट्रिक एसिड सम्मिलित हैं। किण्वक जीव औद्योगिक रूप से बहुत महत्वपूर्ण हैं और अनेक भिन्न-भिन्न प्रकार के खाद्य उत्पादों को बनाने के लिए उपयोग किए जाते हैं। प्रत्येक विशिष्ट जीवाणु प्रजातियों द्वारा उत्पादित विभिन्न उपापचय अंत उत्पाद प्रत्येक भोजन के विभिन्न स्वाद और गुणों के लिए जिम्मेदार होते हैं।

सभी किण्वक जीव सब्सट्रेट-स्तर फास्फारिलीकरण का उपयोग नहीं करते हैं। इसके अतिरिक्त, कुछ जीव कम-ऊर्जा वाले कार्बनिक यौगिकों के ऑक्सीकरण को सीधे प्रोटॉन प्रेरक बल या सोडियम-प्रेरक बल के निर्माण में सक्षम बनाते हैं और इसलिए एटीपी संश्लेषण करते हैं। किण्वन के इन असामान्य रूपों के उदाहरणों में प्रोपियोनीजेनियम साधारण द्वारा सक्सिनेट किण्वन और ऑक्सालोबैक्टर फॉर्मिजेनस द्वारा ऑक्सालेट किण्वन सम्मिलित हैं। यहप्रतिक्रियाएं बेहद कम ऊर्जा देने वाली होती हैं। मनुष्य और अन्य उच्च जानवर भी अतिरिक्त एनएडीएच से लैक्टिक एसिड का उत्पादन करने के लिए किण्वन का उपयोग करते हैं, चूंकि यह उपापचय का प्रमुख रूप नहीं है क्योंकि यह किण्वक सूक्ष्मजीवों में होता है।

विशेष उपापचय गुण

मिथाइलोट्रॉफी

मिथाइलोट्रोफी ऊर्जा स्रोतों के रूप में C1-यौगिकों का उपयोग करने के लिए जीव की क्षमता को संदर्भित करता है। इन यौगिकों में मेथनॉल, मिथाइल अमीन, formaldehyde और चींटी का तेजाब सम्मिलित हैं। उपापचय के लिए अनेक अन्य कम सामान्य सबस्ट्रेट्स का भी उपयोग किया जा सकता है, जिनमें से सभी में कार्बन-कार्बन बांड की कमी होती है। मिथाइलोट्रॉफ़्स के उदाहरणों में बैक्टीरिया मिथाइलोमोनास और मेथिलोबैक्टर सम्मिलित हैं। मेथनोट्रॉफ़ विशिष्ट प्रकार के मिथाइलोट्रोफ़ हैं जो मीथेन का उपयोग करने में भी सक्षम हैं (CH
₄) कार्बन स्रोत के रूप में इसे क्रमिक रूप से मेथनॉल में ऑक्सीकरण करके (CH
₃OH), फॉर्मलडिहाइड (CH
₂O), प्रारूप (HCOO⁻
), और कार्बन डाइऑक्साइड CO₂ प्रारंभ में एंजाइम मीथेन मोनोऑक्सीजिनेज का उपयोग करना। चूंकि इस प्रक्रिया के लिए ऑक्सीजन की आवश्यकता होती है, सभी (पारंपरिक) मेथनोट्रॉफ़ बाध्यकारी एरोबेस होते हैं। क्विनोन और एनएडीएच के रूप में कम करने वाली शक्ति इन ऑक्सीकरणों के समय प्रोटॉन प्रेरक बल और इसलिए एटीपी पीढ़ी का उत्पादन करने के लिए उत्पन्न होती है। मिथाइलोट्रॉफ़्स और मेथनोट्रोफ़्स को ऑटोट्रॉफ़िक नहीं माना जाता है, क्योंकि वह कुछ ऑक्सीकृत मीथेन (या अन्य मेटाबोलाइट्स) को सेलुलर कार्बन में सम्मिलित करने में सक्षम होते हैं, इससे पहले कि यह पूरी प्रकार से ऑक्सीकृत हो जाए CO₂ (फॉर्मेल्डिहाइड के स्तर पर), या तो सेरीन मार्ग (मिथाइलोसिनस, मिथाइलोसिस्टिस) या राइबुलोज मोनोफॉस्फेट मार्ग (मेथिलोकोकस ) का उपयोग करते हुए, मिथाइलोट्रॉफ़ की प्रजातियों पर निर्भर करता है।

एरोबिक मेथिलोट्रोफी के अतिरिक्त, मीथेन को अवायवीय रूप से भी ऑक्सीकृत किया जा सकता है। यह सल्फेट-कम करने वाले जीवाणुओं के संघ और मिथेनोजेनिक आर्किया के रिश्तेदार सिंट्रोफिक रूप से काम कर रहे हैं (नीचे देखें)। वर्तमान में इस प्रक्रिया की जैव रसायन और पारिस्थितिकी के बारे में बहुत कम जानकारी है।

मीथेनोजेनेसिस मीथेन का जैविक उत्पादन है। यह मेथनोगेंस द्वारा किया जाता है, सख्ती से अवायवीय जीव आर्किया जैसे मेथानोकोकस, मेथानोकाल्डोकोकस, मेथेनोबैक्टीरियम, मेथेनोथर्मस, मेथानोसारसीना, मेथानोसेटा और मेथनोपाइरस। मेथनोजेन ेसिस की जैव रसायन प्रकृति में अद्वितीय है जिसमें अनेक असामान्य कॉफ़ेक्टर (बायोकेमिस्ट्री) के उपयोग से मीथेनोजेनिक सबस्ट्रेट्स को क्रमिक रूप से मीथेन को कम करने के लिए, जैसे कि कोएंजाइम एम और मेथेनोफ्यूरान। बाहरी झिल्ली में प्रोटॉन ग्रेडिएंट की स्थापना के लिए यहसहकारक (अन्य बातों के अतिरिक्त) जिम्मेदार होते हैं जिससे एटीपी संश्लेषण होता है। अनेक प्रकार के मेथनोजेनेसिस होते हैं, प्रारंभिक यौगिकों में ऑक्सीकरण होता है। कुछ मेथनोजेन कार्बन डाइऑक्साइड को कम करते हैं (CO₂) से मीथेन (CH
₄) हाइड्रोजन गैस से इलेक्ट्रॉनों (अधिकांशतः) का उपयोग करना (H
₂) केमोलिथोऑटोट्रॉफ़िक रूप से। यहमेथनोगेंस अधिकांशतः किण्वक जीवों वाले वातावरण में पाए जा सकते हैं। मेथनोगेंस और किण्वक बैक्टीरिया के तंग जुड़ाव को सिंट्रोफिक माना जा सकता है (नीचे देखें) क्योंकि मेथनोगेंस, जो हाइड्रोजन के लिए किण्वकों पर भरोसा करते हैं, अतिरिक्त हाइड्रोजन के निर्माण से किण्वकों के प्रतिक्रिया अवरोध को दूर करते हैं जो अन्यथा उनके विकास को रोकते हैं। . इस प्रकार के सिंट्रोफिक संबंध को विशेष रूप से अंतर-प्रजाति हाइड्रोजन स्थानांतरण के रूप में जाना जाता है। मेथानोजेन्स का दूसरा समूह मेथनॉल का उपयोग करता है (CH
₃OH) मेथनोजेनेसिस के लिए सब्सट्रेट के रूप में। यहकेमोरोगोनोट्रोफिक हैं, किन्तु उपयोग करने में अभी भी ऑटोट्रोफिक हैं CO₂ केवल कार्बन स्रोत के रूप में। इस प्रक्रिया की जैव रसायन कार्बन डाइऑक्साइड को कम करने वाले मेथनोगेंस से अधिक भिन्न है। अंत में, मेथनोजेन्स का तीसरा समूह एसीटेट से मीथेन और कार्बन डाइऑक्साइड दोनों का उत्पादन करता है (CH
₃COO⁻
) एसीटेट के साथ दो कार्बन के बीच विभाजित किया जा रहा है। यहएसीटेट-क्लीविंग जीव एकमात्र केमोरोगोनोहेटरोट्रोफिक मेथनोगेंस हैं। सभी ऑटोट्रॉफ़िक मेथनोगेंस ठीक करने के लिए रिडक्टिव एसिटाइल-सीओए मार्ग की भिन्नता का उपयोग करते हैं CO₂ और सेलुलर कार्बन प्राप्त करें।

सिंट्रॉफी

माइक्रोबियल उपापचय के संदर्भ में सिंट्रोफी, रासायनिक प्रतिक्रिया प्राप्त करने के लिए अनेक प्रजातियों की जोड़ी को संदर्भित करती है, जो कि अपने आप में, ऊर्जावान रूप से प्रतिकूल होगी। इस प्रक्रिया का सबसे अच्छा अध्ययन किया गया उदाहरण सिंट्रोफोमोनास जैसे जीवों द्वारा किण्वक अंत उत्पादों (जैसे एसीटेट, इथेनॉल और butyrate) का ऑक्सीकरण है। अकेले, ब्यूटिरेट का एसीटेट और हाइड्रोजन गैस में ऑक्सीकरण ऊर्जावान रूप से प्रतिकूल है। चूंकि, जब हाइड्रोजनोट्रोफिक (हाइड्रोजन का उपयोग करने वाला) मेथनोजेन उपस्तिथ होता है तो हाइड्रोजन गैस का उपयोग हाइड्रोजन की एकाग्रता को अधिक कम कर देगा (10 से नीचे)⁻⁵ atm) और इस प्रकार मानक स्थितियों (ΔGº') के अनुसार ब्यूटिरेट ऑक्सीकरण प्रतिक्रिया के रासायनिक संतुलन को गैर-मानक स्थितियों (ΔG') में स्थानांतरित कर देता है। क्योंकि उत्पाद की सांद्रता कम हो जाती है, प्रतिक्रिया उत्पादों की ओर खींची जाती है और शुद्ध ऊर्जावान रूप से अनुकूल परिस्थितियों की ओर स्थानांतरित हो जाती है (ब्यूटिरेट ऑक्सीकरण के लिए: ΔGº' = +48.2 kJ/mol, किन्तु ΔG' = -8.9 kJ/mol 10 पर⁻⁵ atm हाइड्रोजन और इससे भी कम यदि प्रारंभिक रूप से उत्पादित एसीटेट मेथनोजेन द्वारा आगे मेटाबोलाइज़ किया जाता है)। इसके विपरीत, मेथनोजेनेसिस से उपलब्ध मुक्त ऊर्जा ΔGº' = -131 kJ/mol से मानक स्थितियों के अनुसार ΔG' = -17 kJ/mol 10 पर कम हो जाती है⁻⁵ एटीएम हाइड्रोजन। यह अंतर-प्रजाति हाइड्रोजन स्थानांतरण का उदाहरण है। इस प्रकार, इन यौगिकों के और क्षरण और अंततः खनिजकरण (जीव विज्ञान) को प्राप्त करने के लिए जीवों के संघ द्वारा कम ऊर्जा देने वाले कार्बन स्रोतों का उपयोग किया जा सकता है। यहप्रतिक्रियाएँ भूगर्भीय समय के पैमाने पर अतिरिक्त कार्बन पृथक्करण को रोकने में मदद करती हैं, इसे मीथेन और जैसे उपयोगी रूपों में जीवमंडल में वापस छोड़ती हैं। CO₂.

एरोबिक श्वसन

एरोबिक उपापचय बैक्टीरिया, आर्किया और यूकेरिया में होता है। चूंकि अधिकांश जीवाणु प्रजातियां अवायवीय हैं, अनेक ऐच्छिक या बाध्यकारी एरोबेस हैं। बहुसंख्यक पुरातन प्रजातियाँ चरम वातावरण में रहती हैं जो अधिकांशतः अत्यधिक अवायवीय होती हैं। चूँकि, एरोबिक आर्किया के अनेक स्थिति हैं जैसे कि हेलोबैक्टीरियम, थर्मोप्लाज़्मा, सल्फोलोबस और यिम्बाकुलम। अधिकांश ज्ञात यूकेरियोट्स अपने माइटोकॉन्ड्रियन के भीतर एरोबिक उपापचय करते हैं जो ऑर्गेनेल है जिसका प्रोकैरियोट से सहजीवन मूल था। सभी एरोबिक जीवों में साइटोक्रोम सी ऑक्सीडेज सुपर परिवार के ऑक्सीकारक होते हैं, किन्तु स्यूडोमोनडोटा (एशेरिचिया कोली|ई. कोलाई और एसीटोबैक्टर ) के कुछ सदस्य श्वसन टर्मिनल ऑक्सीडेज के रूप में असंबंधित साइटोक्रोम बीडी कॉम्प्लेक्स का भी उपयोग कर सकते हैं।

अवायवीय श्वसन

जबकि एरोबिक जीव श्वसन के समय टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में ऑक्सीजन का उपयोग करते हैं, अवायवीय जीव अन्य इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता का उपयोग करते हैं। यहअकार्बनिक यौगिक सेलुलर श्वसन में कम ऊर्जा छोड़ते हैं, जिससे एरोबेस की तुलना में धीमी वृद्धि दर होती है। पर्यावरणीय परिस्थितियों के आधार पर अनेक ऐच्छिक अवायवीय श्वसन के लिए या तो ऑक्सीजन या वैकल्पिक टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता का उपयोग कर सकते हैं।

अधिकांश श्वसनी जीव हेटरोट्रॉफ़िक होते हैं, चूंकि कुछ स्वपोषी रूप से जीवित रहते हैं। नीचे वर्णित सभी प्रक्रियाएं असमान हैं, जिसका अर्थ है कि उनका उपयोग ऊर्जा उत्पादन के समय किया जाता है और कोशिका के लिए पोषक तत्व प्रदान करने के लिए नहीं (एसिमिलेटिव)। अवायवीय श्वसन के अनेक रूपों के लिए समावेशी मार्ग भी ज्ञात हैं।

विनाइट्रीकरण - इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में नाइट्रेट

Main article: अनाइट्रीकरण

विमुद्रीकरण नाइट्रेट का उपयोग है (NO⁻
₃) टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में। यह व्यापक प्रक्रिया है जिसका उपयोग स्यूडोमोनडोटा के अनेक सदस्यों द्वारा किया जाता है। अनेक ऐच्छिक अवायुजीव विनाइट्रीकरण का उपयोग करते हैं क्योंकि ऑक्सीजन की प्रकार नाइट्रेट में उच्च अपचयन क्षमता होती है। अनेक विनाइट्रकारी बैक्टीरिया भी फेरिक आयरन का उपयोग कर सकते हैं (Fe³⁺
) और कुछ कार्बनिक इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता। विनाइट्रीकरण में नाइट्रेट को नाइट्राट में चरणबद्ध रूप से कम करना सम्मिलित है (NO⁻
₂), नाइट्रिक ऑक्साइड (NO), नाइट्रस ऑक्साइड (N
₂O), और डाइनाइट्रोजन (N
₂) क्रमशः एंजाइम नाइट्रेट रिडक्टेस, नाइट्राइट रिडक्टेस, नाइट्रिक ऑक्साइड रिडक्टेस और नाइट्रस ऑक्साइड रिडक्टेस द्वारा। प्रारंभिक एनएडीएच रिडक्टेस, क्विनोन और नाइट्रस ऑक्साइड रिडक्टेस द्वारा प्रोटॉन को झिल्ली के पार ले जाया जाता है जिससे कि श्वसन के लिए महत्वपूर्ण इलेक्ट्रोकेमिकल ग्रेडिएंट का उत्पादन किया जा सके। कुछ जीव (जैसे ई. कोलाई) केवल नाइट्रेट रिडक्टेस का उत्पादन करते हैं और इसलिए नाइट्राइट के संचय के लिए केवल पहली कमी को पूरा कर सकते हैं। अन्य (जैसे Paracoccus denitrificans या Pseudomonas stutzeri) नाइट्रेट को पूरी प्रकार से कम करते हैं। पूर्ण विनाइट्रीकरण पर्यावरण की दृष्टि से महत्वपूर्ण प्रक्रिया है क्योंकि विनाइट्रीकरण के कुछ मध्यवर्ती (नाइट्रिक ऑक्साइड और नाइट्रस ऑक्साइड) महत्वपूर्ण ग्रीनहाउस गैसें हैं जो एसिड वर्षा के घटक नाइट्रिक एसिड का उत्पादन करने के लिए सूर्य के प्रकाश और ओजोन के साथ प्रतिक्रिया करती हैं। जैविक अपशिष्ट जल उपचार में विनाइट्रीकरण भी महत्वपूर्ण है जहां इसका उपयोग पर्यावरण में जारी नाइट्रोजन की मात्रा को कम करने के लिए किया जाता है जिससे eutrophication कम हो जाता है। नाइट्रेट रिडक्टेस परीक्षण के माध्यम से विमुद्रीकरण का निर्धारण किया जा सकता है।

सल्फेट कमी - इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में सल्फेट

Main article: सल्फेट कम करने वाले बैक्टीरिया

असमान सल्फेट की कमी अपेक्षाकृत ऊर्जावान रूप से खराब प्रक्रिया है जिसका उपयोग थर्मोडेसल्फोबैक्टीरियोटा के भीतर पाए जाने वाले अनेक ग्राम-नकारात्मक बैक्टीरिया द्वारा किया जाता है, डेसल्फोटोमैकुलम या आर्कियोन आर्कियोग्लोबस से संबंधित ग्राम पॉजिटिव जीव। हाइड्रोजन सल्फाइड (H
₂S) उपापचयी अंत उत्पाद के रूप में निर्मित होता है। सल्फेट की कमी के लिए इलेक्ट्रॉन दाताओं और ऊर्जा की जरूरत होती है।

इलेक्ट्रॉन दाता

अनेक सल्फेट रेड्यूसर ऑर्गनोट्रोफिक हैं, कार्बन यौगिकों जैसे लैक्टेट और पाइरूवेट (अनेक अन्य लोगों के बीच) इलेक्ट्रॉन दाताओं के रूप में उपयोग करते हैं, जबकि अन्य लिथोट्रोफिक हैं, हाइड्रोजन गैस का उपयोग करते हुए (H
₂) इलेक्ट्रॉन दाता के रूप में। कुछ असामान्य ऑटोट्रोफिक सल्फेट-कम करने वाले बैक्टीरिया (जैसे डेसल्फोबैक्टीरिया) फ़ासफ़ोरस एसिड से बना हुआ लवण का उपयोग कर सकते हैं (HPO⁻
₃) इलेक्ट्रॉन दाता के रूप में जबकि अन्य (जैसे डेसल्फोविब्रियो, डेसल्फोबुलबेसी, डेसल्फोबुलबेसी) मौलिक सल्फर (एस) का उपयोग करके सल्फर अनुपातहीनता (यौगिक को दो भिन्न-भिन्न यौगिकों में विभाजित करना, इस स्थिति में इलेक्ट्रॉन दाता और इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता) में सक्षम हैं।⁰), सल्फाइट (SO²⁻
₃), और थायोसल्फेट (S
₂O²⁻
₃) दोनों हाइड्रोजन सल्फाइड का उत्पादन करने के लिए (H
₂S) और सल्फेट (SO²⁻
₄).

कमी के लिए ऊर्जा

सभी सल्फेट कम करने वाले जीव सख्त अवायवीय हैं। क्योंकि सल्फेट ऊर्जावान रूप से स्थिर है, इससे पहले कि इसे मेटाबोलाइज किया जा सके, इसे पहले APS (एडेनोसिन 5'-फॉस्फोसल्फेट) बनाने के लिए एडेनाइलेशन द्वारा सक्रिय किया जाना चाहिए, जिससे एटीपी की खपत होती है। एपीएस को सल्फाइट बनाने के लिए एंजाइम एपीएस रिडक्टेस द्वारा कम किया जाता है (SO²⁻
₃) और एडेनोसिन मोनोफॉस्फेट। जीवों में जो कार्बन यौगिकों को इलेक्ट्रॉन दाताओं के रूप में उपयोग करते हैं, एटीपी की खपत कार्बन सब्सट्रेट के किण्वन द्वारा की जाती है। किण्वन के समय उत्पादित हाइड्रोजन वास्तव में सल्फेट की कमी के समय श्वसन को संचालित करता है।

एसीटोजेनेसिस - इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में कार्बन डाइऑक्साइड

Main article: एसिटोजेनेसिस

एसिटोजेनेसिस प्रकार का माइक्रोबियल उपापचय है जो हाइड्रोजन का उपयोग करता है (H
₂) इलेक्ट्रॉन दाता और कार्बन डाइऑक्साइड के रूप में (CO₂) एसीटेट का उत्पादन करने के लिए इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में, वही इलेक्ट्रॉन दाता और मेथनोजेनेसिस में उपयोग किए जाने वाले स्वीकर्ता (ऊपर देखें)। बैक्टीरिया जो ऑटोट्रोफिक रूप से एसीटेट को संश्लेषित कर सकते हैं उन्हें होमोसेटोजेन्स कहा जाता है। सभी होमोसेटोजेन्स में कार्बन डाइऑक्साइड रिडॉक्स एसिटाइल-सीओए मार्ग द्वारा होता है। इस मार्ग का उपयोग ऑटोट्रॉफ़िक सल्फेट-कम करने वाले बैक्टीरिया और हाइड्रोजनोट्रॉफ़िक मेथनोगेंस द्वारा कार्बन निर्धारण के लिए भी किया जाता है। अधिकांशतः होमोसेटोजेन भी किण्वित हो सकते हैं, किण्वन के परिणामस्वरूप उत्पन्न हाइड्रोजन और कार्बन डाइऑक्साइड का उपयोग करके एसीटेट का उत्पादन किया जाता है, जिसे अंतिम उत्पाद के रूप में स्रावित किया जाता है।

अन्य अकार्बनिक इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता

फेरिक आयरन (Fe³⁺
) ऑटोट्रॉफ़िक और हेटरोट्रॉफ़िक जीवों दोनों के लिए व्यापक अवायवीय टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता है। इन जीवों में इलेक्ट्रॉन प्रवाह इलेक्ट्रॉन परिवहन के समान है, ऑक्सीजन या नाइट्रेट में समाप्त होता है, सिवाय इसके कि फेरिक आयरन को कम करने वाले जीवों में इस प्रणाली में अंतिम एंजाइम फेरिक आयरन रिडक्टेस है। मॉडल जीवों में सम्मिलित हैं शेवनेला सड़ रहा है और जियोबैक्टर चूंकि कुछ फेरिक आयरन-कम करने वाले बैक्टीरिया (जैसे जी। मेटालिरेड्यूकेन्स) कार्बन स्रोत के रूप में टोल्यूनि जैसे जहरीले हाइड्रोकार्बन का उपयोग कर सकते हैं, इन जीवों को फेरिक आयरन युक्त दूषित एक्विफायर में बायोरेमेडिएशन एजेंट के रूप में उपयोग करने में महत्वपूर्ण रुचि है।

चूंकि फेरिक आयरन सबसे प्रचलित अकार्बनिक इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता है, अनेक जीव (ऊपर वर्णित लोहे को कम करने वाले बैक्टीरिया सहित) अवायवीय श्वसन में अन्य अकार्बनिक आयनों का उपयोग कर सकते हैं। चूंकि यहप्रक्रियाएं अधिकांशतः पारिस्थितिक रूप से कम महत्वपूर्ण हो सकती हैं, वह बायोरेमेडिएशन के लिए अधिक रुचि रखते हैं, खासकर जब भारी धातुओं या रेडियोन्यूक्लाइड्स को इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में उपयोग किया जाता है। उदाहरणों में सम्मिलित:

• मैंगनीज (Mn⁴⁺
  ) मैंगनीज आयन में कमी (Mn²⁺
  )
• सेलेनियम (SeO²⁻
  ₄) सेलेनियम में कमी (SeO²⁻
  ₃) और अकार्बनिक सेलेनियम (से⁰)
• हरताल (AsO³⁻
  ₄) आर्सेनिक में कमी (AsO³⁻
  ₃)
• यूरेनिल आयन (UO²⁺
  ₂) यूरेनियम डाइऑक्साइड में कमी (UO
  ₂)

कार्बनिक टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता

अनेक जीव, टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में अकार्बनिक यौगिकों का उपयोग करने के अतिरिक्त, श्वसन से इलेक्ट्रॉनों को स्वीकार करने के लिए कार्बनिक यौगिकों का उपयोग करने में सक्षम हैं। उदाहरणों में सम्मिलित:

• फ्यूमरेट रिडक्शन सक्सिनेट करने के लिए
• ट्राइमेथिलैमाइन एन-ऑक्साइड | ट्राइमेथिलैमाइन एन-ऑक्साइड (टीएमएओ) ट्राइमेथिलैमाइन (टीएमए) में कमी
• डाइमिथाइल सल्फ़ोक्साइड (DMSO) डाइमिथाइल सल्फाइड (DMS) में कमी
• रिडक्टिव डिक्लोरीनीकरण

टीएमएओ सामान्यतः मछली द्वारा उत्पादित रसायन है, और जब टीएमए में कम हो जाता है तो मजबूत गंध उत्पन्न करता है। डीएमएसओ सामान्य समुद्री और मीठे जल का रसायन है जो डीएमएस में कम होने पर गंधहीन भी होता है। रिडक्टिव डीक्लोरिनेशन वह प्रक्रिया है जिसके द्वारा क्लोरीनयुक्त कार्बनिक यौगिकों को उनके गैर-क्लोरीनयुक्त अंतिम उत्पाद बनाने के लिए कम किया जाता है। चूंकि क्लोरीनयुक्त कार्बनिक यौगिक अधिकांशतः महत्वपूर्ण होते हैं (और खराब करना कठिनाई होता है) पर्यावरणीय प्रदूषक, बायोरेमेडिएशन में रिडक्टिव डीक्लोरिनेशन महत्वपूर्ण प्रक्रिया है।

केमोलिथोट्रॉफी

केमोलिथोट्रोफी प्रकार का उपापचय है जहां अकार्बनिक यौगिकों के ऑक्सीकरण से ऊर्जा प्राप्त होती है। अधिकांश केमोलिथोट्रॉफ़िक जीव भी स्वपोषी हैं। केमोलिथोट्रॉफी के दो प्रमुख उद्देश्य हैं: ऊर्जा का उत्पादन (एटीपी) और कम करने वाली शक्ति (एनएडीएच) का उत्पादन।

हाइड्रोजन ऑक्सीकरण

Main article: हाइड्रोजन ऑक्सीकरण बैक्टीरिया

अनेक जीव हाइड्रोजन का उपयोग करने में सक्षम हैं (H
₂) ऊर्जा के स्रोत के रूप में। जबकि अवायवीय हाइड्रोजन ऑक्सीकरण के अनेक तंत्रों का पहले उल्लेख किया गया है (उदाहरण के लिए सल्फेट कम करने वाले- और एसिटोजेनिक बैक्टीरिया), हाइड्रोजन की रासायनिक ऊर्जा का उपयोग एरोबिक नॉलगैस प्रतिक्रिया में किया जा सकता है:

2 एच₂ + ओ₂ → 2 एच₂ओ + ऊर्जा

इन जीवों में, हाइड्रोजन झिल्ली-बद्ध हाइड्रोजनेस द्वारा ऑक्सीकृत होता है, जिससे विभिन्न क्विनोन और साइटोक्रोम में इलेक्ट्रॉन स्थानांतरण के माध्यम से प्रोटॉन पंप होता है। अनेक जीवों में, दूसरे साइटोप्लाज्मिक हाइड्रोजनेज़ का उपयोग एनएडीएच के रूप में कम करने वाली शक्ति उत्पन्न करने के लिए किया जाता है, जिसे बाद में केल्विन चक्र के माध्यम से कार्बन डाइऑक्साइड को ठीक करने के लिए उपयोग किया जाता है। हाइड्रोजन-ऑक्सीडाइजिंग जीव, जैसे क्यूप्रियाविडस नेकेटर (पूर्व में रालस्टोनिया यूट्रोफा), अधिकांशतः ऑक्सीजन की आपूर्ति बनाए रखते हुए अवायवीय किण्वक जीवों द्वारा उत्पादित हाइड्रोजन का लाभ उठाने के लिए प्रकृति में ऑक्सी-एनोक्सिक इंटरफेस में रहते हैं।

सल्फर ऑक्सीकरण

सल्फर ऑक्सीकरण में कम सल्फर यौगिकों (जैसे सल्फाइड) का ऑक्सीकरण सम्मिलित है H
₂S), अकार्बनिक सल्फर (एस), और थायोसल्फेट (S
₂O²⁻
₃) सल्फ्यूरिक एसिड बनाने के लिए (H
₂SO
₄). सल्फर-ऑक्सीडाइजिंग जीवाणु का उत्कृष्ट उदाहरण बेगियाटोआ है, मूल रूप से पर्यावरण सूक्ष्म जीव विज्ञान के संस्थापकों में से सर्गेई विनोग्रैडस्की द्वारा वर्णित सूक्ष्म जीव है। अन्य उदाहरण पाराकोकस है। सामान्यतः, सल्फाइड का ऑक्सीकरण चरणों में होता है, अकार्बनिक सल्फर को जरूरत पड़ने तक सेल के अंदर या बाहर संग्रहीत किया जाता है। यह दो चरण की प्रक्रिया इसलिए होती है क्योंकि ऊर्जावान रूप से सल्फाइड अकार्बनिक सल्फर या थायोसल्फेट की तुलना में उत्तम इलेक्ट्रॉन दाता है, जिससे बड़ी संख्या में प्रोटॉन को झिल्ली में स्थानांतरित किया जा सकता है। सल्फर-ऑक्सीडाइजिंग जीव रिवर्स इलेक्ट्रॉन प्रवाह का उपयोग करके केल्विन चक्र के माध्यम से कार्बन डाइऑक्साइड निर्धारण के लिए कम करने की शक्ति उत्पन्न करते हैं, ऊर्जा-आवश्यक प्रक्रिया जो एनएडीएच का उत्पादन करने के लिए इलेक्ट्रॉनों को उनके थर्मोडायनामिक ग्रेडिएंट के विरुद्ध धकेलती है। बायोकेमिकली, कम सल्फर यौगिकों को सल्फाइट में परिवर्तित किया जाता है (SO²⁻
₃) और बाद में सल्फेट में परिवर्तित (SO²⁻
₄) एंजाइम सल्फाइट ऑक्सीडेज द्वारा। कुछ जीव, चूंकि, सल्फेट-कम करने वाले बैक्टीरिया द्वारा उपयोग किए जाने वाले एपीएस रिडक्टेस सिस्टम के उत्क्रमण का उपयोग करके ही ऑक्सीकरण को पूरा करते हैं (देखें माइक्रोबियल उपापचय # कमी के लिए ऊर्जा)। सभी स्थितियों में मुक्त ऊर्जा को एटीपी और एनएडीएच उत्पादन के लिए इलेक्ट्रॉन परिवहन श्रृंखला में स्थानांतरित कर दिया जाता है। एरोबिक सल्फर ऑक्सीकरण के अतिरिक्त, कुछ जीव (जैसे थायोबैसिलस डेनिट्रिफंस) नाइट्रेट का उपयोग करते हैं (NO⁻
₃) टर्मिनल इलेक्ट्रॉन स्वीकर्ता के रूप में और इसलिए अवायवीय रूप से बढ़ता है।

लौह लोहा (Fe²⁺
) ऑक्सीकरण

Further information: एसिड माइन ड्रेनेज में एसिडोफिल्स

आयरन (II) ऑक्साइड आयरन का घुलनशील रूप है जो बेहद कम पीएच या अवायवीय परिस्थितियों में स्थिर होता है। एरोबिक, मध्यम पीएच स्थितियों के अनुसार फेरस आयरन को सहज रूप से फेरिक में ऑक्सीकृत किया जाता है (Fe³⁺
) बनता है और अघुलनशील फेरिक हाइड्रोक्साइड के लिए अजैविक रूप से हाइड्रोलाइज्ड होता है (Fe(OH)
₃). फेरस आयरन-ऑक्सीडाइजिंग रोगाणुओं के तीन भिन्न-भिन्न प्रकार हैं। पहले एसिडोफाइल (जीव) हैं, जैसे कि बैक्टीरिया एसिडिथियोबैसिलस फेरोक्सिडन्स और लेप्टोस्पाइरिलम फेरोक्सिडन्स, साथ ही पुरातत्व फेरोप्लाज्मा। यहरोगाणु लोहे को उन वातावरणों में ऑक्सीकृत करते हैं जिनका पीएच बहुत कम होता है और एसिड माइन ड्रेनेज में महत्वपूर्ण होते हैं। दूसरे प्रकार के रोगाणु निकट-तटस्थ पीएच पर फेरस आयरन का ऑक्सीकरण करते हैं। यहसूक्ष्म जीव (उदाहरण के लिए गैलिओनेला फेरुगिनिया, लेप्टोथ्रिक्स ओक्रैसिया, या गहरे समुद्र में फेरोक्सिडन्स) ऑक्सी-एनोक्सिक इंटरफेस पर रहते हैं और माइक्रोएरोफाइल हैं। तीसरे प्रकार के आयरन-ऑक्सीडाइजिंग रोगाणु अवायवीय प्रकाश संश्लेषक बैक्टीरिया हैं जैसे कि रोडोप्स्यूडोमोनास, जो ऑटोट्रॉफ़िक कार्बन डाइऑक्साइड निर्धारण के लिए एनएडीएच का उत्पादन करने के लिए लौह लोहे का उपयोग करते हैं। बायोकेमिकल रूप से, एरोबिक लौह ऑक्सीकरण बहुत ही खराब ऊर्जा वाली प्रक्रिया है जिसके लिए प्रोटॉन प्रेरक बल के गठन की सुविधा के लिए एंजाइम रस्टिकैनिन द्वारा बड़ी मात्रा में लोहे को ऑक्सीकरण करने की आवश्यकता होती है। सल्फर ऑक्सीकरण की प्रकार, केल्विन चक्र के माध्यम से कार्बन डाइऑक्साइड निर्धारण के लिए उपयोग किए जाने वाले एनएडीएच बनाने के लिए रिवर्स इलेक्ट्रॉन प्रवाह का उपयोग किया जाना चाहिए।

नाइट्रिफिकेशन

नाइट्रिफिकेशन वह प्रक्रिया है जिसके द्वारा अमोनिया (NH
₃) नाइट्रेट में परिवर्तित हो जाता है (NO⁻
₃). नाइट्रिफिकेशन वास्तव में दो भिन्न-भिन्न प्रक्रियाओं का शुद्ध परिणाम है: अमोनिया का नाइट्राइट में ऑक्सीकरण (NO⁻
₂) नाइट्रोसाइजिंग बैक्टीरिया (जैसे नाइट्रोसोमोनास) और नाइट्राइट-ऑक्सीडाइजिंग बैक्टीरिया (जैसे नाइट्रोबैक्टर) द्वारा नाइट्रेट को नाइट्रेट के ऑक्सीकरण द्वारा। यहदोनों प्रक्रियाएँ अत्यंत ऊर्जावान रूप से खराब हैं, जिससे दोनों प्रकार के जीवों की विकास दर बहुत धीमी है। जैवरासायनिक रूप से, अमोनिया का ऑक्सीकरण अमोनिया के चरणवार ऑक्सीकरण द्वारा हाइड्रऑक्सीलेमाइन (NH
₂OH) कोशिका द्रव्य में एंजाइम अमोनिया मोनोऑक्सीजिनेज द्वारा, इसके बाद पेरीप्लाज्म में एंजाइम हाइड्रॉक्सिलामाइन ऑक्सीडोरडक्टेस द्वारा नाइट्राइट में हाइड्रॉक्सिलमाइन के ऑक्सीकरण के बाद।

इलेक्ट्रॉन और प्रोटॉन का चक्रण बहुत जटिल होता है, किन्तु शुद्ध परिणाम के रूप में अमोनिया ऑक्सीकृत अणु के प्रति झिल्ली में केवल प्रोटॉन स्थानांतरित होता है। नाइट्राइट ऑक्सीकरण बहुत सरल है, नाइट्राइट को एंजाइम नाइट्राइट ऑक्सीडोरडक्टेस द्वारा ऑक्सीकृत किया जाता है, जो बहुत ही कम इलेक्ट्रॉन परिवहन श्रृंखला द्वारा प्रोटॉन ट्रांसलोकेशन से जुड़ा होता है, जिससे इन जीवों के लिए बहुत कम विकास दर होती है। अमोनिया और नाइट्राइट ऑक्सीकरण दोनों में ऑक्सीजन की आवश्यकता होती है, जिसका अर्थ है कि दोनों नाइट्रोसिफाइंग और नाइट्राइट-ऑक्सीडाइजिंग बैक्टीरिया एरोबेस हैं। जैसा कि सल्फर और लोहे के ऑक्सीकरण में, केल्विन चक्र का उपयोग करके कार्बन डाइऑक्साइड निर्धारण के लिए एनएडीएच रिवर्स इलेक्ट्रॉन प्रवाह द्वारा उत्पन्न होता है, जिससे पहले से ही कम ऊर्जा वाली प्रक्रिया पर और उपापचय बोझ पड़ता है।

2015 में, दो समूहों ने स्वतंत्र रूप से दिखाया कि माइक्रोबियल जीनस नाइट्रोस्पिरा पूर्ण नाइट्रिफिकेशन (कॉमामॉक्स) में सक्षम है।

एनामॉक्स

एनामॉक्स अवायवीय अमोनिया ऑक्सीकरण के लिए खड़ा है और जिम्मेदार जीव अपेक्षाकृत हाल ही में 1990 के दशक के अंत में खोजे गए थे। उपापचय का यह रूप प्लैक्टोमाइसीटोटा (उदाहरण के लिए कैंडिडेटस ब्रोकाडिया एनामोक्सिडन्स) के सदस्यों में होता है और इसमें नाइट्राइट की कमी के लिए अमोनिया ऑक्सीकरण का युग्मन सम्मिलित होता है। चूंकि इस प्रक्रिया के लिए ऑक्सीजन की आवश्यकता नहीं होती है, यहजीव सख्त अवायवीय होते हैं। आश्चर्यजनक रूप से, हाइड्राज़ीन (N
₂H
₄ - रॉकेट ईंधन) एनामॉक्स उपापचय के समय मध्यवर्ती के रूप में उत्पन्न होता है। हाइड्राज़िन की उच्च विषाक्तता से निपटने के लिए, एनामॉक्स बैक्टीरिया में हाइड्राज़ीन युक्त इंट्रासेल्युलर ऑर्गेनेल होता है जिसे एनामोक्सासोम कहा जाता है, जो अत्यधिक कॉम्पैक्ट (और असामान्य) laderane लिपिड झिल्ली से घिरा होता है। यहलिपिड प्रकृति में अद्वितीय हैं, जैसा कि उपापचय मध्यवर्ती के रूप में हाइड्राज़ीन का उपयोग होता है। एनामॉक्स जीव ऑटोट्रॉफ़ हैं, चूंकि कार्बन डाइऑक्साइड निर्धारण के लिए तंत्र स्पष्ट नहीं है। इस संपत्ति के कारण, औद्योगिक अपशिष्ट जल उपचार प्रक्रियाओं में नाइट्रोजन को हटाने के लिए इन जीवों का उपयोग किया जा सकता है। एनामॉक्स को अवायवीय जलीय प्रणालियों में व्यापक घटना के रूप में भी दिखाया गया है और समुद्र में लगभग 50% नाइट्रोजन गैस उत्पादन के लिए जिम्मेदार होने का अनुमान लगाया गया है।

मैंगनीज ऑक्सीकरण

जुलाई 2020 में शोधकर्ताओं ने केमोलिथोऑटोट्रॉफ़ बैक्टीरियल कल्चर की खोज की रिपोर्ट दी कि माइक्रोबियल मेटाबोलिज्म केमोलिथोट्रॉफी धातु मैंगनीज को असंबंधित प्रयोग करने के बाद और इसकी जीवाणु प्रजातियों का नाम उम्मीदवार मैंगनिट्रोफस नोडुलिफॉर्मन्स और रामलीबैक्टर लिथोट्रोफिकस रखा गया।

फोटोट्रॉफी

Main article: फोटोट्रॉफिक प्रोकैरियोट्स

अनेक सूक्ष्म जीव (फोटोट्रॉफ़्स) एडीनोसिन ट्राइफॉस्फेट और कार्बोहाइड्रेट, लिपिड और प्रोटीन जैसे कार्बनिक यौगिकों का उत्पादन करने के लिए ऊर्जा के स्रोत के रूप में प्रकाश का उपयोग करने में सक्षम हैं। इनमें से, शैवाल विशेष रूप से महत्वपूर्ण हैं क्योंकि वह प्रकाश संश्लेषण के समय इलेक्ट्रॉन हस्तांतरण के लिए इलेक्ट्रॉन दाता के रूप में जल का उपयोग करते हुए ऑक्सीजनिक ​​होते हैं। फोटोट्रोफिक बैक्टीरिया फिला सायनोबैक्टीरिया, क्लोरोफाईटा , स्यूडोमोनडोटा, क्लोरोफ्लेक्सोटा और बैसिलोटा में पाए जाते हैं।पौधों के साथ-साथ यहरोगाणु पृथ्वी पर ऑक्सीजन गैस के सभी जैविक उत्पादन के लिए जिम्मेदार हैं। क्योंकि क्लोरोप्लास्ट सायनोबैक्टीरिया की वंशावली से प्राप्त हुए थे, इन एंडोसिम्बियोन्ट्स में उपापचय के सामान्य सिद्धांतों को क्लोरोप्लास्ट पर भी लागू किया जा सकता है। ऑक्सीजेनिक प्रकाश संश्लेषण के अतिरिक्त, अनेक बैक्टीरिया भी अवायवीय रूप से प्रकाश संश्लेषण कर सकते हैं, सामान्यतः सल्फाइड का उपयोग करते हुए (H
₂S) सल्फेट का उत्पादन करने के लिए इलेक्ट्रॉन दाता के रूप में। अकार्बनिक सल्फर (S
₀), थायोसल्फेट (S
₂O²⁻
₃) और लौह लोहा (Fe²⁺
) का उपयोग कुछ जीवों द्वारा भी किया जा सकता है। Phylogenetically, सभी ऑक्सीजनिक ​​प्रकाश संश्लेषक बैक्टीरिया सायनोबैक्टीरिया हैं, जबकि एनोक्सीजेनिक प्रकाश संश्लेषक बैक्टीरिया बैंगनी बैक्टीरिया (स्यूडोमोनडोटा), हरा सल्फर बैक्टीरिया (जैसे, क्लोरोबियम), हरे हरा गैर-सल्फर बैक्टीरियाजैसे, क्लोरोफ्लेक्सस), या हेलियोबैक्टीरिया (निम्न% जी +) से संबंधित हैं। सी ग्राम पॉजिटिव)। इन जीवों के अतिरिक्त, कुछ सूक्ष्म जीव (जैसे आर्कियोन हेलोबैक्टीरियम या बैक्टीरियम रोज़ोबैक्टर, दूसरों के बीच) एंजाइम बैक्टीरियोहोडोप्सिन, प्रकाश-चालित प्रोटॉन पंप का उपयोग करके ऊर्जा का उत्पादन करने के लिए प्रकाश का उपयोग कर सकते हैं। चूँकि, प्रकाश संश्लेषण करने वाले कोई ज्ञात आर्किया नहीं हैं। जैसा कि प्रकाश संश्लेषक जीवाणुओं की विशाल विविधता के लिए उपयुक्त है, ऐसे अनेक भिन्न-भिन्न तंत्र हैं जिनके द्वारा प्रकाश को उपापचय के लिए ऊर्जा में परिवर्तित किया जाता है। सभी प्रकाश संश्लेषक जीव झिल्ली के भीतर अपने प्रकाश संश्लेषक प्रतिक्रिया केंद्रों का पता लगाते हैं, जो साइटोप्लाज्मिक झिल्ली (स्यूडोमोनडोटा), थायलाकोइड झिल्ली (सायनोबैक्टीरिया), क्लोरोसोम (ग्रीन सल्फर और गैर-सल्फर बैक्टीरिया), या स्वयं साइटोप्लाज्मिक झिल्ली नामक विशेष एंटीना संरचनाओं का आक्रमण हो सकता है। (हेलिओबैक्टीरिया)। विभिन्न प्रकाश संश्लेषक जीवाणुओं में विभिन्न प्रकाश संश्लेषक वर्णक भी होते हैं, जैसे कि क्लोरोफिल और कैरोटीनॉयड, जिससे वह विद्युत चुम्बकीय वर्णक्रम के विभिन्न भागों का लाभ उठा सकते हैं और इस प्रकार विभिन्न पारिस्थितिक निशानों में निवास कर सकते हैं। जीवों के कुछ समूहों में अधिक विशिष्ट प्रकाश-संग्रहण संरचनाएं होती हैं (उदाहरण के लिए सायनोबैक्टीरिया में फाइकोबिलिसोम और ग्रीन सल्फर और गैर-सल्फर बैक्टीरिया में क्लोरोसोम), जिससे प्रकाश के उपयोग में दक्षता बढ़ जाती है।

बायोकेमिकली, एनोक्सीजेनिक प्रकाश संश्लेषण ऑक्सीजनिक ​​प्रकाश संश्लेषण से बहुत भिन्न है। सायनोबैक्टीरिया (और विस्तार से, क्लोरोप्लास्ट) इलेक्ट्रॉन प्रवाह की Z योजना का उपयोग करते हैं जिसमें इलेक्ट्रॉनों को अंततः NADH बनाने के लिए उपयोग किया जाता है। दो भिन्न-भिन्न प्रतिक्रिया केंद्र (फोटोसिस्टम) का उपयोग किया जाता है और चक्रीय इलेक्ट्रॉन प्रवाह और क्विनोन पूल दोनों का उपयोग करके प्रोटॉन प्रेरक बल उत्पन्न होता है। एनोक्सीजेनिक प्रकाश संश्लेषक बैक्टीरिया में, इलेक्ट्रॉन प्रवाह चक्रीय होता है, प्रकाश संश्लेषण में उपयोग किए जाने वाले सभी इलेक्ट्रॉनों को अंततः एकल प्रतिक्रिया केंद्र में वापस स्थानांतरित किया जाता है। केवल क्विनोन पूल का उपयोग करके प्रोटॉन प्रेरक बल उत्पन्न होता है। हेलिओबैक्टीरिया, ग्रीन सल्फर, और ग्रीन गैर-सल्फर बैक्टीरिया में, एनएडीएच प्रोटीन फेरेडॉक्सिन का उपयोग करके बनता है, जो ऊर्जावान रूप से अनुकूल प्रतिक्रिया है। बैंगनी बैक्टीरिया में, एनएडीएच इस प्रतिक्रिया केंद्र की कम रासायनिक क्षमता के कारण रिवर्स इलेक्ट्रॉन प्रवाह से बनता है। चूँकि, सभी स्थितियों में, प्रोटॉन प्रेरक बल उत्पन्न होता है और ATPase के माध्यम से ATP उत्पादन को चलाने के लिए उपयोग किया जाता है।

अधिकांश प्रकाश संश्लेषक रोगाणु कैल्विन चक्र के माध्यम से कार्बन डाइऑक्साइड को ठीक करने वाले ऑटोट्रॉफ़िक हैं। कुछ प्रकाश संश्लेषक जीवाणु (जैसे क्लोरोफ्लेक्सस) फोटोहेटरोट्रॉफ़ हैं, जिसका अर्थ है कि वह विकास के लिए कार्बन स्रोत के रूप में कार्बनिक कार्बन यौगिकों का उपयोग करते हैं। कुछ प्रकाश संश्लेषी जीव नाइट्रोजन का स्थिरीकरण भी करते हैं (नीचे देखें)।

नाइट्रोजन स्थिरीकरण

Main article: नाइट्रोजन नियतन

नाइट्रोजन सभी जैविक प्रणालियों द्वारा विकास के लिए आवश्यक तत्व है। जबकि वातावरण में अत्यंत सामान्य (मात्रा के अनुसार 80%), डाइनाइट्रोजन गैस (N
₂) इसकी उच्च सक्रियता ऊर्जा के कारण सामान्यतः जैविक रूप से दुर्गम है। संपूर्ण प्रकृति में, केवल विशिष्ट बैक्टीरिया और आर्किया नाइट्रोजन स्थिरीकरण में सक्षम हैं, डाइनाइट्रोजन गैस को अमोनिया में परिवर्तित करते हैं (NH
₃), जिसे सभी जीवों द्वारा आसानी से आत्मसात कर लिया जाता है। इसलिए, यहप्रोकैरियोट्स पारिस्थितिक रूप से बहुत महत्वपूर्ण हैं और पूरे पारिस्थितिक तंत्र के अस्तित्व के लिए अधिकांशतः आवश्यक होते हैं। यह समुद्र में विशेष रूप से सच है, जहां नाइट्रोजन-फिक्सिंग सायनोबैक्टीरिया अधिकांशतः निश्चित नाइट्रोजन के एकमात्र स्रोत होते हैं, और मिट्टी में, जहां इन पौधों को विकास के लिए आवश्यक नाइट्रोजन प्रदान करने के लिए फलियां और उनके नाइट्रोजन-फिक्सिंग भागीदारों के बीच विशेष सहजीवन उपस्तिथ होते हैं।

नाइट्रोजन निर्धारण लगभग सभी जीवाणु वंशों और शारीरिक वर्गों में वितरित पाया जा सकता है किन्तु यह सार्वभौमिक संपत्ति नहीं है। क्योंकि नाइट्रोजन स्थिरीकरण के लिए जिम्मेदार एंजाइम नाइट्रोजनेस ऑक्सीजन के प्रति बहुत संवेदनशील है जो इसे अपरिवर्तनीय रूप से बाधित करेगा, सभी नाइट्रोजन-फिक्सिंग जीवों में ऑक्सीजन की एकाग्रता को कम रखने के लिए कुछ तंत्र होना चाहिए। उदाहरणों में सम्मिलित:

• हेट्रोसिस्ट गठन (सायनोबैक्टीरिया जैसे एनाबीना) जहां कोशिका प्रकाश संश्लेषण नहीं करती है बल्कि इसके पड़ोसियों के लिए नाइट्रोजन को ठीक करती है जो बदले में इसे ऊर्जा प्रदान करती है
• पौधों के साथ रूट नोड्यूल सहजीवन (जैसे राइजोबियम) जो लेगहेमोग्लोबिन के अणुओं से बंधे बैक्टीरिया को ऑक्सीजन की आपूर्ति करते हैं
• अवायवीय जीवन शैली (जैसे क्लोस्ट्रीडियम पाश्चुरियनम)
• बहुत तेज़ उपापचय (जैसे एज़ोटोबैक्टर विनलैंडी)

नाइट्रोजन गैसों का उत्पादन और गतिविधि बहुत अधिक विनियमित है, दोनों क्योंकि नाइट्रोजन स्थिरीकरण अत्यंत ऊर्जावान रूप से महंगी प्रक्रिया है (16-24 एटीपी प्रति दिन उपयोग किए जाते हैं)। N
₂ निश्चित) और ऑक्सीजन के लिए नाइट्रोजनेस की अत्यधिक संवेदनशीलता के कारण।

यह भी देखें

• लिपोफिलिक बैक्टीरिया, लिपिड उपापचय के साथ बैक्टीरिया का अल्पसंख्यक

अग्रिम पठन

• Madigan, Michael T.; Martinko, John M. (2005). Brock Biology of Microorganisms. Pearson Prentice Hall.