बायोरूबी
बायोरूबी ओपन सोर्स सॉफ्टवेयर रूबी (प्रोग्रामिंग भाषा) कोड का संग्रह है, जिसमें कम्प्यूटेशनल आणविक जीव विज्ञान और जैव सूचना विज्ञान के लिए कक्षाएं सम्मिलित हैं। इसमें डीएनए और प्रोटीन अनुक्रम विश्लेषण, अनुक्रम संरेखण, जैविक डेटाबेस पार्सिंग, संरचनात्मक जीव विज्ञान और अन्य जैव सूचना विज्ञान कार्यों के लिए कक्षाएं सम्मिलित हैं।[1] बायोरूबी को जीएनयू जीपीएल संस्करण 2 या रूबी लाइसेंस के अंतर्गत प्रस्तावित किया गया है[2] और यह कई बायो परियोजनाओं में से है।[3] जिसे कोड दोहराव को कम करने के लिए डिज़ाइन किया गया है।
2011 में, बायोरूबी परियोजना ने बायोजेम सॉफ्टवेयर प्लगइन प्रणाली प्रस्तुत किया,[4] जिसमें प्रत्येक महीने दो या तीन नए प्लगइन जोड़े गए।
बायोरूबी को बायोरूबी वेबसाइट और GitHub रिपॉजिटरी के माध्यम से प्रबंधित किया जाता है।[5][6]
इतिहास
बायोरूबी
बायोरूबी परियोजना सर्वप्रथम 2000 में तोशियाकी कात्यामा द्वारा बायोपर्ल और बायोपाइथॉन जैसे समान जैव सूचना विज्ञान पैकेजों के रूबी कार्यान्वयन के रूप में प्रारंभ की गई थी। संस्करण 0.1 की प्रारंभिक प्रस्तावित को योगदानकर्ताओं द्वारा अनौपचारिक रूप से और आयोजित "हैकथॉन" कार्यक्रमों में प्रायः अद्यतन किया गया था; जून 2005 में, बायोरूबी को आईपीए द्वारा शोधपूर्ण सॉफ्टवेयर परियोजना के रूप में वित्त पोषित किया गया था,[7] फरवरी 2006 में संस्करण 1.0.0 के प्रस्तावित के साथ इसका समापन हुआ।[8] 2009 और 2012 के मध्य, बायोरूबी कोडबेस को उत्तम बनाने के लिए कई गूगल समर ऑफ़ कोड परियोजनाओं का फोकस था।[9] बायोरूबी संस्करण 2.0.0 2019 में प्रस्तावित किया गया था।[6]
बायोजेम
बायोजेम उन जैव सूचना विज्ञानियों के लिए उपकरणों का सेट प्रदान करता है जो किसी एप्लिकेशन या लाइब्रेरी को कोड करना चाहते हैं जो बायोरूबी की मुख्य लाइब्रेरी का उपयोग या विस्तार करता है, साथ ही कोड को rubygems.org. पर रत्न के रूप में जाना जाता है।[10] बायोजेम फ्रेमवर्क के माध्यम से प्रकाशित कोई भी रत्न भी biogems.info पर सूचीबद्ध है।[11]
बायोजेम का उद्देश्य बायोरूबी पैकेज के लिए मॉड्यूलर दृष्टिकोण को बढ़ावा देना और निर्देशिका/फ़ाइल स्कैफफोल्डिंग, गिट रिपॉजिटरी स्थापित करने और ऑनलाइन पैकेज डेटाबेस प्रस्तावित करने की प्रक्रिया को स्वचालित करके मॉड्यूल के निर्माण को सरल बनाना है।[12]
लोकप्रिय बायोजेम्स
| # | बायोजेम | विवरण | संस्करण |
|---|---|---|---|
| 1 | बायो | जैव सूचना विज्ञान पुस्तकालय | 1.4.3.0001 |
| 2 | जैव विविधता | वैज्ञानिक नामों का पार्सर | 3.1.5 |
| 3 | सरल स्प्रेडशीट एक्सट्रैक्टर | अपाचे पोई का उपयोग करके मूलभूत स्प्रेडशीट सामग्री निष्कर्षण | 0.13.3 |
| 4 | जैव गेम | रूबी के लिए सॉफ्टवेयर जनरेटर | 1.36 |
| 5 | बायो समटूल्स | रूबी के लिए सैमटूल्स का बाइंडर | 2.1.0 |
| 6 | t2 सर्वर | टैवर्ना 2 सर्वर के साथ इंटरैक्ट करने के लिए समर्थन | 1.1.0 |
| 7 | बायो यूसीएससी एपीआई | रूबी यूसीएससी एपीआई | 0.6.2 |
| 8 | एन्ट्रेज़ | ई-यूटिलिटीज़ में प्रवेश के लिए एचटीटीपी अनुरोध | 0.5.8.1 |
| 9 | जैव गैजेट | जैव सूचना विज्ञान के लिए गैजेट | 0.4.8 |
| 10 | अनुक्रम सर्वर | विस्फोट शोध सरल हो गई! | 0.8.7 |
यह भी देखें
- जैव सूचना विज्ञान फाउंडेशन ओपन
- बायोपर्ल
- बायोपायथॉन
- बायोजावा
- बायोजेएस
संदर्भ
- ↑ Goto N, Prins P, Nakao M, Bonnal R, Aerts J, Katayama T (October 2010). "BioRuby: bioinformatics software for the Ruby programming language". Bioinformatics. 26 (20): 2617–9. doi:10.1093/bioinformatics/btq475. PMC 2951089. PMID 20739307.
- ↑ "bioruby/README.rdoc at master · bioruby/bioruby". 2014-05-08. Retrieved 2014-11-09.
- ↑ Mangalam H (2002). "बायो* टूलकिट--एक संक्षिप्त अवलोकन।". Brief Bioinform. 3 (3): 296–302. doi:10.1093/bib/3.3.296. PMID 12230038.
- ↑ Bonnal R, Aerts J, Githinji G, Goto N, MacLean D, Miller C, Mishima H, Pagani M, Ramirez-Gonzalez R, Smant G, Strozzi F, Syme R, Vos R, Wennblom T, Woodcroft B, Katayama T, Prins P (April 2012). "Biogem: an effective tool-based approach for scaling up open source software development in bioinformatics". Bioinformatics. 28 (7): 1035–7. doi:10.1093/bioinformatics/bts080. PMC 3315718. PMID 22332238.
- ↑ "bioruby/bioruby". BioRuby Project. 2021-05-15. Retrieved 25 May 2021.
- ↑ 6.0 6.1 "बायोरूबी". bioruby.org. Retrieved 25 May 2021.
- ↑ "IPA Information-technology Promotion Agency, Japan : IPA:Exploratory IT Human Resources Project (The MITOH Program)".
- ↑ "[BioRuby] BioRuby 1.0.0 released". 2006-02-27. Retrieved 2014-09-10.
- ↑ "bioruby/documents". GitHub (in English). Retrieved 25 May 2021.
- ↑ "RubyGems.org | your community gem host". rubygems.org. Retrieved 25 May 2021.
- ↑ "Biogems.info - जैव सूचना विज्ञान के लिए रत्न". biogems.info. Retrieved 25 May 2021.
- ↑ "Plugins - BioRuby".
